W przypadku wydania decyzji na podstawie art. 245 par. 2 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./ /w brzmieniu obowiązującym do 31 grudnia 2002 r./ organ powinien wypowiedzieć się co do wydania decyzji będącej przedmiotem wznowionego postępowania - z naruszeniem prawa /art. 261 par. 3 tej ustawy/.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu sprawy ze skargi Elżbiety K. na decyzję Ministra Finansów z dnia 11 kwietnia 2001 r. (...) w przedmiocie podatku dochodowego od osób fizycznych (po wznowieniu postępowania) - uchyla zaskarżoną decyzję Ministra Finansów, (...).
Elżbieta K. dnia 25 lipca 1997 r. wystąpiła do Izby Skarbowej w Z.-G. o wznowienie postępowania w zakresie określenia wysokości zobowiązania w podatku dochodowym od osób fizycznych za 1992 i 1993 r. Podatek za 1992 r. został określony prawomocną decyzją tego organu z dnia 22 lipca 1996 r. (...), na którą skargę NSA wyrokiem z dnia 15 kwietnia 1997 r. I SA/Po 1305/96 oddalił.
Po rozpatrzeniu wniosku w zakresie dotyczącym 1992 r. Izba Skarbowa w Z.-G. decyzją z dnia 8 września 1997 r. (...) odmówiła wznowienia postępowania. Decyzja ta, po rozpatrzeniu odwołania podatniczki, została uchylona w całości przez Ministra Finansów decyzją z dnia 10 grudnia 1998 r. (...), zaś sprawa skierowana do ponownego rozpatrzenia.
Izba Skarbowa ponownie rozpatrując wniosek o wznowienie postępowania w zakresie określenia wysokości zobowiązania strony za 1992 r. decyzją z dnia 21 kwietnia 1999 r. (...) odmówiła uchylenia swojej decyzji ostatecznej, powołując się na art. 245 par. 2 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./ z uwagi na upływ terminu, o którym mowa w art. 70 par. 1 tej ustawy.
Minister Finansów decyzją z dnia 11 kwietnia 2001 r. (...), po rozpatrzeniu odwołania strony od decyzji Izby Skarbowej odmawiającej uchylenia swojej decyzji z dnia 22 lipca 1996 r., utrzymał tę decyzję w mocy, podzielając stanowisko organu pierwszej instancji.
W skardze do NSA na ww. decyzję Ministra Finansów skarżąca zarzuciła organowi wydanie jej z rażącym naruszeniem prawa i wniosła o jej uchylenie. Stwierdziła, że to orzeczenie narusza przepisy prawa materialnego i procedury administracyjnej, w szczególności art. 120-123, art. 125, art. 140, art. 180, art. 187, art. 191 Ordynacji podatkowej, art. 22 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, a także art. 172 Kpa oraz art. 22 ust. 2 pkt 3 ustawy z dnia 11 maja 1995 r. o NSA.
Stwierdziła, że składając wniosek o wznowienie postępowania zakończonego ostateczną decyzją Izby Skarbowej w Z.-G. z dnia 22 lipca 1996 r. powołała się na nowy dowód, nieznany organowi, który wydał decyzję, w postaci księgi inwentarzowej środków trwałych, prowadzonej przez Andrzeja K. Na podstawie tego dowodu Izba Skarbowa uwzględniła amortyzację w kosztach uzyskania przychodu i uchyliła decyzje dotyczące 1993 i 1994 r. Za ten okres zwrócono jej błędnie wyliczony podatek wraz z odsetkami.
Natomiast bezpodstawnie Izba Skarbowa odmówiła wznowienia postępowania w sprawie dotyczącej roku 1992 r., powołując się na ww. wyrok NSA. Odwołanie od tej decyzji zostało załatwione po myśli skarżącej, bowiem Minister Finansów uchylił decyzję Izby Skarbowej.
Skarżąca podkreśliła, że chociaż ujawniona ewidencja środków trwałych nie była znana organom podatkowym w czasie postępowania głównego, to już 9 lipca 1997 r. organy te otrzymały wskazane dokumenty i na ich podstawie określiły kwoty amortyzacji za 1992, 1993 i 1994 r. Wniosek o wznowienie postępowania został złożony 27 lipca 1997 r., a więc organy podatkowe miały 1 rok i 6 miesięcy, by wznowić postępowanie i do kosztów zaliczyć amortyzację. Organy celowo popełniając błędy i przedłużając postępowanie naruszyły art. 120-121 Ordynacji podatkowej.