Uwzględniając skargę Sąd pierwszej instancji przedstawił następującą argumentację.
Przyjął, że przedmiotem zaskarżenia jest cała uchwała Rady Miejskiej w Krynicy-Zdroju z 28 października 2005 r. w przedmiocie miejscowego planu zagospodarowania przestrzennego, a nie jej część i tak określonym przedmiotem zaskarżenia uznał się związany. Nie uznał się natomiast związany zarzutami i wnioskami skargi.
Stwierdził, że art. 28 ust. 1 ustawy o planowaniu i zagospodarowaniu przestrzennym jest przepisem szczególnym w stosunku do art. 91 ust. 1 ustawy o samorządzie gminnym i przeprowadził rozróżnienie pomiędzy naruszeniem zasad i trybu sporządzania planu oraz właściwości organów w tym zakresie, dochodząc do wniosku, że każde naruszenie zasad sporządzania planu winno prowadzić do stwierdzenia nieważności uchwały w tym przedmiocie, a naruszenie trybu tylko wtedy, gdy jest istotne. Ze względu na taki charakter naruszenia zasad sporządzania planu miejscowego uznał, że winny być brane pod uwagę w pierwszej kolejności, przy czym zasady te rozumiał, jako wartości i merytoryczne wymogi kształtowania polityki przestrzennej przez uprawione do tego organy, dotyczące m.in. zawartych w akcie planistycznym ustaleń.
Następnie stwierdził, że w § 14 zaskarżonej uchwały określono stawkę opłaty, o której mowa w art. 36 ust. 4 ustawy o planowaniu i zagospodarowaniu przestrzennym (renty planistycznej) w wysokości 0% dla wszystkich terenów objętych ustaleniami planu, za wyjątkiem terenów oznaczonych, jako ZP/US i US, dla których tę opłatę ustalono w wysokości 10%.
Ustalenie stawki renty planistycznej w wysokości 0% uznał za niedopuszczalne. Powołując się na poglądy doktryny i orzecznictwa uznał, że z treści art. 15 ust. 2 pkt 12 ustawy o planowaniu i zagospodarowaniu przestrzennym wynika obowiązek ustalenia stawki renty planistycznej, zaś ustalenie tej stawki w wysokości 0%, jako równoznaczne z nieustaleniem stawki tej opłaty, jest sprzeczne z tym obowiązkiem. Nie uznał też za dopuszczalne ustalenie stawki renty planistycznej w wysokości 0% wówczas, gdy z okoliczności faktycznych wynika, że renta planistyczna z powodu braku wzrostu wartości nieruchomości nie będzie ustalana.
Obowiązek ustalenia stawki renty planistycznej i wynikający z tego zakaz ustalenia tej stawki w wysokości 0% uznał za zasadę sporządzania planu miejscowego i, co za tym idzie, ustalenie stawki w wysokości 0% za naruszenie tej zasady skutkujące stwierdzeniem nieważności uchwały w przedmiocie planu miejscowego.
Przyjął, że dostrzeżona wada powoduje konieczność stwierdzenia nieważności zaskarżonej uchwały w całości. Wykluczył możliwość stwierdzenia nieważności części planu zarówno tylko § 14 w zakresie, w jakim ustala się w nim stawkę renty planistycznej w wysokości 0%, jak i tych części planu, które dotyczą terenów, dla których taką stawkę ustalono. W pierwszym przypadku uznał, że doprowadziłoby to do powstania stanu sprzecznego z prawem, gdyż powstałaby sytuacja, w której istniałby plan miejscowy, niezawierający stawki renty planistycznej, dla niektórych terenów nim objętych. W drugim uznał, że doprowadziłoby to do dezintegracji planu, gdyż pewne ustalenia dotyczące terenów, dla których określono stawkę renty planistycznej w wysokości 10% zawarte są również w tych regulacjach planu, które odnoszą się do terenów objętych stawką procentową tej renty w wysokości 0%. Tytułem przykładu wskazał na § 13 ust. 4 zaskarżonego planu miejscowego.