Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący: Sędzia NSA Sławomir Presnarowicz, Sędzia NSA Dominik Gajewski, Sędzia WSA (del.) Marek Kraus (sprawozdawca), po rozpoznaniu w dniu 29 lipca 2021 r. na posiedzeniu niejawnym w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej S. sp.j. z siedzibą w O. (dawniej: S. sp. z o.o. sp.k. z siedzibą w O.) od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Łodzi z dnia 9 lutego 2021 r. sygn. akt I SA/Łd 554/20 w sprawie ze skargi S. sp. z o.o. sp.k. z siedzibą w O. na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Łodzi z dnia 5 października 2020 r. nr [...] w przedmiocie podatku od czynności cywilnoprawnych 1) oddala skargę kasacyjną, 2) zasądza od S. sp.j. z siedzibą w O. na rzecz Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Łodzi kwotę 4050 (słownie: cztery tysiące pięćdziesiąt) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
1. Wyrokiem z dnia 9 lutego 2021 r. sygn. akt I SA/Łd 554/20 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi (dalej jako "WSA" lub "Sąd pierwszej instancji") po rozpoznaniu skargi S. Spółki z ograniczoną odpowiedzialnością Spółki komandytowej z siedzibą w O. (dalej jako "Skarżąca" lub "Spółka") na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Łodzi (dalej jako "Dyrektor IAS" lub "organ drugiej instancji") z dnia 5 października 2020 r., nr [...], w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych, oddalił skargę.
2. Z przyjętego do rozstrzygnięcia przez Sąd pierwszej instancji stanu faktycznego sprawy wynika, że Skarżąca wystąpiła do Naczelnika L. Urzędu Skarbowego w L. (dalej jako "Naczelnik US" lub "organ pierwszej instancji") o stwierdzenie nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych, pobranym przez płatnika w związku z przekształceniem spółki z ograniczoną odpowiedzialnością - [...] z ograniczoną odpowiedzialnością, powstałej z przekształcenia przedsiębiorcy będącego osobą fizyczną - w spółkę komandytową, tj. [...] z ograniczoną odpowiedzialnością Spółka komandytowa. Naczelnik US decyzją z dnia 14 lipca 2020 r. odmówił stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych w żądanej kwocie. Dyrektor IAS decyzją z dnia 5 października 2020 r., po rozpoznaniu odwołania Skarżącej, utrzymał w mocy decyzję organu pierwszej instancji.
3.1. W skardze na decyzję organu drugiej instancji Skarżąca zarzuciła naruszenie art. 9 pkt 11 lit. a in fine w zw. z art. 6 ust. 1 pkt 8 lit. a i b ustawy z dnia 9 września 2000 r. o podatku od czynności cywilnoprawnych (t.j. Dz.U. z 2020 r., poz. 815 ze zm., dalej jako "u.p.c.c.") poprzez niezastosowanie w zakresie, w jakim przepis ten odnosi się do zwolnienia z podatku od czynności cywilnoprawnych umowy spółki i jej zmiany związanej z przekształceniem lub łączeniem spółek w części wkładów do spółki albo kapitału zakładowego, od których zgodnie z prawem państwa członkowskiego podatek nie był naliczany, a także art. 75 § 4a w zw. z art. 72 § 1 pkt 2 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (t.j. Dz.U. z 2020 r., poz. 1325 ze zm., dalej jako "O.p.") poprzez niewłaściwe zastosowanie, polegające na usankcjonowaniu odmowy stwierdzenia nadpłaty, podczas gdy nadpłata powstała, a wniosek o jej stwierdzenie był zasadny.
3.2. W odpowiedzi na skargę Dyrektor IAS wniósł o jej oddalenie.
4. WSA w Łodzi uznał, że skarga nie jest zasadna. Sąd w uzasadnieniu wyroku powołał pogląd, zgodnie z którym z wykładni przepisów art. 1 ust. 3 pkt 3, art. 6 ust. 1 pkt 8 lit. f i art. 9 pkt 11 lit. a u.p.c.c. wynika, że w przypadku zmiany umowy spółki polegającej na przekształceniu spółki z ograniczoną odpowiedzialnością w spółkę komandytową, jak w rozpoznawanej sprawie, opodatkowaniu - jako zwiększenie majątku spółki osobowej - podlegać będzie różnica pomiędzy wartością majątku wniesionego do spółki komandytowej, a wysokością opodatkowanego uprzednio kapitału zakładowego spółki z o.o. W związku z powyższym Sąd pierwszej instancji przyznał rację organom, które uznały, że jeżeli majątek spółki osobowej powstałej w wyniku przekształcenia (wartość wkładów do spółki osobowej) przewyższa pierwotnie wniesioną i opodatkowaną wartość wkładów spółki przekształcanej (spółki kapitałowej) to ta nadwyżka z racji braku wcześniejszego opodatkowania podlega opodatkowaniu podatkiem od czynności cywilnoprawnych. Tym samym nadwyżka bilansowa majątku przedsiębiorcy, tj. wartość kapitału spółki przekształcanej przewyższająca wartość nominalną udziałów, które przypadły przedsiębiorcy prowadzącemu działalność gospodarczą jako osobie fizycznej przekształcanej w spółkę kapitałową, nie jest wolna od podatku.