1. Zawarta przez podatnika podatku od towarów i usług umowa sprzedaży towarów używanych, która jako czynność cywilnoprawna poddana jest co do zasady podatkowi od towarów i usług, lecz na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 5 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./ zwolniona została z tego podatku, wyłączona jest z zakresu stosowania ustawy z dnia 31 stycznia 1989 r. o opłacie skarbowej /Dz.U. nr 4 poz. 23 ze zm./ na podstawie art. 3 ust. 1 pkt 5 lit. "a" /in principio/ tej ustawy.
2. Odrębność reżimów prawnych obu rodzajów podatków - z jednej strony opłaty skarbowej, a z drugiej strony podatku od towarów i usług - przesądza o tym. że czynności cywilnoprawne, które na podstawie art. 3 ust. 1 pkt 5 lit. "a" ustawy o opłacie skarbowej wyłączone zostały z zakresu stosowania przepisów ustawy o opłacie skarbowej z tej przyczyny, że poddane zostały przepisom prawnym podatku od towarów i usług, nie mogą być następnie ponownie poddawane obowiązkowi opłaty skarbowej tylko z tego powodu, że na podstawie przepisów ustawy o podatku od towarów i usług zostały one zwolnione z obowiązku uiszczenia tego podatku.
3. Naczelny Sąd Administracyjny wbrew wynikającemu z art. 328 par. 2 Kpc w związku z art. 59 ustawy z dnia 11 maja 1995 r. o Naczelnym Sądzie Administracyjnym /Dz.U. nr 74 poz. 368 ze zm./ obowiązkowi "wyjaśnienia podstawy prawnej wyroku" stwierdził, że wobec rozbieżności w interpretacji art. 3 ust. 1 pkt 5 lit. "a" ustawy o opłacie skarbowej, w opinii tego Sądu: "brak jest podstaw do zarzucenia orzekającym w sprawie organom naruszenia prawa materialnego",
Sąd Najwyższy w sprawie ze skargi "C.-B.-P." Spółki z o. o. w J. na decyzję Izby Skarbowej w R. z dnia 20 czerwca 2000 r. (...) w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty w opłacie skarbowej, po rozpoznaniu, rewizji nadzwyczajnej Prezesa Naczelnego Sądu Administracyjnego (...) od wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego - Ośrodka Zamiejscowego w Rzeszowie z dnia 10 kwietnia 2001 r., SA/Rz 1248/00 - uchyla zaskarżony wyrok i przekazuje sprawę NSA OZ w Rzeszowie do ponownego rozpoznania.
"C.-B.-P." Sp. z o.o. nabyła w dniu 19 stycznia 2000 r. na podstawie umowy sprzedaży, zawartej w formie aktu notarialnego, od Rafinerii "J." SA m.in. budynki i budowle oraz instalacje przemysłowe i inne urządzenia trwale związane z gruntem, do którego nabyła prawo wieczystego użytkowania. Od powyższej umowy strony uiściły w częściach równych opłatę skarbową.
"C.-B.-P." Sp. z o.o. zażądała zwrotu poniesionej przez siebie części opłaty skarbowej w kwocie 284.200 zł.
Urząd Skarbowy w J. decyzją z dnia 29 marca 2000 r. odmówił stwierdzenia nadpłaty w opłacie skarbowej, a tym samym również jej zwrotu.
W uzasadnieniu decyzji Urząd Skarbowy stwierdził, że powyższa umowa sprzedaży podlegała opłacie skarbowej na podstawie art. 1 ust. 1 pkt 2 lit. "a" ustawy z dnia 31 stycznia 1989 r. o opłacie skarbowej /Dz.U. nr 4 poz. 23 ze zm./, bowiem nie podlegała ona wyłączeniu z obowiązku uiszczenia opłaty skarbowej na podstawie art. 3 ust. 1 pkt 5 lit. "a" tej ustawy w związku z art. 5 i art. 7 ust. 1 pkt 1 i pkt 2 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./ Decyzja Urzędu Skarbowego w J. utrzymana została w mocy decyzją Izby Skarbowej w Rz. z dnia 20 czerwca 2000 r. W uzasadnieniu podniesiono w szczególności, że z art. 3 ust. 1 pkt 5 lit. "a" ustawy o opłacie skarbowej wynika, iż wyłączenie z opłaty skarbowej dotyczyć może jedynie dwóch grup podatników podatku od towarów i usług, którzy z mocy wyraźnego przepisu zwolnieni są z obowiązku uiszczenia tego podatku: po pierwsze -podatników zwolnionych z obowiązku uiszczenia podatku od towarów i usług na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 1 i pkt 2 ustawy o podatku od towarów i usług; oraz po drugie - podatników zwolnionych z obowiązku uiszczenia podatku od towarów i usług na podstawie art. 14 ustawy o podatku od towarów i usług. Tymczasem, w danym wypadku umowa sprzedaży podlegała zwolnieniu od podatku od towarów i usług na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 5 tej ustawy.
