1. Odsetki za zwłokę dzielą byt prawny zaległości podatkowej, zatem jeżeli ta okazuje się być nienależną to logiczną konsekwencją jest również uznanie za nadpłatę tej części wpłaty, którą organ podatkowy w momencie dokonywania wpłaty zarachował obligatoryjnie na poczet odsetek za zwłokę".
2. Zaległość podatkowa i odsetki nie mogą wejść w skład nadpłaty, a sytuacja ta ulega radykalnej zmianie dopiero - jak w przedmiotowej sprawie - po uchyleniu przez organ odwoławczy decyzji urzędu skarbowego stwierdzającej istnienie w danym roku kalendarzowym zaległości podatkowej.
W tym momencie kwota owej zaległości, wpłaconej przez podatnika i zarachowanej przez urząd skarbowy zgodnie z art. 55 par. 2 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./ na należność główną i odsetki za zwłokę, ulega przekształceniu w jednorodną nadpłatę w rozumieniu art. 72 par. 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej.
Sąd Najwyższy przy udziale prokuratora Prokuratury Krajowej Ryszarda Walczaka w sprawie ze skargi "P. B." Spółka z o.o. w Sz. na decyzję Izby Skarbowej w Sz. z dnia 8 lutego 1999 r. (...) w przedmiocie oprocentowania nadpłaty podatku po rozpoznaniu na rozprawie rewizji nadzwyczajnej Ministra Sprawiedliwości (...) od wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego - Ośrodka Zamiejscowego w Szczecinie z dnia 29 czerwca 2000 r., SA/Sz 411/99 - oddala rewizję nadzwyczajną.
Pierwszy Urząd Skarbowy w Sz. decyzją z dnia 8 października 1998 r. (...) odmówił Spółce z o.o. "P. B." w Sz. oprocentowania odsetek za zwłokę od zaległości z tytułu podatku dochodowego od osób prawnych za 1994 r. Rozstrzygnięcie to zostało spowodowane wnioskiem o naliczenie oprocentowania od całości kwoty wpłaconej na poczet podatku dochodowego określonego decyzją wspomnianego organu pierwszej instancji z dnia 31 grudnia 1997 r. w następstwie stwierdzenia, że podatnik nie wykonał częściowo swego zobowiązania podatkowego. Tymczasem Pierwszy Urząd Skarbowy w Sz. naliczył odsetki tylko od tej części wpłaconej kwoty, która została przezeń zaliczona na poczet zaległości podatkowej, czyli od kwoty 90.765 zł. Rozliczając bowiem wpłatę 226.293 zł dokonał jej proporcjonalnego podziału na należność główną /90.765 zł/ i narosłe od niej odsetki /135.528 zł/, gdyż kwota wpłaty odpowiadała jedynie zaległości podatkowej, a więc nie wystarczała na równoczesne pokrycie zaległego podatku i odsetek za zwłokę.
Przesłanką wniosku Spółki o naliczenie odsetek od całości powyższej kwoty było uchylenie przez Izbę Skarbową w Sz. w dniu 30 czerwca 1998 r. "decyzji wymiarowej" za 1994 r., połączone z umorzeniem postępowania podatkowego, przy czym jeszcze przed zapadnięciem rozstrzygnięcia drugoinstancyjnego Spółka wpłaciła jedynie kwotę samej zaległości podatkowej i wniosła o umorzenie odsetek. Postępowanie to następnie zostało jednak - w związku z umorzeniem przez organ odwoławczy postępowania wymiarowego - umorzone jako bezprzedmiotowe. W następstwie przedstawionego ciągu zdarzeń prawnych podatnik, kwestionując naliczenie oprocentowania tylko od części kwoty zarachowanej przez organ skarbowy na poczet zaległości podatkowej, domagał się oprocentowania również od części kwoty zaliczonej na odsetki za zwłokę, zarzucając naruszenie art. 77 par. 1 i art. 55 par. 2 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r.- Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./. Powoływaną wyżej odmowną decyzję Pierwszego Urzędu Skarbowego z dnia 8 października 1998 r. utrzymała w mocy Izba Skarbowa w Sz. decyzją z dnia 8 lutego 1999 r. (...), argumentując w jej uzasadnieniu, że w świetle przepisów Ordynacji podatkowej brakuje podstaw prawnych do spełnienia żądania podatnika.
Naczelny Sąd Administracyjny - Ośrodek Zamiejscowy w Szczecinie wyrokiem z dnia 29 czerwca 2000 r., SA/Sz 411/99, uwzględnił skargę podatnika i uchylił zaskarżoną decyzję, jak też poprzedzającą ją decyzję Pierwszego Urzędu Skarbowego w Sz. z dnia 8 października 1998 r. W motywach tego rozstrzygnięcia NSA wyraził pogląd, że nienależnie zapłaconym podatkiem w rozumieniu art. 72 par. 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej jest zarówno kwota nienależnego podatku, jak też odsetek zapłaconych czy wpłat zarachowanych przez organ podatkowy jako odsetki od nienależnego podatku. Zwracana kwota odsetek podlega więc również oprocentowaniu w trybie art. 77 Ordynacji podatkowej.