1. Z treści art. 9 ust. 4 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./ wynika, że skutki prawnopodatkowe, wynikające z zaprzestania wykonywania czynności podlegających opodatkowaniu, wynikają z chwilą wykreślenia podatnika z rejestru, które następuje z datą faktycznego zaprzestania wykonywania tych czynności.
2. Przepisy prawa podatkowego, a w szczególności ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./ nie przewidują możliwości sukcesji uprawnień podatkowych. Błędne jest więc stanowisko, że przepisy art. 9 ust. 4 i art. 25 ust. 3 ustawy o VAT - w przypadku przedsiębiorstw państwowych stawianych w stan likwidacji na podstawie art. 37 ust. 2 w zw. z art. 37 ust. 1 pkt 2 ustawy z dnia 13 lipca 1990 r. o prywatyzacji przedsiębiorstw państwowych /Dz.U. nr 51 poz. 298 ze zm./ - mają jedynie charakter formalny /ewidencyjny/.
Decyzją z dnia 10.06.1997 r. Urząd Skarbowy odmówił zwrotu różnicy podatku należnego za kwiecień 1997 r. i określił wysokość zobowiązania podatkowego za powyższy miesiąc w kwocie 77 zł, ponieważ (...) zostało wykreślone z rejestru podatników podatku od towarów i usług. Zgodnie z art. 25 ust. 3 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym obniżenia kwoty lub zwrotu różnicy podatku należnego nie stosuje się do podatników, którzy zostali wykreśleni z rejestru, o którym mowa w art. 9 wyżej cyt. ustawy.
Strona zaś została wyrejestrowana na podstawie złożonego przez nią wniosku z dniem 15.05.1997 r., a deklarację za kwiecień 1997 r. złożyła w urzędzie 20.05.1997 r.
Strona odwołała się od decyzji urzędu podnosząc, że: nie zaprzestała wykonywania czynności podlegających opodatkowaniu, a jedynie została przekształcona przez organ zwierzchni /Ministra Sprawiedliwości/ z przedsiębiorstwa państwowego w spółkę z ograniczoną odpowiedzialnością. Na dowód swej tezy Strona załączyła zarządzenie Ministra Sprawiedliwości z dnia 26.03.1997 r. o stwierdzeniu likwidacji bez zakończenia działalności gospodarczej. Spółka z o.o. w całości przejęła mienie, zobowiązania, nazwę, pracowników itd. przedsiębiorstwa państwowego, w rozumieniu art. 55[1] Kodeksu cywilnego. Według Strony błędna była interpretacja urzędu o konieczności zgłoszenia zaprzestania wykonywania czynności podlegających opodatkowaniu na druku VAT-7.
Izba Skarbowa decyzją z dnia 16.09.1997 r. utrzymała zaskarżoną decyzję w mocy. W toku postępowania odwoławczego ustaliła, że podatnik z dniem 15.05.1997 r. został wykreślony z rejestru podatników VAT, natomiast 20.05.1997 r. złożył w urzędzie skarbowym deklarację podatkową VAT-7 z kwotą podatku naliczonego i wykazanym zwrotem różnicy podatku na konto bankowe.
Nie będąc już wtedy podatnikiem VAT, strona w myśl przepisu art. 25 ust. 3 ustawy o VAT nie mogła ubiegać się o możliwość odliczenia podatku naliczonego, ani tym bardziej o zwrot nadwyżki podatku wykazanej w deklaracji VAT-7 za kwiecień 1997 r. Na powyższą decyzję strona wniosła skargę do Naczelnego Sądu Administracyjnego, w której podniosła, że decyzja Izby Skarbowej naruszyła przepisy prawa materialnego, a w szczególności: art. 9 ust. 4 i art. 25 ust. 3 ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./, art. 37 ustawy z dnia 13 lipca 1990 r. o prywatyzacji przedsiębiorstw państwowych /Dz.U. nr 51 poz. 298 ze zm./ oraz art. 55[1] Kodeksu cywilnego.
Zdaniem Strony, Izba nie ustosunkowała się do stwierdzenia, że likwidacja przedsiębiorstwa nastąpiła bez ukończenia działalności gospodarczej na podstawie decyzji sądowej i od złożenia formularza VAT-7 urząd uzależnił możliwość rejestracji nowo powstałej spółki z o.o. De facto to urząd według strony zlikwidował arbitralną decyzją przedsiębiorstwo państwowe wbrew organowi założycielskiemu.