Artykuł 42 ust. 2 i ust. 3 ustawy z dnia 17 maja 1989 r. o stosunku Państwa do Kościoła Katolickiego w Rzeczypospolitej Polskiej /Dz.U. nr 29 poz. 154 ze zm./ jest przepisem obowiązującym, bo nie został uchylony przepisami ustawy z dnia 21 sierpnia 1997 r. o gospodarce nieruchomościami /Dz.U. 2000 nr 46 poz. 543 ze zm./, ani też przepisami tej ustawy nie został znowelizowany. Dlatego w stosunku do przepisów tej ostatniej ustawy stanowi on normę prawną szczególną /lex specialis/, która w odniesieniu do nieruchomości stanowiących własność Skarbu Państwa lub stanowiących własność jednostek samorządu terytorialnego podlegających zbywaniu na rzecz katolickiej osoby prawnej pod inwestycje sakralne lub kościelne oraz katolickie cmentarze wyznaniowe zgodnie z przeznaczeniem ich na te cele w obowiązującym miejscowym planie zagospodarowania przestrzennego, stanowi wyłączną podstawę prawną uzasadniającą podjęcie uchwały przez radę właściwą lub sejmik w przedmiocie sprzedaży takiej nieruchomości stanowiącej własność jednostki samorządu terytorialnego na rzecz ubiegającej się o jej nabycie katolickiej kościelnej osoby prawnej. Przepis ten jako norma prawna szczególna wyprzedza w tym zakresie przepisy ustawy z dnia 21 sierpnia 1997 r. o gospodarce nieruchomościami.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu sprawy ze skargi Gminy L. reprezentowanej przez Prezydenta Miasta na rozstrzygnięcie nadzorcze Wojewody L. z dnia 29 maja 2003 r. (...) w przedmiocie stwierdzenia nieważności uchwały nr 149/VI/2003 Rady Miejskiej w L. z dnia 24 kwietnia 2003 r. w sprawie zbycia na rzecz Prowincjałatu o.o. Bernardynów w K. nieruchomości położonej w L. przy ul. W. 17 - uchyla zaskarżone rozstrzygnięcie nadzorcze.
Rada Miejska w L. uchwałą nr 149/VI/2003 z dnia 24 kwietnia 2003 r. podjętą na podstawie art. 18 ust. 2 pkt 9 lit. "a" ustawy z dnia 8 marca 1990 r. o samorządzie gminnym /Dz.U. 2001 nr 142 poz. 1591 ze zm./, art. 13 ust. 1 i art. 68 ust. 1 pkt 6 ustawy z dnia 21 sierpnia 1997 r. o gospodarce nieruchomościami /Dz.U. 2000 nr 46 poz. 543 ze zm./ w związku z art. 42 ust. 2 i 3 ustawy z dnia 17 maja 1989 r. o stosunku Państwa do Kościoła Katolickiego w Rzeczypospolitej Polskiej /Dz.U. nr 29 poz. 154 ze zm./, wyraziła zgodę na sprzedaż w trybie bezprzetargowym na rzecz Prowincjałatu o.o. Bernardynów w K. nieruchomości gruntowej o powierzchni 2.672 m2 położonej w L. przy ul. W. 17, oznaczonej w ewidencji gruntów jako działka nr 27/1 /obręb 3, arkusz 6/ i udzieliła bonifikaty w wysokości 99 procent od ceny nabycia ustalonej zgodnie z art. 67 ust. 1 ustawy z dnia 21 sierpnia 1997 r. o gospodarce nieruchomościami.
Wojewoda L. po otrzymaniu tej uchwały wszczął postępowanie nadzorcze i po jego przeprowadzeniu rozstrzygnięciem nadzorczym z dnia 29 maja 2003 r. na podstawie art. 91 ust. 1 i 3 ustawy z dnia 8 marca 1990 r. o samorządzie gminnym /Dz.U. 2001 nr 142 poz. 1591 ze zm./ stwierdził nieważność tej uchwały.
W ocenie tego rozstrzygnięcia powyższa uchwała jest sprzeczna z art. 37 ustawy z dnia 21 sierpnia 1997 r. o gospodarce nieruchomościami /Dz.U. 2000 nr 46 poz. 543 ze zm./, który jako zasadę ustanawia, że sprzedaż nieruchomości jednostek samorządu terytorialnego i oddawanie ich w użytkowanie wieczyste dokonywane jest w drodze przetargu. Tryb bezprzetargowy stosowany jest tylko w przypadkach taksatywnie wymienionych w ust. 2 i ust. 3 powyższego przepisu. W wyliczeniu tym nie mieści się zbycie nieruchomości na rzecz kościoła lub związku wyznaniowego.
W drodze bezprzetargowej możliwość zbycia nieruchomości jednostki samorządu terytorialnego na rzecz kościoła katolickiego nie wynika także z art. 42 ust. 2 ustawy z dnia 17 maja 1989 r. o stosunku Państwa do Kościoła Katolickiego w Rzeczypospolitej Polskiej /Dz.U. nr 29 poz. 154 ze zm./, bo powołany przepis nie określa trybu zbywania nieruchomości na rzecz kościoła i tym samym nie wyłącza stosowania trybu przetargowego ustalonego art. 37 ust. 1 ustawy o gospodarce nieruchomościami.
Stanowisko to zostało potwierdzone w wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 10 września 2002 r. II SA/Lu 905/02.
Rada Miasta L. uchwałą nr 202/VIII/2003 z dnia 26 czerwca 2003 r. postanowiła powyższe rozstrzygnięcie zaskarżyć skargą sądową i upoważniła do dokonania tej czynności Prezydenta Miasta L. pod nadzorem Przewodniczącego Rady Miasta L.
Gmina L. reprezentowana przez Prezydenta Miasta w skardze do Naczelnego Sądu Administracyjnego na powyższe rozstrzygnięcie nadzorcze wnosi o jego uchylenie, jako niezgodnego z art. 2, art. 37 ust. 2 pkt 3 i 6 ustawy z dnia 21 sierpnia 1997 r. o gospodarce nieruchomościami /Dz.U. 2000 nr 46 poz. 543 ze zm./, art. 42 ust. 2 ustawy z dnia 17 maja 1989 r. o stosunku Państwa do Kościoła Katolickiego w Rzeczypospolitej Polskiej /Dz.U. nr 29 poz. 154 ze zm./, art. 9, art. 25 ust. 4 i art. 87 ust. 1 Konstytucji RP w związku z art. 24 Konkordatu między Stolicą Apostolską i Rzecząpospolitą Polską z dnia 28 lipca 1993 r. /Dz.U. 1998 nr 51 poz. 318/.