Zarówno pod rządami ustawy z dnia 19 grudnia 1980 r. o zobowiązaniach podatkowych /Dz.U. 1993 nr 108 poz. 486 ze zm./, jak i ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./ w podatku od towarów i usług nalicza się odsetki od nienależnego zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym jako od zaległości podatkowych.
Sąd Najwyższy z udziałem prokuratora Prokuratury Krajowej Waldemara Grudzieckiego w sprawie ze skargi Haliny B. i Wiesława B. na decyzję Izby Skarbowej w Sz. - Ośrodka Zamiejscowego w K. z dnia 2 lipca 1999 r. (...) w przedmiocie podatku od towarów i usług za miesiąc marzec 1995 r., po rozpoznaniu na rozprawie rewizji nadzwyczajnej Ministra Sprawiedliwości (...) od wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego - Ośrodka Zamiejscowego w Szczecinie z dnia 13 września 2000 r., SA/Sz 1402/99 - uchyla zaskarżony wyrok w pkt I i III i przekazuje sprawę w tym zakresie NSA OZ w Szczecinie do ponownego rozpoznania.
W wyniku kontroli przeprowadzonej w Biurze Prawno-Handlowym "B.-L." w K., prowadzonym przez Halinę i Wiesława małżonków B., Inspektor Urzędu Kontroli Skarbowej w K. decyzją z dnia 2 kwietnia 1999 r. (...) określił podatnikom Halinie i Wiesławowi B. kwotę zwrotu różnicy podatku od towarów i usług za marzec 1995 r. w wysokości 2.553 zł oraz kwotę nienależnie otrzymanego zwrotu w wysokości 432 zł z jednoczesnym ustaleniem, że kwota ta od dnia 9 maja 1995 r. jest traktowana na równi z zaległością podatkową. Jako podstawę prawną decyzji organ pierwszej instancji wskazał art. 10 ust. 2 i art. 19 ust. 3 i 3a ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./ oraz art. 21 par. 1 pkt 1 i par. 3, art. 52 par. 1 pkt 2 i art. 207 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./, a także par. 35 ust. 4 pkt 4 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 8 grudnia 1994 r. w sprawie wykonania przepisów ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 133 poz. 688 ze zm./. Organ pierwszej instancji stwierdził, że podatnicy zawyżyli podatek naliczony o podatek wynikający z faktur otrzymanych w styczniu 1995 r., który mógł być rozliczony w miesiącu ich otrzymania lub miesiącu następnym, nie zaś w rozliczeniu za marzec 1995 r., mimo iż w tym miesiącu nastąpiło faktyczne wykonanie usług, których dotyczyły przedmiotowe faktury.
Odwołanie podatników od decyzji Inspektora Urzędu Kontroli Skarbowej nie zostało uwzględnione i Izba Skarbowa w S. - Ośrodek Zamiejscowy w K. decyzją z dnia 2 lipca 1999 r. (...), utrzymała zaskarżoną decyzję w mocy. W uzasadnieniu swojej decyzji organ odwoławczy wskazał na przepisy art. 19 ust. 3 i 3a ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym oraz par. 35 ust. 4 pkt 4 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 8 grudnia 1994 r. w sprawie wykonania przepisów ustawy o podatku od towarów i usług.
W skardze do Naczelnego Sądu Administracyjnego podatnicy - Halina i Wiesław B. -wnieśli o uchylenie zaskarżonej decyzji Izby Skarbowej w całości. Zarzucili naruszenie art. 19 ust. 1, 2 i 3a ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym oraz par. 35 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 8 grudnia 1994 r. w sprawie wykonania przepisów ustawy o podatku od towarów i usług. Skarżący zakwestionowali zawężającą - ich zdaniem - wykładnię art. 19 ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym dokonaną przez Izbę Skarbową, a ponadto podnieśli, że organy podatkowe do otrzymanych przez nich zwrotów podatku naliczonego niezasadnie zastosowały przepisy Ordynacji podatkowej, mimo że faktyczne zwroty podatku nastąpiły pod rządem przepisów ustawy o zobowiązaniach podatkowych, które to przepisy nie zawierały regulacji mogących uzasadniać twierdzenie, że nienależnie otrzymane zwroty podatku stanowią zaległość podatkową.