Reasumując stwierdzić należy, że dostrzeżone przez sąd uchybienia przepisom proceduralnym (art. 7, 77 § 1, 80 oraz art. 107 § 3 oraz art. 138 1 pkt 2 i 3 k.p.a.) uzasadniały wyeliminowanie zaskarżonej decyzji z obrotu prawnego, bowiem mogły mieć istotny wpływ na wynik sprawy.
W ponownie prowadzonym postępowaniu organ odwoławczy rozpozna jeszcze raz odwołanie, tym razem w sposób szczególny uwzględniając konieczność wszechstronnego ustalenia stanu faktycznego w zakresie ilości zwierząt skarmionych zakwestionowaną paszą oraz ilości zwierząt padłych, ustali co stało się ze zwierzętami padłymi i w zależności od wyników tych ustaleń wyda rozstrzygnięcie odpowiadające rodzajom rozstrzygnięć wymienionych w art. 138 k.p.a., które uzasadni w sposób wymagany przez art. 107 § 3 k.p.a.
Odnośnie wniosku o zawieszenie postępowania z uwagi na toczące się postępowanie przygotowawcze stwierdzić należy, że był on bezzasadny, bowiem okoliczność wszczęcia postępowania przez organy ścigania nastąpiła już po dacie wydania zaskarżonej decyzji. Tymczasem sąd kontroluje działalność organów administracji z punktu widzenia jej zgodności z prawem obowiązującym w dacie orzeczenia w postępowaniu odwoławczym. Wynika to z zasady legalności działania organów administracji publicznej (art. 6 k.p.a.) oraz omówionej w niniejszym uzasadnieniu zasady dwuinstancyjności merytotycznej postępowania administracyjnego.
Mając powyższe na uwadze na podstawie art. 145 § 1 pkt 1c ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi orzeczono jak w sentencji.
W punkcie 2 wyroku orzeczono o niemożności wykonania zaskarżonej decyzji na podstawie art. 152 p.p.s.a.
W punkcie 3 orzeczono o kosztach postępowania na podstawie art. 200 p.p.s.a. w związku z § 14 ust. 2 pkt 1c rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z 28 września 2002 r. w sprawie opłat za czynności radców prawnych oraz ponoszenia przez Skarb Państwa kosztów pomocy prawnej udzielonej przez radcę prawnego ustanowionego z urzędu (tekst jedn. Dz. U. z 2013 r., poz. 490).