Zgromadzenie wspólników może ustalać wynagrodzenie członków zarządu spółki.
Natomiast członek zarządu nie może dokonywać czynności prawnych "z samym sobą", a skutkiem naruszenia tej reguły jest nieważność dokonywanej czynności prawnej.
Ponieważ jedynie ważna czynność prawna w rozumieniu art. 58 Kc może stanowić podstawę prawną uznania wydatku za koszt uzyskania przychodu i zaksięgowania w tym charakterze danego zdarzenia gospodarczego, stwierdzenie nieważności umowy stanowiącej podstawę poniesienia przez podatnika wydatku uniemożliwia jego zaliczenie do kosztów uzyskania przychodów w rozumieniu art. 15 ust. 1 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych /t.j. Dz.U. 1993 nr 106 poz. 482 ze zm./.
Naczelny Sąd Administracyjny w Warszawie po rozpoznaniu w dniu 26 maja 2003 r. sprawy ze skargi Sp. z o.o. Międzynarodowa Apteka (...) "G." na decyzję Izby Skarbowej w W. z dnia 29.08.2001 r. (...) w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych za 1997 r. - oddala skargę.
Izba Skarbowa w W. decyzją z dnia 29.08.2001 r. na podstawie art. 233 par. 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej oraz art. 15 ust. 1 w związku z art. 9 ust. 1 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych po rozpatrzeniu odwołania Spółki z o.o. Międzynarodowa Apteka (...) "G." z siedzibą w W. od decyzji Inspektora Kontroli Skarbowej z dnia 5 sierpnia 1999 r. określającej Spółce wysokość zobowiązania w podatku dochodowym od osób prawnych za rok 1997 w wysokości 536.405 zł, zaległość z powyższego tytułu oraz odsetki w związku z wyrokiem Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 13 marca 2001 r. III SA 68/00 utrzymała zaskarżoną decyzję w mocy.
W wyniku powtórnego rozpatrzenia sprawy Izba Skarbowa stwierdziła, iż przedłożone przez Spółkę dowody nie świadczą jednoznacznie o poniesieniu przez Spółkę kosztów mających związek z jej przychodem, co pozwoliłoby uznać je za koszty uzyskania przychodu w rozumieniu przepisów podatkowych. Wydatki, na które nie było możliwości uzyskania dowodu zewnętrznego należy udokumentować dowodem zastępczym. Spółka nie przedłożyła żadnego dowodu z którego wynikałoby, iż sporne wydatki obciążały badaną Spółkę. Wydatki udokumentowane paragonami, które nie zawierają oznaczenia odbiorcy nie potwierdzają rzeczywistego przebiegu operacji gospodarczych nie mogą być podstawą do ustalania wysokości podatków.
W ocenie Izby Skarbowej odwołująca się Spółka nie mając możliwości uzupełnienia dowodów innymi dokumentami poza dostarczonymi paragonami nie udowodniła faktu poniesienia zakwestionowanych przez Inspektora wydatków w kawiarniach i restauracjach ani ich związku z przychodami Spółki. Ponadto, zgodnie z ogólnymi prawnymi regułami dowodowymi, które należy odpowiednio stosować w postępowaniu administracyjnym, ciężar dowodu spoczywa na stronie postępowania administracyjnego lub organie administracyjnym - w zależności od tego kto wywodzi skutki prawne z danego faktu /por. Z. Janowicz "Kodeks postępowania administracyjnego. Komentarz. Wydawnictwo Naukowe PWN - Poznań 1995, str. 190/. W rozpatrywanej sprawie na podatniku spoczywa ciężar przedłożenia dowodów, ponieważ to on z tego faktu uzyskuje korzyści w postaci zmniejszenia wysokości zobowiązania podatkowego.
W odniesieniu do kwestii zaliczenia do kosztów uzyskania przychodów wydatków na wynagrodzenia przyznane prezesowi i członkowi zarządu uchwałą Zgromadzenia Wspólników Izba Skarbowa posiłkując się wyrokiem NSA z dnia 13 marca 2000 r. w przedmiotowej sprawie ponownie zajęło stanowisko, iż zostały one podjęte bez zachowania wymogów określonych w art. 203 Kh, który jak potwierdza to Sąd w wyroku, odnosi się do wszystkich umów i nie wprowadza rozróżnienia pomiędzy pojęciem członka zarządu i członka zarządu działającego jako osoba trzecia. Zgodnie z tym przepisem prawa w umowach między spółką a członkami zarządu tudzież w sporach z nimi reprezentuje spółkę rada nadzorcza lub pełnomocnicy powołani uchwałą wspólników.