Ustawa z dnia 31 stycznia 1989 r. o opłacie skarbowej /Dz.U. nr 4 poz. 23 ze zm./ nie zawiera treści pozwalającej na zastosowanie art. 254 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./.
Naczelny Sąd Administracyjny oddalił na podstawie art. 27 ust. 1 ustawy z dnia 11 maja 1995 r. o Naczelnym Sądzie Administracyjnym /Dz.U. nr 74 poz. 368 ze zm./ skargę (...) spółki z o.o. na decyzję Ministra Finansów z dnia 19 kwietnia 1999 r. w przedmiocie umorzenia postępowania w sprawie zmiany decyzji dotyczącej opłaty skarbowej.
"S." Sp. z o.o. w dniu 16 grudnia 1998 r. złożyło do Izby Skarbowej w K. wniosek o zmianę, na podstawie art. 254 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 160 ze zm./, ostatecznej decyzji wydanej przez tę Izbę Skarbową w dniu 23 lutego 1998 r. (...), określającej opłatę skarbową od umowy pożyczki i umorzenie postępowania, ze względu na zmianę po jej doręczeniu okoliczności faktycznych mających wpływ na ustalenie wysokości zobowiązania, w szczególności ujawnienie decyzji organów podatkowych, które przy stanie identycznym jak w niniejszej sprawie orzekły o nieistnieniu zobowiązania w opłacie skarbowej.
Izba Skarbowa w P. w dniu 21 stycznia 1999 r. na podstawie art. 207 i art. 208 Ordynacji podatkowej wydała decyzję (...), w której umorzyła postępowanie w sprawie zmiany decyzji z dnia 23 lutego 1998 r. W uzasadnieniu podniosła, że art. 254 par. 1 Ordynacji podatkowej, o zastosowanie którego wnioskowała strona, dotyczy wyłącznie decyzji ustalających zobowiązanie podatkowe. Kwestionowana decyzja jest natomiast decyzją określającą zaległość w opłacie skarbowej oraz stosowne odsetki za zwłokę. Z tego względu art. 254 par. 1 Ordynacji podatkowej nie może stanowić podstawy do jej zmiany, wobec czego postępowanie wszczęte zgodnie z tym przepisem należało jako bezprzedmiotowe umorzyć.
Stanowisko organu pierwszej instancji zostało utrzymane przez organ odwoławczy - Ministra Finansów w decyzji z dnia 19 kwietnia 1999 r. (...).
W skardze do Naczelnego Sądu Administracyjnego "S." Sp. z o.o. zarzuciła ww. decyzji Ministra Finansów naruszenie art. 254 Ordynacji podatkowej poprzez odmowę zmiany decyzji ostatecznej mimo, że decyzji wydanej na podstawie art. 5 ust. 2 ustawy z dnia 19 grudnia 1980 r. o zobowiązaniach podatkowych /Dz.U. 1993 nr 108 poz. 486. ze zm./ "nie sposób nie uznać za decyzję ustalającą zobowiązanie podatkowe". Ponadto skarżąca zarzuciła naruszenie art. 122 Ordynacji podatkowej poprzez brak ustosunkowania się do zarzutów postawionych we wniosku o zmianę decyzji. Spółka podniosła, że art. 5 ust. 2 ustawy o zobowiązaniach podatkowych nie miał zastosowania do opłaty skarbowej ponieważ tryb powstawania i poboru tej opłaty oraz zasady wydawania decyzji w tym zakresie określają szczegółowe przepisy dotyczące opłaty skarbowej, w tym zarządzenie Ministra Finansów w sprawie sposobu pobierania i zwrotu opłaty skarbowej (...), z którego wyraźnie wynika, że decyzja w sprawie opłaty skarbowej jest decyzją ustalającą /par. 8 ust. 1 pkt 5 czy par. 8 ust. 3 pkt 4 zarządzenia/. Z tego względu decyzja ta mogła być zmieniona na podstawie art. 254 Ordynacji podatkowej, wbrew stanowisku przyjętemu w zaskarżonej decyzji. Ponadto organ odwoławczy utrzymał w mocy decyzję, w której organ pierwszej instancji nie ustosunkował się do merytorycznych kwestii podniesionych przez stronę we wniosku, a dotyczących rozbieżności w orzecznictwie organów podatkowych i wydawania przez nie orzeczeń innych niż stanowisko zawarte w piśmie Departamentu Podatków Pośrednich z dnia 29 lipca 1997 r. nr PP-3-82141051/97/JM. Taki sposób załatwienia sprawy był niezgodny z zobowiązującym Ministra Finansów do zapewnienia jednolitej interpretacji prawa i wydawania urzędowej wykładni przepisem art. 14 Ordynacji podatkowej.