Decyzja określająca wysokość nadpłaconych i nienależnie uiszczonych podatków mogła być wydana wyłącznie na podstawie art. 29 ustawy z dnia 19 grudnia 1980 r. o zobowiązaniach podatkowych /t.j. Dz.U. 1993 nr 108 poz. 486 ze zm./, a nie na podstawie art. 5 ust. 3 tej ustawy.
Sąd Najwyższy z udziałem prokuratora Prokuratury Krajowej Waldemara Grudzieckiego po rozpoznaniu sprawy ze skargi Energetyki (...) Spółki Akcyjnej w K. na decyzję Izby Skarbowej w K. z dnia 27 marca 1997 r. (...) w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych za 1994 r. na skutek rewizji nadzwyczajnej Ministra Sprawiedliwości (...) od wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego - Ośrodka Zamiejscowego w Łodzi z dnia 23 marca 1999 r. I SA/Łd 536/97 - oddala rewizję nadzwyczajną.
Pierwszy Urząd Skarbowy w K. decyzją z dnia 29 stycznia 1997 r., wydaną na podstawie art. 5 ust. 2 i ust. 3 ustawy z dnia 19 grudnia 1980 r. o zobowiązaniach podatkowych /t.j. Dz.U. 1993 nr 108 poz. 486 ze zm. - powoływanej nadal jako: ustawa o zobowiązaniach podatkowych/, art. 27 ust. 1 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych /t.j. Dz.U. 1993 nr 106 poz. 482 ze zm. - powoływanej nadal jako: ustawa o podatku dochodowym od osób prawnych/ oraz art. 104 Kpa, określił kwotę dochodu podatnika - Energetyki (...) S.A. w K., która podlegała opodatkowaniu podatkiem dochodowym za 1994 r. w wysokości niższej od kwoty wykazanej przez podatnika w zeznaniu rocznym, stwierdził nadwyżkę podatku deklarowanego i zapłaconego nad podatkiem należnym i określił, że podatnikowi przysługuje odpis i zwrot należnego podatku dochodowego za 1994 r. w kwocie 5.202,80 zł /po denominacji/. Izba Skarbowa w K. decyzją z dnia 27 marca 1997 r. utrzymała w mocy to rozstrzygnięcie. W skardze na powyższą decyzję do Naczelnego Sądu Administracyjnego podatnik wnosił o uchylenie decyzji obu organów podatkowych, podnosząc, że w decyzjach tych, przy określaniu wysokości zobowiązania podatkowego, nie uwzględniono całości nakładów inwestycyjnych dokonanych przez podatnika w 1994 r., które sprawiły, że w jego wypadku nadwyżka podatku deklarowanego i zapłaconego nad podatkiem należnym jest w rzeczywistości o wiele wyższa, a także zarzucając organom podatkowym naruszenie par. 5 ust. 1 rozporządzenia Rady Ministrów z dnia 25 stycznia 1994 r. w sprawie odliczeń od dochodu wydatków inwestycyjnych oraz obniżek podatku dochodowego /Dz.U. nr 18 poz. 62 ze zm. - powoływanego nadal jako rozporządzenie/ i art. 27 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych.
Naczelny Sąd Administracyjny (...) wyrokiem z dnia 23 marca 1999 r. /I SA/Łd 536/97/ stwierdził nieważność zaskarżonej decyzji oraz poprzedzającej ją decyzji Pierwszego Urzędu Skarbowego w Ł. z dnia 29 stycznia 1997 r. W uzasadnieniu tego wyroku podniesiono w szczególności, że wskazane jako podstawy prawne obu wydanych decyzji art. 27 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych i art. 5 ust. 2 i ust. 3 ustawy o zobowiązaniach podatkowych nie mogły stanowić podstawy do wydania decyzji w przedmiocie zwrotu nadpłaty w podatku dochodowym, bowiem w opinii Naczelnego Sądu Administracyjnego zwrot nadpłaty w podatku dochodowym "jest w zasadzie czynnością techniczną nie wymagającą wydania decyzji". Natomiast - zdaniem tego Sądu - ewentualną podstawą prawną do wydania decyzji w przedmiocie zwrotu nadpłaty w podatku może stanowić jedynie art. 29 ustawy o zobowiązaniach podatkowych. Dlatego Naczelny Sąd Administracyjny stwierdził nieważność obu wymienionych wyżej decyzji na podstawie art. 156 par. 1 pkt 2 Kpa.