Zgodnie z art. 248 par. 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./ właściwym do stwierdzenia nieważności decyzji w przypadkach wymienionych w art. 247 tej ustawy jest organ wyższego stopnia, lecz uchylając /jako organ II instancji/ wydaną przez organ niewłaściwy decyzję Urzędu Skarbowego, błędnie uznała się jednocześnie za organ właściwy do orzekania w tym zakresie w pierwszej instancji.
Z treści art. 247 par. 1 Ordynacji podatkowej jednoznacznie wynika, że przedmiotem postępowania o stwierdzenie nieważności może być wyłącznie decyzja ostateczna.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu sprawy ze skargi Haliny I.-T. na decyzją (...) Izby Skarbowej w W. w przedmiocie podatku dochodowego - uchyla zaskarżoną decyzję.
Zaskarżoną decyzją, wydaną na podstawie art. 233 par. 1 pkt 1 w związku z art. 220 par. 2 Ordynacji podatkowej. Izba Skarbowa w W. utrzymała w mocy decyzję Urzędu Skarbowego W.-M. z dnia 3.08.1999 r. umarzającą postępowanie w sprawie przedawnienia zobowiązania podatkowego za 1991 rok.
W uzasadnieniu tej decyzji stwierdzono, że pismem z dnia 12.02.1999 r., uzupełnionym w dniu 1.06.1999 r. pełnomocnik Haliny I.-T. zwrócił się do Urzędu Skarbowego W.-M. o stwierdzenie przedawnienia zobowiązania podatkowego za 1991 r. lub stwierdzenie wygaśnięcia decyzji z dnia 14.07.1994 r. Urząd ten decyzją z dnia 3.08.1999 r. umorzył postępowanie w sprawie przedawnienia zobowiązania podatkowego za 1991 rok stwierdzając w uzasadnieniu, iż zarówno przepisy Ordynacji podatkowej jak też inne przepisy podatkowe nie dają podstaw prawnych do wydania decyzji o przedawnieniu zobowiązań podatkowych. Przedawnienie następuje z mocy prawa. Jednocześnie Urząd Skarbowy wyjaśnił, iż zobowiązanie podatkowe za 1991 rok ustalone decyzją z dnia 14.07.1994 r. nie uległo przedawnieniu. W złożonym odwołaniu podatniczka wniosła o uchylenie decyzji Urzędu jako wydanej z rażącym naruszeniem przepisu art. 208 par. 1 W związku z art. 70 par. 1 Ordynacji podatkowej, a ponadto wniosła o wydanie decyzji o umorzeniu postępowania w sprawie wymiaru podatku za okres objęty zwolnieniem z uwagi na fakt nie wydania przez Urząd Skarbowy ważnej decyzji wymiarowej w przepisanym terminie 3 lat od końca roku 1991, w którym powstał obowiązek podatkowy. Odwołująca zarzuciła ponadto pozostawienie bez rozpatrzenia części wniosku z dnia 12.02.1999 r. o stwierdzenie wygaśnięcia decyzji w sprawie wymiaru podatku dochodowego i obrotowego za okres objęty zwolnieniem oraz umorzenie postępowania w sprawie stwierdzenia przedawnienia zobowiązania podatkowego za 1991 r. poprzez przyjęcie bezprzedmiotowości postępowania oraz w oparciu o nieważną decyzję wymiarową z dnia 14.07.1994 r., gdyż wydaną w okresie obowiązywania decyzji o zwolnieniu od podatku dochodowego i obrotowego z dnia 25.03.1991 r.
Izba Skarbowa w W. nie podzieliła zarzutów odwołania uznając, że utrata warunków do zwolnienia od dnia 1.05.1991 r. spowodowała ustalenie zobowiązań podatkowych za 1991 r. decyzją Urzędu Skarbowego z dnia 14.07.1994 r., doręczoną podatniczce w dniu 6.10.1994 r. Zarówno według przepisów obowiązującej do końca 1997 r. ustawy o zobowiązaniach podatkowych jak też aktualnie obowiązującej Ordynacji podatkowej zobowiązanie podatkowe nie powstaje, jeżeli decyzja ustalająca to zobowiązanie została doręczona po upływie 3 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym powstał obowiązek podatkowy. Decyzję ustalającą zobowiązanie podatkowe za 1991 r. doręczono podatniczce w dniu 6.10.1994 r., zatem przed upływem terminu przedawnienia.
Za bezzasadny organ odwoławczy uznał zarzut pozostawienia bez rozpatrzenia części wniosku z dnia 12.02.1999 r. o stwierdzenie wygaśnięcia decyzji w sprawie wymiaru podatku dochodowego i obrotowego za 1991 r., wobec zgłoszonej przez podatniczkę zmiany wniosku w tym zakresie pismem z dnia 21.06.1999 r. na żądanie stwierdzenia nieważności decyzji wymiarowej za 1991 r. z dnia 14.07.1994 r., które było przedmiotem odrębnego postępowania i rozstrzygnięcia.