Opłatę eksploatacyjną ustala się od ceny sprzedaży wydobytej kopaliny ze złoża albo ceny surowca uszlachetnionego lub wzbogaconego, obejmującej również podatek od towarów i usług, jeżeli przy sprzedaży takiej kopaliny lub surowca mają zastosowanie przepisy ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./.
Naczelny Sąd Administracyjny oddalił na podstawie art. 207 par. 5 Kpa skargę Przedsiębiorstwa Produkcji Kruszywa i Usług Geologicznych "K." S.A. w R. na decyzję Ministra Ochrony Środowiska, Zasobów Naturalnych i Leśnictwa z dnia 4 grudnia 1993 r. w przedmiocie opłaty eksploatacyjnej.
Decyzją z dnia 26 października 1993 r., wydaną na podstawie par. 3 ust. 1 rozporządzenia Rady Ministrów z dnia 8 listopada 1991 r. w sprawie opłaty eksploatacyjnej za wydobywanie kopalin ze złóż /Dz.U. nr 105 poz. 455/, Wojewoda (...) zobowiązał Przedsiębiorstwo Produkcji Kruszywa i Usług Geologicznych "K." S. A. w R. do uiszczenia 22 359 700 zł opłaty eksploatacyjnej za wydobyte w III kwartale 1993 r. ze złoża "U." i uszlachetnione kruszywa naturalne.
W odwołaniu od tej decyzji do Ministra Ochrony Środowiska, Zasobów Naturalnych i Leśnictwa Przedsiębiorstwo zarzuciło Wojewodzie bezpodstawne naliczenie opłaty od ceny kopaliny z doliczonym podatkiem od towarów i usług.
Minister Ochrony Środowiska, Zasobów Naturalnych i Leśnictwa decyzją z dnia 4 grudnia 1993 r. nr BKGo-1844b/93 utrzymał w mocy decyzję Wojewody, ograniczając uzasadnienie swojego rozstrzygnięcia do stwierdzenia, że opłatę naliczono zgodnie z informacją złożoną przez Przedsiębiorstwo, które jest podatnikiem podatku od towarów i usług.
W skardze do sądu Przedsiębiorstwo wniosło o uchylenie obu decyzji z powodu naruszenia par. 2 ust. 1 pkt 7 wymienionego w nich rozporządzenia i art. 2 ust. 1 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./. Zdaniem skarżącego, do ustalenia opłaty eksploatacyjnej, wynoszącej 3 procent ceny sprzedaży kopaliny, nie można włączać podatku od towarów i usług, gdyż opodatkowaniu nim podlega dopiero sprzedaż towarów i odpłatne świadczenie usług.
Minister wniósł o oddalenie skargi, a następnie nadesłał sądowi dwa pisma. W jednym z nich, opatrzonym datą 31 stycznia 1994 r., Ministerstwo Finansów uchyliło się od odpowiedzi na pytanie, czy przy wyliczaniu opłaty eksploatacyjnej należy również uwzględniać podatek od towarów i usług. Drugie pismo, z dnia 23 lutego 1994 r. miało charakter opinii Departamentu Prawnego Ministerstwa Ochrony Środowiska, Zasobów Naturalnych i Leśnictwa. W opinii tej wyrażono pogląd, że pożądane jest normatywne określenie, "czym jest cena sprzedaży dla potrzeb ustalenia opłaty eksploatacyjnej", i wprowadzenie obowiązku udokumentowania składanych za każdy kwartał informacji fakturami wystawianymi kupującym. Proponowane rozwiązanie może wyeliminować nieporozumienia będące konsekwencją braku definicji ceny sprzedaży nie tylko w rozporządzeniu Rady Ministrów z dnia 8 listopada 1991 r., które posługuje się nią od czasu, gdy nie obowiązywał jeszcze podatek od towarów i usług, ale i w innych aktach prawnych, jak kodeks cywilny, ustawa z dnia 26 lutego 1982 r. o cenach /Dz.U. 1988 nr 27 poz. 195 ze zm./ i ustawa z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym.