Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA G. Nasierowska, Sędzia WSA M. Długosz-Szyjko (spr.), Sędzia NSA (del.) W. Kubiak, Protokolant A. Kot, po rozpoznaniu w dniu 14 kwietnia 2004 r. sprawy ze skarg Spółki z o.o. [...] z siedzibą w Ż. na decyzje Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej z dnia [...] lipca 2002 r. Nr [...] i [...] w przedmiocie odmowy stwierdzenia nieważności decyzji o podatek od towarów i usług 1) uchyla zaskarżone decyzje, 2) stwierdza , że uchylone decyzje nie podlegają wykonaniu w całości. 3) zasądza od Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej na rzecz skarżącej Spółki kwotę 21.117,40 zł (dwadzieścia jeden tysięcy sto siedemnaście złotych i 40/100) tytułem zwrotu kosztów postępowania
Zaskarżonymi do Naczelnego Sądu Administracyjnego decyzjami nr [...] i [...] wydanymi w dniu [...] lipca 2002 r. Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej utrzymał w mocy poprzednio wydane przez siebie decyzje nr [...]i [...] z [...] marca 2002 r., którymi odmówił stwierdzenia nieważności:
1) 13-tu decyzji Inspektora Kontroli Skarbowej z dnia [...].04.2000r., określających nadwyżkę naliczonego podatku od towarów i usług nad podatkiem należnym za okres od września do grudnia 1997r oraz od stycznia do lipca 1998r., zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług za sierpień 1998r., a także dodatkowe zobowiązanie za ww. miesiące oraz odsetki za zwłokę,
2) 7-miu decyzji Inspektora Kontroli Skarbowej wydanych w dniu [...] września 1999 r., określających nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym za styczeń 1997 r., listopad 1998 r. i grudzień 1998 r. Ponadto Inspektor Kontroli Skarbowej określił w decyzjach tych dodatkowe zobowiązanie podatkowe i zaległość podatkową za wrzesień 1998 r., zaległość podatkową, zobowiązanie podatkowe, dodatkowe zobowiązanie podatkowe oraz odsetki za październik 1998 r.
W ocenie Skarżącej decyzje wydane w I instancji przez Inspektora Kontroli Skarbowej, które stały się ostateczne ze względu na niewniesienie odwołania, zostały wydane z rażącym naruszeniem prawa dającym podstawy do stwierdzenia nieważności przedmiotowych decyzji w trybie art. 247 §1 pkt 3 Ordynacji podatkowej. Zdaniem Spółki, Inspektor Kontroli Skarbowej w trzynastu decyzjach z dnia [...].04.2000r. i 7 decyzjach wydanych [...] września 1999 r. dokonał błędnej wykładni art. 2 i art. 5 ust. 2 i 3 ustawy o podatku od towarów i usług, poprzez uznanie, iż sprzedaż pomiędzy osobą prawną a jej oddziałem stanowi obrót w rozumieniu ustawy o podatku od towarów i usług, w związku z czym sprzedaż taka powinna być opodatkowana podatkiem od towarów i usług. Konsekwencją takiego przekonania Spółki było złożenie wniosku do Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej o stwierdzenie nieważności decyzji Inspektora Kontroli Skarbowej.
W wyniku rozpatrzenia wniosku Strony Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej wydał decyzje odmawiające stwierdzenia nieważności decyzji Inspektora Kontroli Skarbowej.
Następnie, w wyniku złożenia wniosku o ponowne rozpatrzenie wniosku o stwierdzenie nieważności Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej po ponownym rozpatrzeniu sprawy uznał, że zarzuty podniesione przez Spółkę "[...]" nie mogą stanowić podstawy do stwierdzenia nieważności decyzji Inspektora Kontroli Skarbowej z dnia [...].04.2000r. i [...] września 1999 r. ponieważ nie naruszają prawa w sposób rażący.
Na wydane po ponownym rozpatrzeniu sprawy przez Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej decyzje Skarżąca wniosła skargę, w której podnosi, że nastąpiło rażące naruszenie następujących przepisów:
art. 2 ust. l, art. 5 ust.2 i 3 oraz art. 27 ust.4 i 6 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz.U. Nr 11, poz. 50 ze zm.), art. 247 § l pkt 3 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz.U. nr 137, poz. 926 ze zm.)