W stanie prawnym obowiązującym przed dniem wejścia w życie noweli Ordynacji podatkowej, tj. przed 5.06.2001 r., zapłacone odsetki za zwłokę i opłata prolongacyjna nie stanowiły nadpłaty podatku, a co za tym idzie nie podlegały oprocentowaniu tak jak nadpłaty podatku. Dopiero od 5.06.2001 r., zgodnie z treścią art. 72 par. 3 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./ na równi z nadpłatą traktuje się także część wpłaty, która została zaliczona na poczet odsetek za zwłokę, jeżeli wpłata ta dotyczyła zaległości podatkowej.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu sprawy ze skargi "Z.-B." Zbigniew G. S.A. na decyzję Izby Skarbowej w W. z dnia 21 czerwca 2001 r. (...) w przedmiocie odmowy wypłaty odsetek od odsetek za zwłokę - oddala skargę.
Zaskarżoną decyzją z dnia 21 czerwca 2001 r. (...), po rozpatrzeniu odwołania "ZB - Zbigniew G." SA od decyzji Urzędu Skarbowego W.-W. z dnia 1 listopada 2000 r., (...), odmawiającej wypłacenia odsetek od poprawnych na podstawie decyzji Inspektora Kontroli Skarbowej odsetek i opłaty prolongacyjnej, Izba Skarbowa w W. utrzymała w mocy decyzję organu I instancji.
Jak wynika z uzasadnienia powyższej decyzji w dniu 25 września 2000 r. Urząd Skarbowy W.-W. dokonał zwrotu na rachunek bankowy Spółki Akcyjnej "ZB - Zbigniew G." kwoty należności głównej w wysokości 856.891 zł jako nadpłaty w rozumieniu art. 72 par. 1 pkt 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./, oprocentowania w wysokości 631.261 zł należnego od ww. kwoty należności głównej oraz wpłaconych przez stronę odsetek wraz z opłatą prolongacyjną /uiszczoną zgodnie z decyzją Urzędu rozkładającą na raty część zaległości podatkowej/ w kwocie 294.819,60 zł.
Urząd Skarbowy W.-W. decyzją z dnia 1 listopada 2000 r. (...) wydaną na podstawie art. 270, art. 72 par. 1, art. 74 par. 1, art. 77 par. 1 i 2 Ordynacji podatkowej odmówił jednocześnie wypłacenia odsetek od pobranych na podstawie ww. decyzji Inspektora Kontroli Skarbowej z dnia 25 i 27 marca 1998 r. odsetek w kwocie 252.251,40 zł i opłaty prolongacyjnej w kwocie 42.568,20 zł.
W odwołaniu wniesionym od decyzji organu I instancji strona zwróciła się do Urzędu Skarbowego W.-W. o obliczenie i zapłatę oprocentowania również od niesłusznie pobranych odsetek za zwłokę oraz od opłaty prolongacyjnej. Jednocześnie strona skarżąca wskazująca na pismo Ministerstwa Finansów z dnia 2 listopada 2000 r., w którym wyrażono pogląd, iż "zasadność zwrotu pobranych odsetek za zwłokę wraz ze zwracaną nadpłatą oraz ich oprocentowanie jest niepodważalna na gruncie wykładni celowościowej i systemowej. Do takiej interpretacji niniejszego zagadnienia na gruncie przepisów Ordynacji podatkowej przychyla się Ministerstwo Finansów i taki tryb postępowania w zakresie zwrotu nadpłat jest wskazywany organom podatkowym ". Ponadto, zdaniem strony, argumentacja Urzędu Skarbowego oraz podstawa prawna, na której ją oparł są nietrafne. Zarządzenie nie będące aktem powszechnie obowiązującym w rozumieniu art. 87 Konstytucji RP nie może być źródłem wiążącej podatników legalnej definicji nieopodatkowanych należności budżetowych. Zdaniem strony odsetki stanowią niepodatkową należność budżetową i dlatego mieszczą się w pojęciu nadpłaty podatków.
Izba Skarbowa w W. nie znalazła podstaw do uwzględnienia odwołania i wskazała, iż niewywiązanie się przez podatnika z zobowiązania podatkowego powoduje wydanie decyzji określającej wysokość zobowiązania, a ściślej zaległości /art. 21 par. 3 Ordynacji podatkowej/. Wydanie takiej decyzji oznacza w istocie, że zobowiązanie podatkowe ciążące na podatniku nie zostało uiszczone w terminie i w należnej wysokości, a tym samym stało się zaległością podatkową czyli podatkiem nie zapłaconym w terminie płatności, od której pobiera się odsetki za zwłokę /art. 51 par. 1 w związku z art. 53 par. 1 Ordynacji podatkowej/. W konsekwencji powstanie zaległości podatkowej rodzi dla podatnika przede wszystkim negatywne konsekwencje, co do zapłaty odsetek za zwłokę, stanowiących ekwiwalent za utracone przez Skarb Państwa korzyści na skutek nieterminowej zapłaty podatku. Złagodzeniem niekorzystnej sytuacji podatnika, obciążonego zaległością podatkową, jest możliwość zastosowania wobec niego, przy określonych warunkach, ulg w spłacie zobowiązania np. w postaci rozłożenia na raty zaległości podatkowej wraz z odsetkami za zwłokę /art. 48 par. 1 pkt 2 Ordynacji podatkowej/. W razie wydania jednak decyzji przyznającej wspomnianą ulgę, a tak było w przedmiotowej sprawie, organ podatkowy ustala opłatę prolongacyjną, która podobnie jak odsetki za zwłokę stanowi również ekwiwalent za utracone przez Skarb Państwa korzyści, tym razem na skutek zrzeczenia się świadczenia pieniężnego /zaległości podatkowej/ na czas objęty działaniem decyzji ratalnej. Jeżeli okaże się, że określona w decyzji wymiarowej zaległość podatkowa ulegnie następnie umorzeniu w wyniku uchylenia jej przez Naczelny Sąd Administracyjny, wówczas kwota uiszczonej zaległości staje się kwotą nienależnie zapłaconego podatku czyli nadpłatą w rozumieniu art. 72 par. 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej. Powstała w takim przypadku nadpłata podlegająca zwrotowi wraz z oprocentowaniem w terminie i wysokości określonej art. 76 par. 1 pkt 1 lit. "c" w związku z art. 77 par. 1 i 2 pkt 1 Ordynacji podatkowej, tak jak to zdarzyło się w niniejszej sprawie.