Z przepisu art. 73 par. 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa /Dz.U nr 137 poz. 926 ze zm./ można wyprowadzić wniosek, że wysokość nadpłaty określa sam organ podatkowy. Powyższe wynika także z treści art. 21 par. 3 ustawy, który stanowi, że wskutek wszczętego postępowania podatkowego, jeżeli organ podatkowy stwierdzi, że podatnik, mimo ciążącego na nim obowiązku, nie zapłacił w całości lub w części podatku albo że wysokość zobowiązania podatkowego jest inna niż wykazana w deklaracji, organ podatkowy wydaje decyzję, w której określa wysokość zaległości podatkowej albo stwierdza nadpłatę. A więc co do zasady rozstrzygnięcie w sprawie nadpłaty powinno być podejmowane przez organ podatkowy. Jednakże od tej zasady, z mocy samego prawa, dopuszcza się odstępstwo w sytuacji, gdy wysokość nadpłaty określona jest przez podatnika w przypadkach wymienionych w art. 74 par. 2 oraz gdy podatnik określa wysokość nadpłaty w sytuacji uregulowanej w art. 73 par. 2 ordynacji. W przypadkach, w których podatnik sam określił wysokość nadpłaty, dla dokonania zwrotu nadpłaty nie jest konieczne wydanie decyzji, w której właściwy organ ustaliłby jej wysokość.
W dniu 29.09.1998 r. Dorota i Tomasz T., na podstawie art. 73 par. 2 pkt 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa /Dz.U nr 137 poz. 926 ze zm./, złożyli wniosek o zwrot nadpłaty w podatku dochodowym od osób fizycznych za 1997 rok. W uzasadnieniu wniosku podali, iż podstawę ich żądania stanowi ustawa z dnia 8 maja 1998 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych oraz o zmianie ustawy zmieniającej ustawę o podatku dochodowym od osób fizycznych /Dz.U nr 74 poz. 471/, bowiem ich zdaniem prowadzona budowa domu upoważniała do odliczenia poniesionych wydatków za 1997 rok.
Urząd Skarbowy po analizie przedstawionych przez skarżących dokumentów tj. aktu notarialnego z 28.09.1996 r., umowy o realizacji inwestycji z dnia 28.09.1996 r. zawartej między Towarzystwem Budowlanym "E." Sp. z o.o. a Stroną oraz promesy inwestorskiej sporządzonej w dniu 10.10.1998 r., a także po uwzględnieniu wyjaśnień złożonych w dniu 10.11.1998 r. przez skarżących, decyzją z dnia 14.12.1998 r. odmówił stwierdzenia wykazanej we wniosku PIT-WK nadpłaty podatku za 1997 r.
Zdaniem organu Strona nie realizowała w 1996 r. żadnego z celów wymienionych w art. 2 ustawy z dnia 8 maja 1998 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych oraz o zmianie ustawy zmieniającej ustawę o podatku dochodowym od osób fizycznych /Dz.U nr 74 poz. 471/.
W wyniku złożonego odwołania Izba Skarbowa zaskarżoną decyzją do Naczelnego Sądu Administracyjnego utrzymała w mocy decyzję organu pierwszej instancji.
Jednocześnie Urząd Skarbowy postanowieniem z 14.11.1998 roku wszczął postępowanie podatkowe w celu określenia wysokości podatku dochodowego od osób fizycznych za 1997 rok, w związku ze złożonym zeznaniem podatkowym PIT-31, oraz złożonym wnioskiem o zwrot nadpłaty w podatku dochodowym i korektę zeznania za 1997 rok PIT-WK.
W wyniku kontroli przedstawionych dokumentów Urząd Skarbowy ustalił, iż w 1996 r. Strona nie realizowała żadnego w celów wymienionych w art. 2 ustawy z dnia 8 maja 1998 r. i wymienioną wcześniej decyzją z dnia 14.12.1998 r. odmówił stwierdzenia nadpłaty w podatku dochodowym za 1997 r., wykazanej we wniosku PIT-WK.
Ponadto Urząd Skarbowy uznał, iż dwie renty odpłatne /bezterminowe/ w wysokości po 12.000 zł każda, przekazane na podstawie umowy cywilnoprawnej raz w roku nie podlegają odliczeniu od dochodu.
W związku z powyższym decyzją z dnia 22.12.1998 r. określił wysokość podatku dochodowego za 1997 r. w kwocie 26.982,50 zł.
W wyniku wniesionego odwołania od powyższej decyzji, Izba Skarbowa decyzją z dnia 21.05.1999 r., która następnie została zaskarżona do Naczelnego Sądu Administracyjnego, uchyliła decyzję organu pierwszej instancji i określiła podatek dochodowy za 1997 rok w kwocie 12.678,20 zł, uznając prawo podatników do odliczenia dwóch rent wypłaconych jednorazowo, każda po 12.000 zł. Natomiast w przedmiocie odmowy uznania prawidłowości odliczeń dokonanych od podstawy opodatkowania z tytułu wydatków poniesionych na "budowę budynku mieszkalnego" w kwocie 17.900 zł, tj. do wysokości limitu zgodnie ze złożonym wnioskiem PIT-WK, Izba poinformowała, że sprawa ta została rozstrzygnięta zaskarżoną do Naczelnego Sądu Administracyjnego decyzją z dnia 21.05.1999 r.