Konsekwencją deklaratoryjnego charakteru decyzji wydawanych na podstawie art. 29 ust. 2 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./ był obowiązek podatnika do obliczenia podatku w sposób i w wysokości określonej prawem i zapłaty w określonym przez prawo terminie, w tym z uwzględnieniem częściowej utraty prawa do obniżenia podatku należnego Niewywiązanie się przez podatnika z ciążących na nim obowiązków, stanowiące o zaistnieniu przesłanek z art. 27 ust. 5 i ust. 6 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. powoduje, że organ orzekający jest obowiązany ustalić /decyzja w tej części ma charakter konstytutywny/ - sankcję przewidzianą w tych przepisach.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu w dniu 17 sierpnia 2001 r. sprawy ze skargi "W.-A." Sp. z o.o. w O.-M. na decyzję Izby Skarbowej w W. z dnia 30 maja 2000 r. (...) w przedmiocie podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące okresu luty 1998 - listopad 1999 r. - oddala skargę.
Inspektor Kontroli Skarbowej w Urzędzie Kontroli Skarbowej w W., po przeprowadzeniu na przełomie roku 1999 i 2000 kontroli w "W.-A. O." Sp. z o.o. w O.-M. decyzją z dnia 22 lutego 2000 r., wydaną na podstawie art. 24 ust. 2 pkt 1 ustawy z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej /Dz.U. 1999 nr 54 poz. 572/, art. 21 par. 1 pkt 2 i par. 3, art. 53 par. 4 i art. 207 par. 1 i par. 2 Ordynacji podatkowej oraz art. 10 ust. 2 i art. 27 ust. 5 i 6 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./ zwaną dalej "ustawą o VAT" określił Spółce zobowiązanie w podatku od towarów i usług za miesiące marzec-czerwiec i wrzesień-grudzień 1998 r. w łącznej kwocie 191.866 zł oraz za miesiące styczeń i marzec 1999 r. w kwocie 74.753 zł, kwoty zwrotu różnicy podatku naliczonego nad należnym za miesiące luty, lipiec i sierpień 1998 r. w łącznej kwocie 132.158 zł oraz za luty i kwiecień-listopad 1999 r. - w wysokości 184.060 zł, zaległość podatkową za miesiące luty-grudzień 1998 r. w łącznej kwocie 20.951 zł i za miesiące styczeń-listopad 1999 r. w łącznej kwocie 2.389 zł wraz z należnymi odsetkami za zwłokę oraz ustalił dodatkowe zobowiązanie podatkowe za poszczególne miesiące okresu od lutego 1998 r. do grudnia 1999 r. w łącznej kwocie 13.444 zł. W uzasadnieniu zaś podano, że Spółka w 1997 r. osiągnęła obroty ze sprzedaży na rzecz osób fizycznych nie prowadzących działalności gospodarczej w formie indywidualnych gospodarstw rolnych w wysokości 558.230,30 zł, co zgodnie z par. 2 ust. 1 i 2 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 24 grudnia 1996 r. w sprawie kas rejestrujących /Dz.U. nr 157 poz. 806 ze zm./ w związku z art. 29 ust. 1 ustawy o VAT obligowało do prowadzenia począwszy od 10 lutego 1998 r. ewidencji obrotu i kwot podatku należnego przy zastosowaniu kas rejestrujących. Spółka mimo to ani w 1998 r., ani też w 1999 r. kas nie zainstalowała.
Spowodowało to, zgodnie z art. 29 ust. 2 ustawy o VAT, utratę prawa do obniżenia podatku należnego o kwotę stanowiącą 30 procent podatku naliczonego przy nabyciu towarów i usług. Wobec tego, że podatek naliczony związany z działalnością wymienioną w art. 29 ust. 1 ustawy o VAT wyniósł odpowiednio 65.076 zł w 1998 r. i 79.673 zł w 1999 r. Spółka utraciła prawo do obniżenia podatku należnego o kwotę podatku naliczonego odpowiednio w kwotach 19.519 zł i 23.898 zł. Ponadto podano, że Spółka w kwietniu i wrześniu 1998 r. nie naliczyła należnego podatku VAT od towarów i usług przekazanych na cele reprezentacji i reklamy w momencie zakupu, co jak podano było niezgodne z art. 2 ust. 3 pkt 1 ustawy o VAT. Ponadto w związku z wykazaniem przez Spółkę w złożonych deklaracjach podatkowych VAT-7 za marzec-czerwiec oraz październik- grudzień 1998 r. i za styczeń i marzec 1998 r. kwot zobowiązań podatkowych niższych od kwot należnych oraz za luty, lipiec i sierpień 1998 r. i za luty oraz kwiecień-listopad 1999 r. kwot zwrotu różnicy podatku wyższych od kwot należnych na podstawie art. 27 ust. 5 i 6 ustawy o VAT ustalono dodatkowe zobowiązanie podatkowe w wysokości odpowiadającej odpowiednio 30 procent zaniżenia zobowiązania podatkowego oraz 30 procent kwoty stanowiącej zawyżenie zwrotu różnicy podatku. W odwołaniu od tej decyzji uzupełnionym następnie pismem z dnia 10 maja 2000 r.