Naczelny Sąd Administracyjny - Ośrodek Zamiejscowy w Rzeszowie wyrokiem z dnia 10 kwietnia 2001 r., oddalił skargę Rafinerii "J." S.A. na powyższą decyzję Izby Skarbowej w Rz. W uzasadnieniu wyroku Naczelny Sąd Administracyjny wskazał na istniejącą w orzecznictwie sądowym rozbieżność dotyczącą sposobu interpretacji art. 3 ust. 1 pkt 5 lit. "a" ustawy o opłacie skarbowej, a mianowicie: z jednej strony - na uchwałę składu siedmiu sędziów Naczelnego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 27 listopada 2000 r. /FPS 5/00 - ONSA 2001 Nr 3 poz. 96/, wedle której nie podlega opłacie skarbowej w myśl art. 3 ust. 1 pkt 5 lit. "a" ustawy o opłacie skarbowej umowa sprzedaży towarów używanych, jeżeli jest ona zawarta przez podatnika podatku od towarów i usług /art. 5 ustawy o podatku od towarów i usług/, także wówczas, gdy objęta jest zarazem wynikającym z ustawy o podatku od towarów i usług zwolnieniem od tego podatku - przy czym dotyczy to także zwolnienia wynikającego z art. 7 ust. 1 pkt 5 ustawy o podatku od towarów i usług; a z drugiej strony - na wyrok Sądu Najwyższego z dnia 5 lipca 2000 r. /III RN 198/99 - OSNAPU 2001 nr 8 poz. 254/. wedle którego, zwolnienie od opłaty skarbowej, o którym mowa jest w art. 3 ust. 1 pkt 5 lit. "a" ustawy o opłacie skarbowej dotyczy wyłącznie umów sprzedaży zawieranych przez podatników podatku od towarów i usług i obowiązanych do uiszczenia tego podatku oraz tych podatników podatku od towarów i usług, którzy zwolnieni zostali z obowiązku uiszczenia tego podatku na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 1 i pkt 2 lub na podstawie art. 14 ustawy o podatku od towarów i usług - co prowadzi do wniosku, że podatnicy podatku od towarów i usług, którzy zwolnieni zostali z obowiązku zapłaty tego podatku od umowy sprzedaży na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 5 ustawy o podatku od towarów i usług, są obowiązani przy zawarciu takiej umowy uiścić opłatę skarbową. W tej sytuacji, w rozpoznawanej sprawie należało wziąć pod uwagę, że: "Sprzedaż budynków i budowli jako towarów używanych podlega ustawie o podatku od towarów i usług, lecz jednocześnie jest zwolniona od tego podatku na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 5 tej ustawy. W związku z tym umowa sprzedaży budynków i budowli nie jest objęta żadnym z wyżej wymienionych wyłączeń od opłaty skarbowej przewidzianych w art. 3 ust. 1 pkt 5 lit. "a" ustawy o opłacie skarbowej". Co więcej, w opinii Naczelnego Sądu Administracyjnego wyrażonej w uzasadnieniu zaskarżonego wyroku, powstała na gruncie orzecznictwa sądowego rozbieżność w interpretacji art. 3 ust. 1 pkt 5 lit. "a" ustawy o opłacie skarbowej nie daje podstawy "do zarzucenia orzekającym w sprawie organom naruszenia prawa materialnego, o którym mowa w art. 22 ust. 2 pkt 1 i ust. 2 pkt 1 ustawy z dnia 11 maja 1995 r. o Naczelnym Sądzie Administracyjnym /Dz.U. nr 74 poz. 368 ze zm./ skutkującym uchylenie zaskarżonej decyzji".