Fakt związania organu wydającego pozwolenie na budowę warunkami decyzji o warunkach zabudowy i zagospodarowania terenu nie oznacza, że organ ten zwolniony jest od samodzielnej oceny prawidłowości takiej decyzji. Efektem wszak obowiązkowego badania zgodności projektu zagospodarowania działki lub terenu z planem zagospodarowania przestrzennego /art. 35 ust. 1 pkt 1 lit. "a" ustawy z dnia 7 lipca 1994 r. - Prawo budowlane /Dz.U. nr 89 poz. 414 ze zm./ może, a nawet powinna być niejednokrotnie inicjatywa zmierzająca do zakwestionowania decyzji o warunkach zabudowy i zagospodarowania terenu.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu sprawy ze skargi Marii J., Andrzeja J., Stanisława B. i Lucyny Sz. na decyzję Wojewody M. z dnia 5 stycznia 2001 r. w przedmiocie zatwierdzenia projektu budowlanego i pozwolenia na budowę - uchyla zaskarżoną decyzję oraz poprzedzającą ją decyzję organu I instancji.
Decyzją z dnia 15 listopada 2000 r. (...) Burmistrz Miasta Z. na podstawie art. 28, art. 33 ust. 1, art. 34 ust. 4 i art. 36 w związku z art. 82a ustawy z dnia 7 lipca 1994 r. - Prawo budowlane, oraz art. 104 Kpa zatwierdził projekt budowlany i udzielił Zgromadzeniu Sióstr Matki Bożej Miłosierdzia pozwolenia na budowę budynku mieszkalnego dla sióstr zakonnych wraz z urządzeniami na działce nr 337 i 338 obr. 153 położonej w Z. w rejonie ul. K.
W uzasadnieniu decyzji stwierdzono, że projekt zagospodarowania działki jest zgodny z ustaleniami planu przestrzennego zagospodarowania Gminy Tatrzańskiej zatwierdzonego uchwałą Rady Narodowej z dnia 10 lipca 1986 r., z wymaganiami ochrony środowiska, z wymaganiami decyzji Urzędu Miasta Z. o warunkach zabudowy i zagospodarowania terenu z dnia 8 września 2000 r. (...), w tym techniczno-budowlanymi. Kompletny projekt budowlany spełnia wymagania określone w art. 34 ust. 1, 2 i 3 Prawa budowlanego. Inwestor dysponuje nieruchomością na cele budowlane i uzyskał wymagane przepisami szczególnymi uzgodnienia, pozwolenia, lub opinie innych organów.
W odwołaniu od tej decyzji Stanisław B., Maria J., Andrzej J. i Lucyna Sz. zarzucili, że - wbrew stanowisku organu - projekt zagospodarowania terenu nie jest zgodny z ustaleniami planu przestrzennego zagospodarowania Gminy Tatrzańskiej. Działka nr 337 leży w terenie oznaczonym w miejscowym planie symbolem A45MRMNj, przeznaczonym pod zabudowę zagrodową z możliwością dopuszczenia zabudowy mieszkalnej jednorodzinnej. Pojęcie "budynek mieszkalny" jest pojęciem dużo szerszym niż budynek zagrodowy i jednorodzinny. W szczególności obejmuje ono także większe obiekty jak budynki wielorodzinne, a realizacji takich nie dopuszcza plan ogólny. Ustalając warunki zabudowy i zagospodarowania terenu dla "budynku mieszkalnego" organ administracji stwierdził, że w opisanym terenie może także powstać dom wielorodzinny, co jest ewidentnie niedopuszczalne według tekstu planu. Działka nr 338 położona jest na terenie oznaczonym symbolem A 109 UK przeznaczonym pod usługi kultury z ustaleniem przeznaczenia konkretnego na adaptację istniejącego domu zakonnego. Takie przeznaczenie terenu nie dopuszcza budowy budynku mieszkalnego.
Odwołujący się zarzucili również, że inwestor nie uzyskał wyłączenia gruntu z produkcji rolnej, choć taki obowiązek na nim spoczywał.
Informując, że decyzja o ustaleniu warunków zabudowy i zagospodarowania terenu została zaskarżona do NSA, odwołujący się wnieśli o zawieszenie postępowania o udzielenie pozwolenia na budowę.
Decyzją z dnia 5 stycznia 2001 r. (...) Wojewoda M., na podstawie art. 81 ust. 1 pkt 2, art. 82 ust. 3 ustawy z dnia 7 lipca 1994 r. - Prawo budowlane, oraz art. 138 par. 1 pkt 1 Kpa decyzję organu I instancji utrzymał w mocy. Nie podzielił stanowiska odwołujących się stwierdzając, że funkcja planowanego obiektu jest zgodna z wytycznymi decyzji z dnia 8 września 2000 r. o warunkach zabudowy i zagospodarowania terenu. Wnioskowane pod zabudowę działki wchodzą w skład obszaru o symbolu A 45 MR/MNj dopuszczającego zabudowę mieszkalną jednorodzinną oraz o symbolu A 109 UK przewidującego adaptację istniejącego Domu Zakonnego. Brak jest podstaw do uznania domu mieszkalnego sióstr zakonnych, prowadzących wspólne gospodarstwo domowe za budynek wielorodzinny. Ponadto projektowany budynek jest zgodny z wytycznymi decyzji o warunkach zabudowy i zagospodarowania terenu ograniczającymi wysokość do 1,5 kondygnacji i zobowiązującymi do regionalnego stylu architektonicznego. Stwierdził też Wojewoda, że pismem z dnia 26 października 2000 r. Naczelnik Wydziału Geodezji i Gospodarki Gruntami poinformował, że nie zachodzi potrzeba wydania decyzji o wyłączeniu gruntu z produkcji rolnej.