Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje.
Skarga kasacyjna nie zasługuje na uwzględnienie.
Na wstępie należy wskazać, że Naczelny Sąd Administracyjny rozpoznaje sprawę tylko w granicach skargi kasacyjnej (art. 183 § 1 P.p.s.a.), z urzędu biorąc pod uwagę jedynie nieważność postępowania, co oznacza związanie przytoczonymi w skardze kasacyjnymi jej podstawami, określonymi w art. 174 P.p.s.a. Nadto, zgodnie z treścią art. 184 P.p.s.a., Naczelny Sąd Administracyjny oddala skargę kasacyjną, jeżeli zaskarżone orzeczenie mimo błędnego uzasadnienia odpowiada prawu.
Zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego, skarga kasacyjna wniesiona przez M. S.A. z siedzibą w N. nie ma usprawiedliwionych podstaw.
Zarzuty podniesione w skardze kasacyjnej nie mogły być podstawą uchylenia zaskarżonego wyroku, albowiem nie zakwestionowano w niej prawidłowości zasadniczego argumentu, który wskazał Sąd I instancji, który był podstawą oddalenia skargi. Nie zakwestionowano bowiem stanowiska Sądu I instancji, że wniosek o zmianę decyzji o pozwoleniu na budowę złożony został przez podmiot do tego nieuprawniony. Z uzasadnienia skargi kasacyjnej wynika, że intencją skarżącej kasacyjnie Spółki nie było kwestionowanie tego poglądu, o czym świadczy stwierdzenie, że "odwołując się w tym zakresie do wywodów Sądu I instancji w zakresie trybu właściwego dla przeniesienia pozwolenia na budowę z osoby fizycznej na spółkę komandytową - wskazać trzeba, iż Skarżąca dysponuje możliwością konwalidacji podmiotowej w trybie art. 40 pr. bud.". Celem wniesienia skargi kasacyjnej było natomiast zakwestionowanie innych poglądów Sądu I instancji zawartych w uzasadnieniu wyroku tego Sądu.
Odnosząc się do podniesionego w skardze kasacyjnej zarzutu stwierdzić należy, że jest on w znacznej części uzasadniony. Poczynione przez Wojewódzki Sąd Administracyjny ustalenie, że inwestycja nie została zakończona jest w istocie jedynie domniemaniem. Z samego faktu, że w aktach sprawy nie ma decyzji, która całościowo regulowałaby kwestię użytkowania obiektu nie można jednoznacznie wywieść, że inwestycja nie jest zakończona. Decyzja o pozwoleniu na użytkowanie obiektu nie może być traktowana, jako rozstrzygający dowód zakończenia realizacji inwestycji.
Dopóki inwestycja nie została zakończona istotne odstąpienie od zatwierdzonego projektu budowlanego lub innych warunków pozwolenia na budowę może nastąpić w trybie określonym w art. 36a ust.1 ustawy z dnia 7 lipca 1994 r. Prawo budowlane (Dz. U. z 2013 r., poz. 1409 j.t. ze zm.). Po zakończeniu inwestycji decyzja o pozwoleniu na budowę może być zmieniana w trybie art. 155 K.p.a. Zmiany nie mogą oczywiście dotyczyć samego projektu budowlanego. Nie można bowiem zmieniać rozwiązań zawartych w projekcie, w oparciu o które inwestycja została zrealizowana. Zmieniane mogą być natomiast inne elementy decyzji o pozwoleniu na budowę. W decyzji o pozwoleniu na budowę mogą być zawarte np. warunek lub zastrzeżenie dopełnienia określonych czynności w wyznaczonym terminie. Podmiot posiadający decyzję o pozwoleniu na budowę zawierającą tego rodzaju elementy może być zainteresowany ich zmianą także po zakończeniu inwestycji, gdyż np. dopiero wówczas pojawi się potrzeba dokonania takiej zmiany.
Okoliczność, iż konieczność zawarcia w decyzji o pozwoleniu na budowę określonego warunku lub terminu wynika z przepisów innych niż przepisy ustawy Prawo budowlane nie zmienia faktu, że decyzja ta pozostaje decyzją o pozwoleniu na budowę. Dopóki inwestycja nie zostanie zakończona wszystkie elementy tej decyzji mogą być zmieniane tylko na podstawie art. 36a ust.1 ustawy Prawo budowlane. Po zakończeniu inwestycji zmiana taka może natomiast nastąpić przy zastosowaniu art. 155 K.p.a. jeśli spełnione zostaną przesłanki wynikające z tego przepisu.
Jak już to zostało na wstępie wskazane niezasadne uznanie przez Wojewódzki Sąd Administracyjny, że inwestycja nie została zakończona nie mogło być podstawą uwzględnienia skargi kasacyjnej. Nie został bowiem zakwestionowany pogląd Sądu I instancji, że z wnioskiem o zmianę decyzji o pozwoleniu na budowę wystąpił podmiot nieuprawniony.
Z przytoczonych wyżej względów Naczelny Sąd Administracyjny na podstawie art. 184 P.p.s.a., orzekł jak w sentencji.