Nadpłaty podatku dochodowego powstałe przed dniem 1.01.1994 r. podlegały zwrotowi jedynie do końca 1996 r. Zwrot nadpłaty na wniosek złożony w 1997 r. stanowiłby nieuzasadnione uszczuplenie publicznych środków finansowych.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu sprawy ze skargi Jana S. na decyzją (...) Ministra Finansów w przedmiocie zmiany decyzji o zwrocie nadpłaty w podatku dochodowym od osób fizycznych - oddala skargę.
Podaniem z 10.12.97 r. Jan S. zwrócił się do Urzędu Skarbowego w Ś. o powtórne rozliczenie zeznania podatkowego za 1992 r. oraz o zwrot części niesłusznie pobranego przez płatnika - WBE - podatku dochodowego wraz z należnymi odsetkami.
W uzasadnieniu żądania wskazał, iż jako były żołnierz zawodowy otrzymał, w związku z przejściem na emeryturę, należność pieniężną przysługującą żołnierzom zwolnionym z zawodowej służby wojskowej przez rok po zwolnieniu. Od kwoty należności płatnik - Wojskowe Biuro Emerytalne - pobrał zaliczkę na podatek dochodowy w kwocie 475,15 zł. Tymczasem do tego rodzaju świadczeń miał zastosowanie par. 1 pkt 1 lit. "a" zarządzenia Ministra Finansów z dnia 7 grudnia 1992 r. w sprawie zaniechania ustalania i poboru podatku dochodowego, od niektórych przychodów osób fizycznych.
Decyzją z 29.12.1997 r., wydaną na podstawie art. 45 ust. 6 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych i art. 29 ust. 4 ustawy o zobowiązaniach podatkowych Urząd Skarbowy w Ś. odmówił Janowi i Barbarze S. zwrotu nadpłaconego podatku dochodowego za 1992 r.
Zgodnie bowiem z art. 29 ust. 4 ustawy o zobowiązaniach podatkowych, w brzmieniu obowiązującym od 1.01.1994 r., roszczenie o zwrot nadpłaty przedawnia się z upływem 3 lat od daty jej powstania. Wniosek Jana S. został złożony po upływie tego okresu. Decyzję organu I instancji utrzymała w mocy Izba Skarbowa w B. decyzją z 8.04.1998 r., wydaną na podstawie art. 233 par. 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej.
W podaniu z 22.04.1998 r. uzupełnionym pismem z 6.07.1998 r. skierowanym do Ministra Finansów Jan S. wystąpił, na podstawie art. 154 par. 1 Kpa, o zmianę decyzji Izby Skarbowej poprzez stwierdzenie jej nieważności zgodnie z art. 156 par. 1 pkt 2 Kpa. Zarzucił organom podatkowym naruszenie art. 32 Konstytucji, art. 7, art. 8, art. 145 par. 1 pkt 6 Kpa oraz art. 4 ustawy o zobowiązaniach podatkowych. Wskazał także na rozbieżności w ustaleniu daty przedawnienia zwrotu nadpłaty oraz niekonsekwentne powoływanie przez organy przepisów ustawy o zobowiązaniach w jej brzmieniu sprzed i od 1.01.1994 r., dotyczących momentu powstania nadpłaty.
Organy podatkowe - napisał podatnik - były informowane o konsultacjach prowadzonych w Ministerstwie Finansów przez przedstawiciela emerytów - wojskowych na temat możliwości skorzystania przez nich z dobrodziejstwa zarządzenia Ministra Finansów z dnia 7 grudnia 1992 r. Nie można było przyjąć, że zarządzenie to skutkowało od dnia ogłoszenia /18.12.1992 r./ skoro Ministerstwo Finansów dokonywało jego interpretacji w latach 1994 i 1995.
Ponieważ o przedawnieniu nadpłaty - od 1.01.1994 r. stanowił art. 29 ust. 4 ustawy o zobowiązaniach podatkowych, to dla wszystkich nadpłat dniem powstania jest 1.01.1994 r. Izba Skarbowa pomijając treść wyjaśnień Ministerstwa Finansów /dotyczących sprawy/ z 1995 r. naruszyła art. 4 ustawy o zobowiązaniach podatkowych nie uzyskawszy - przed podjęciem decyzji - wymaganego prawem stanowiska innego organu.