Art. 19 ust. 1 i art. 20 ust. 2 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. 1993 nr 11 poz. 50 ze zm./ nie ustanawiają prawa podatnika do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego związanego ze sprzedażą nie podlegającą podatkowi od towarów i usług.
Sąd Najwyższy Społecznych po rozpoznaniu sprawy ze skargi Przedsiębiorstwa Farmaceutycznego "C" Spółki z o.o. w O. na decyzję Izby Skarbowej w O. z dnia 19 września 1996 r. (...) w przedmiocie określenia wysokości nadwyżki podatku naliczonego nad należnym w podatku od towarów i usług za okres od sierpnia do grudnia 1994 r. na skutek rewizji nadzwyczajnej Ministra Sprawiedliwości (...) od wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego - Ośrodka Zamiejscowego we Wrocławiu z dnia 15 czerwca 1999 r. I SA/Wr 1965/96 - uchyla zaskarżony wyrok i przekazuje sprawę NSA OZ we Wrocławiu do ponownego rozpoznania.
Urząd Skarbowy w O. decyzją z dnia 7 czerwca 1996 r. wydaną na podstawie art. 5 ust. 3 ustawy z dnia 19 grudnia 1980 r. o zobowiązaniach podatkowych /Dz.U. 1993 nr 108 poz. 486 ze zm./ i art. 10 ust. 2 i art. 27 ust. 5 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. 1993 nr 11 poz. 50 ze zm./ określił Przedsiębiorstwu Farmaceutycznemu "C" Spółce z o.o. dodatkowy przypis podatku od towarów i usług w łącznej kwocie 94.116 zł i sankcję wynikającą z przepisu art. 27 ust. 5 pkt 2 ustawy w kwocie 282.348 zł.
W ocenie organu podatkowego pierwszej instancji różnica między zobowiązaniem podatkowym określonym przez Urząd Skarbowy a zadeklarowanym przez podatnika wynika z obniżenia przez podatnika kwoty podatku należnego o podatek naliczony, wynikający z faktur zakupu dotyczących prowizji agenta. Prowizja ta dotyczyła wykonywania czynności związanych z obrotem papierami wartościowymi /obligacjami nie będącymi obligacjami Skarbu Państwa/. Obrót obligacjami nie podlega przepisom ustawy o podatku od towarów i usług, ponieważ nie są to towary ani usługi w rozumieniu powyższej ustawy. W związku z tym zakupy związane z czynnościami nie podlegającymi opodatkowaniu nie podlegają uwzględnieniu w ewidencji podatkowej i w deklaracji podatkowej VAT-7. Uwzględnienie kwot zakupu i podatku VAT związanych z tymi czynnościami w ewidencji podatkowej zawyżyło kwotę podatku naliczonego do odliczenia od podatku należnego i spowodowało zwiększenie zwrotu na rachunek bankowy podatnika.
Izba Skarbowa w O. decyzją z dnia 19 września 1996 r. utrzymała w mocy zaskarżoną odwołaniem podatnika powyższą decyzję.
W ocenie Izby Skarbowej z zestawienia przepisu art. 3 ustawy z dnia 27 września 1988 r. o obligacjach /Dz.U. nr 34 poz. 254/ z przepisem art. 2 ust. 1 w związku z art. 4 pkt 1 ustawy o podatku od towarów i usług wynika jednoznacznie, że sprzedaż obligacji nie mieści się w zakresie przedmiotowym ustawy o podatku od towarów i usług i jako taka nie podlega opodatkowaniu tym podatkiem. Konsekwencją tego jest stwierdzenie, że w świetle art. 20 ust. 2 ustawy o podatku od towarów i usług niedopuszczalne jest obniżenie podatku należnego o podatek naliczony związany ze sprzedażą nie podlegającą opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług, w tym przypadku sprzedażą obligacji. Z punktu widzenia wykładni celowościowej /uwzględniającej konstrukcję podatku od towarów i usług, w którym opodatkowaniu podlega wartość dodana w danej fazie obrotu, a nie cały obrót/, w sytuacji gdy podatek należny nie wystąpi /sprzedaż zwolniona i nie podlegająca opodatkowaniu/, brak jest uzasadnienia do uprawnienia podatnika do odliczenia podatku naliczonego przy zakupie towarów i usług związanych ze sprzedażą nie opodatkowaną /zwolnioną od podatku/. Przyjęcie, że takie uprawnienie przysługuje podatnikowi, oznaczałoby podwójne uprzywilejowanie, gdyż z jednej strony nie obciążałby go podatek należny z tytułu sprzedaży /świadczenia usługi/, z drugiej zaś mógłby odliczać podatek naliczony z tą sprzedażą związany.