WINB rozpatrując ponownie sprawę, postanowieniem z dnia 15 czerwca 2009r., na podstawie art. 138 § 1 pkt 1 K.p.a. w zw. z art. 50 ust. 1 pkt 4 i ust. 3 Prawa budowlanego, orzekł o utrzymaniu w mocy postanowienia PINB z dnia [...] czerwca 2008r., dokonując jednocześnie sprostowania podstawy prawnej kontrolowanego postanowienia w zakresie dotyczącym przepisu art. 50 ust. 3 prawa budowlanego, którego to organ I instancji błędnie zdaniem organu odwoławczego nie przywołał. Z akt sprawy wynika, że w postanowieniu tym WINB podkreślił, że bezsprzeczny jest w sprawie fakt, iż przy realizacji przedmiotowej inwestycji zaistniały istotne odstępstwa od zatwierdzonego projektu budowlanego oraz, że wobec tego organ nadzoru budowlanego posiada kompetencje do wszczęcia procedury naprawczej określonej w art. 51 prawa budowlanego, zmierzającej do doprowadzenia obiektu do stanu zgodnego z prawem, która to zdaniem organu jest korzystna dla inwestora, gdyż wobec wymogu uzyskania zgody na użytkowanie, wykazanie istotnych odstępstw podczas obowiązkowej kontroli w trybie art. 59a prawa budowlanego wiąże się z wymierzeniem kary określonej w art. 59f prawa budowlanego. Organ II instancji wyjaśnił także, przywołując art. 9 ust. 2 Prawa budowlanego, że sprawa ewentualnego odstępstwa od przepisów techniczno-budowlanych może być rozstrzygnięta przed wydaniem decyzji o pozwoleniu na budowę dla danej inwestycji, natomiast nie jest już możliwe uzyskanie zgody na odstępstwo od wskazanych przepisów po wydaniu decyzji o pozwoleniu na budowę i zatwierdzeniu projektu budowlanego. Organ zwrócił również uwagę, że stwierdzone odstępstwo w przedmiocie przekroczenia powierzchni utwardzonej działki wynika z zatwierdzonego projektu budowlanego, gdzie powierzchnię zieloną określono na 645 m², a nawierzchnię utwardzoną na 12,9 m², tymczasem w sprawie wykonano utwardzenie w wymiarze 331 m². Skarga inwestora na powyższe postanowienie organu II instancji z dnia [...] czerwca 2009r., została oddalona wyrokiem WSA w B. z dnia 2 grudnia 2009r. o sygn. akt II SA/Bd 801/09. Z akt sprawy wynika, że również skarga kasacyjna inwestora na powyższy wyrok została oddalona wyrokiem Naczelnego Sądu Administracyjnego z 9 czerwca 2011r. o sygn. akt II OSK 960/10.
W świetle przytoczonych okoliczności, zdaniem organu I instancji, zasadne było wydanie wskazanej na wstępie decyzji z dnia [...] maja 2010r. W ocenie organu niewykonanie przez inwestora nałożonego obowiązku obligowało go do wydania decyzji w trybie art. 51 ust. 1 pkt 3 i ust. 7 prawa budowlanego. Jednocześnie organ podkreślił odnosząc się do wyrażonego przez inwestora w piśmie z dnia [...] marca 2010r. stanowiska o zasadności umorzenia przedmiotowego postępowania z uwagi na utratę ważności postanowienia z dnia [...] czerwca 2008r. o wstrzymaniu robót budowlanych z powodu nie wydania w terminie 2 miesięcy decyzji, o której mowa w art. 51 Prawa budowlanego, iż to decyzja administracyjna rozstrzyga merytorycznie sprawę, a nie postawienie. Nie wydanie przez organ w terminie 2 miesięcy decyzji spowodowane było działaniem inwestora polegającym na zaskarżaniu wszystkich aktów wydawanych przez organ, a okoliczność ta nie zmienia faktu, że sporny obiekt w dalszym ciągu narusza warunki techniczno-budowlane oraz warunki określone w prawomocnym pozwoleniu na budowę, w tym miejscowy plan zagospodarowania przestrzennego. Inwestor nie wykonał także inwentaryzacji nakazanej postanowieniem z dnia [...] czerwca 2008r. Wykonanie obowiązków objętych tą decyzją umożliwi, jak wskazał organ, doprowadzenie wykonanych robót do stanu zgodnego z prawem, zakończenie postępowania i ubieganie się inwestora o wydanie decyzji o pozwoleniu na użytkowanie spornego budynku. Jednocześnie organ wyjaśniając podstawę prawną rozstrzygnięcia zaznaczył, iż w wydanej decyzji nie nakazał wykonania projektu zamiennego, o którym mowa w art. 51 ust. 1 pkt 3 Prawa budowlanego, ponieważ usunięcie stwierdzonych odstępstw doprowadzi obiekt do stanu zgodnego z przepisami, zatwierdzonym projektem i posiadanym przez inwestora pozwoleniem na budowę. Takie rozstrzygnięcie w ocenie organu, jest korzystne dla inwestora, jako że nie naraża go na dodatkowe koszty związane z wykonaniem projektu zamiennego. Inwestor więc po usunięciu stwierdzonych odstępstw, których nie można jak podkreślił organ zalegalizować (w przypadku drzwi ze względu na warunki techniczne usytuowania budynków, a w przypadku utwardzenia terenu z uwagi na zapisy miejscowego planu zagospodarowania terenu), przedstawi posiadany projekt i wówczas zostanie on zatwierdzony, a następnie zostanie udzielone pozwolenie na wznowienie robót - zgodnie z dyspozycją art. 51 ust. 4 Prawa budowlanego.