W przepisie art. 84 ust. 3 ustawy z dnia 4 lutego 1994 r. - Prawo geologiczne i górnicze /Dz.U. nr 27 poz. 96 ze zm./ nie chodzi zatem o kopaliny, które przedsiębiorca zdecydował się uszlachetnić, lecz o takie, w stosunku do których istnieje niezależnie od niego powinność uszlachetnienia przed wprowadzeniem na rynek. Wola przedsiębiorcy, wiążące go kontrakty, czy poziom wyposażenia jego zakładu, nie mają wpływu na obiektywnie istniejące wymaganie poddania przeróbce.
Wymaganie to jest związane z rodzajem i właściwościami wydobywanej kopaliny czy surowca mineralnego, a nie z zakresem działalności gospodarczej prowadzonej przez konkretnego przedsiębiorcę. Brak przepisów statuujących obowiązek przeróbki nie przekreśla istotnego sensu rozróżnienia, jakie ustawodawca wprowadził w art. 84 ust. 3 ustawy Prawo geologiczne i górnicze: zasadą jest wnoszenie opłaty od ilości wydobywanej kopaliny wyjątek odnosi się do tych kopalin, które przed wprowadzeniem do obrotu - obiektywnie oceniając - wymagają poddania przeróbce.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu sprawy ze skarg Prokuratora Okręgowego w L. na decyzje Ministra Ochrony Środowiska, Zasobów Naturalnych i Leśnictwa (...)/ w przedmiocie wymierzenia opłaty eksploatacyjnej - wszystkie skargi oddala.
Powyższymi decyzjami minister utrzymał w mocy swoje decyzje o wymierzeniu oddziałom zainteresowanego Kombinatu Górniczo-Hutniczego Miedzi "Polska Miedź" S.A. w L. opłaty eksploatacyjnej za okresy od III kwartału 1997 r. do I kwartału 1999 r. W podobnych motywach decyzji minister podkreślił, że w złożach rudy miedzi srebro jest współwystępującym pierwiastkiem śladowym przeliczanym ekwiwalentnie na miedź. Wartość rudy miedzi lub koncentratu miedziowego jest ustalana według zawartości miedzi i tak przeliczonego srebra oraz ich cen. Do III kwartału 1998 r. opłatę eksploatacyjną wymierzano od wartości koncentratu miedziowego, a później - od wartości kopaliny, tj. rudy miedzi przy zastosowaniu wspólnej stawki 3 procent.
W skargach na te decyzje Prokurator Okręgowy w L. zarzucił naruszenie art. 5 ust. 2 pkt 2, art. 6 pkt 1 i art. 84 ust. 1 i 3 ustawy z dnia 4 lutego 1994 r. - Prawo geologiczne i górnicze /Dz.U. nr 27 poz. 96 ze zm./, par. 1 pkt 9 i par. 2 ust. 4 rozporządzenia Rady Ministrów z dnia 23 sierpnia 1994 r. w sprawie opłat za działalność prowadzoną na podstawie przepisów Prawa geologicznego i górniczego /Dz.U. nr 92 poz. 430/ oraz art. 7 i art. 77 par. 1 Kpa. Zdaniem prokuratora w wyniku poddania przeróbce wydobytej kopaliny opłatę eksploatacyjną należy wymierzać od surowca uszlachetnionego lub wzbogaconego, gdyż po to wprowadzono w par. 1 ust. 1 rozporządzenia 9 różnych stawek. Nie ma znaczenia, czy wydobywana kopalina /art. 5 ustawy/ jest podstawową, towarzyszącą albo surowcem uzyskiwanym z odpadów po robotach górniczych. Zainteresowany kombinat sprzedaje osobno czyste srebro.
Z ekspertyzy AGH w Krakowie z 1996 r. wynika, że srebro w tym okręgu miedziowym występuje również w formie podstawowej, z czym łączy się udzielenie 7 grudnia 1993 r. temu kombinatowi koncesji na wydobywanie srebra jako metalu współwystępującego, a nie pierwiastka śladowego. Minister nie odniósł się do bogatej dokumentacji zebranej w sprawie poprzednio oznaczonej II SA 1061/98. Jak się okazało według poprzednich wyliczeń zawartość srebra w koncentracie miedzi wynosiła 25-35 g/1t, według później uznanych za prawidłowe - 666 g. srebra/1t koncentratu. Mimo to decyzją z 29 stycznia 1999 r. minister utrzymał w mocy wcześniejszą decyzję z 16 grudnia 1997 r. bazującą na przyjęciu do wymierzenia opłaty eksploatacyjnej za III kwartał 1997 r. tak wielokrotnie niższej zawartości srebra w koncentracie miedzi. Ponadto minister nie uzasadnił przyczyn obniżenia we wszystkich sprawach opłaty eksploatacyjnej ograniczając się do przytoczenia fragmentów art. 84 ust. 6 ustawy.
Analogiczne zarzuty oraz podobne uzasadnienie tych zarzutów przedstawił prokurator w pozostałych wskazanych decyzjach. W podobnych odpowiedziach na skargi Prokuratora Okręgowego w L., Minister Ochrony Środowiska, Zasobów Naturalnych i Leśnictwa wnosił o ich oddalenie.
Podnosił w nich m.in., że wydane decyzje są zgodne z zaleceniami Naczelnego Sądu Administracyjnego zawartymi w uzasadnieniu wyroku z dnia 3 listopada 1998 r. II SA 1061/98, a także, że wymierzana jest opłata eksploatacyjna za pozyskiwaną sól kamienną. Srebro zawarte w rudzie jak i w koncentracie jest przeliczane ekwiwalentnie na miedź /jak współczynnik stosunku ceny giełdowej srebra do ceny giełdowej miedzi, pomnożony przez zawartość srebra/.