Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodniczący sędzia WSA Eugeniusz Wasilewski, Sędziowie WSA Anna Mierzejewska, Adam Lipiński (spr.), Protokolant Mateusz Rogala, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 8 stycznia 2007 r. sprawy ze skargi J. W. na orzeczenie Komisja Do Spraw Służby Zastępczej z dnia [...] czerwca 2006 r. nr [...] w przedmiocie odmowy skierowania do służby zastępczej: 1) oddala skargę 2) przyznaje adw. G. H. ze środków budżetowych Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie kwotę 240,00 (dwieście czterdzieści) złotych, powiększone o stawkę 22% podatku od towarów i usług VAT - to jest o kwotę 52,80 (pięćdziesiąt dwa 80/100) złotych tytułem nieopłaconej pomocy prawnej świadczonej z urzędu.
Komisja Wojewódzka ds. Służby Zastępczej w L. orzeczeniem nr [...] z dnia [...] kwietnia 2006 r., działając na podstawie art. 10 ust. 1 ustawy z dnia 28 listopada 2003 r. o służbie zastępczej (Dz. U. Nr 223, poz. 2217 ze zm.), odmówiła J. W. przeznaczenia go do odbywania służby zastępczej, wskazując, że wyjaśnienia poborowego zawarte we wniosku oraz złożone do protokołu są niewystarczające do przyjęcia, iż wyznawane zasady moralne nie pozwalają mu pełnić zasadniczej służby wojskowej oraz pozostają w sprzeczności z obowiązkami żołnierza, a nadto nie udowodnił on rzeczywistego związku pomiędzy deklarowanymi zasadami moralnymi (postawą pacyfistyczną) a niemożnością odbycia służby wojskowej. W ocenie organu wniosek ten miał służyć realizacji planów zawodowych poborowego - ułatwienia mu podjęcia służby w Państwowej Straży Pożarnej.
W odwołaniu od powyższego orzeczenia J. W., poza chęcią wstąpienia do Państwowej Straży Pożarnej, podał, że jest przeciwny przemocy i agresji w stosunku do państwa, czy narodów, a konflikty należy rozwiązywać drogą pokojową. Jest zwolennikiem demokracji, tolerancji i konieczności rozwiązywania sporów w sposób pokojowy. Poborowy podniósł też, że nie należy do żadnej organizacji pacyfistycznej, lecz w pełni je popiera i zgadza się z ich poglądami, zaś służbę dla Ojczyzny pragnie spełnić zgodnie z zasadami moralnymi, tj. dla dobra ludzi.
Komisja do Spraw Służby Zastępczej orzeczeniem nr [...] z dnia [...] czerwca 2006 r. na podstawie art. 138 § 1 kpa, utrzymała w mocy zaskarżoną decyzję. W uzasadnieniu stwierdziła, że poborowy nie wykazał zasad moralnych, których nieprzestrzeganie musi doprowadzić do konfliktu sumienia przy wypełnianiu powinności żołnierza służby zasadniczej. W jej ocenie, negacja wojny i podnoszenie przekonań o słuszności pokojowego rozstrzygania sporów i konfliktów jest odwoływaniem się do powszechnie uznawanych i akceptowanych norm moralnych, a takie nie rodzą konfliktu sumienia wobec odbywania służby wojskowej. Także nie można utożsamiać szkolenia posługiwania się broną ze szkoleniem umiejętności zabijania ludzi, nadto program szkolenia wojskowego nie ogranicza się jedynie do posługiwania się broną. W konkluzji uzasadnienia Komisja wskazała, iż sprzeciw wobec odbywania zasadniczej służby wojskowej nie może być oparty jedynie na negacji posługiwania się bronią czy stosowania siły lecz musi być osadzony na wartościach moralnych, które wykluczają pewne działania, charakterystyczne dla odbywania zasadniczej służby wojskowej.
W skardze na powyższe orzeczenie do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie J. W. wniósł o uchylenie zaskarżonego orzeczenia w całości. W uzasadnieniu, poza argumentacją zawartą we wniosku i odwołaniu, wskazał nadto na V przykazanie "Nie zabijaj" oraz na zalecenia II Soboru Watykańskiego. Oświadczył, iż popiera przedsięwzięcia Pacyfistycznej Komendy Uzupełnień [...] Koalicji Antywojennej oraz przedsięwzięcia organizacji Stop Wojnie. Powoływał się na uprawnienia zawarte w Konstytucji Rzeczypospolitej (art. 85 ust. 3) oraz na rezolucje Komisji Praw Człowieka ONZ, Komitetu Praw Człowieka ONZ, Rady Europy czy Parlamentu Europejskiego (nie precyzując konkretnie aktów tych organów), a także na stanowiska zajmowane w przedmiocie odmowy świadczenia służby wojskowej przez Amnesty International.