Wskazując na powyższe uchybienia skarżący wniósł o stwierdzenie nieważności zaskarżonego aktu prawa miejscowego w zakresie jego § 4 ust. 2 pkt 10, ewentualnie o stwierdzenie jego niezgodności z prawem w tej części. Ponadto wniósł o dopuszczenie dowodów wskazanych w treści skargi na okoliczności, na jakie zostały przywołane.
W uzasadnieniu skargi, wskazano, że zakaz lokalizowania budynków mieszkalnych, który DRZGW w [...] ustanowił w § 4 ust. 2 pkt 10 rozporządzenia, przez ustawodawcę został wpisany w art. 54 ust. 3 pkt 1 p.w., czyli stanowi on zakaz, który przeznaczony jest do stosowania na terenie ochrony pośredniej ujęcia wody powierzchniowej, a nie podziemnej. W ocenie skarżącego, wynika z tego, że DRZGW w [...] nie miał prawa ustanowić takiego zakazu w strefie ochrony pośredniej ujęcia wody podziemnej. Gdyby ustawodawca chciał, aby przykładowe zakazy i ograniczenia z art. 54 p.w. można było dowolnie stosować niezależnie od rodzaju ujęcia wody - powierzchniowej czy podziemnej - to nie tworzyłby w ogóle ust. 2 i ust. 3 tego artykułu, lecz wpisał wszystkie zakazy i ograniczenia na jedną listę, zawartą w ust. 1. Zatem z zasady, że ustawodawca jest racjonalny wynika to, że wydzielenie w art. 54 p.w. trzech osobnych kategorii zakazów i ograniczeń musi mieć doniosłość prawną. Jedyna możliwa interpretacja jest taka, że zakazy i ograniczenia zawarte w ust. 2 i ust. 3 mogą być stosowane jedynie do ochrony tych rodzajów ujęć, do których zostały przypisane, a zatem nie jest dopuszczalne wprowadzenie zakazu lokalizowania budynków mieszkalnych w strefie ochrony pośredniej ujęcia wody podziemnej.
Na końcu skargi wyjaśniono, że interes prawny skarżącego wynika z tego, że jest on właścicielem nieruchomości położonej przy ul. Ś. B. w K. składającej się z działki o numerze geodezyjnym [...] (obręb [...]), która znajduje się na terenie objętym zakazem ustanowionym w zaskarżonym przepisie rozporządzenia.
W odpowiedzi na skargę wniesiono o jej oddalenie.
W uzasadnieniu wyroku Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie (dalej: Sąd I instancji) wskazał, że w niniejszej sprawie kwestionowane rozporządzenie zostało wydane przez DRZGW w [...] w sprawie ustanowienia strefy ochronnej ujęcia wody podziemnej [...], gmina K., powiat k. Zdaniem Sądu I instancji, DRZGW w [...], jako organ administracji rządowej niezespolonej był organem właściwym i w ramach swoich kompetencji miał prawo wydać opisane rozporządzenie stanowiące akt prawa miejscowego w rozumieniu przepisu art. 59 ust. 1 ustawy z 23 stycznia 2009 r. o wojewodzie i administracji rządowej w województwie (Dz. U. Nr 31, poz. 206 ze zm., dalej: ustawa o wojewodzie). W dalszej kolejności Sąd I instancji podkreślił, że przedmiotowe rozporządzenie DRZGW w [...] może być przedmiotem skargi do sądu administracyjnego na podstawie art. 63 ust. 1 ustawy o wojewodzie. Następnie Sąd I instancji odniósł się do legitymacji skarżącego do wniesienia przedmiotowej skargi.
Zdaniem Sądu I instancji, działka skarżącego, zlokalizowana przy ul. Ś. B. w K., jak wynika z załącznika nr 2a do ww. rozporządzenia oraz § 4 ust. 2 pkt 10 tego aktu, znajduje się na terenie ochrony pośredniej, gdzie wprowadzono zakaz lokalizowania budynków mieszkalnych, budynków zamieszkania zbiorowego, budynków użyteczności publicznej. Zapis ten narusza prawa i uprawnienia skarżącego do korzystania z przysługującego mu prawa własności nieruchomości objętych tym rozporządzeniem. W ocenie Sądu I instancji, samo naruszenie interesu prawnego nie może jednak przesądzić o nieważności zaskarżonego aktu prawa miejscowego w tej części. Naruszenie interesu prawnego skarżącego nie jest bowiem równoznaczne w tej sprawie z naruszeniem prawa. Uniemożliwienie skarżącemu przeprowadzenia planowanej inwestycji na terenie działki objętej strefą ochroną, nie wystarcza dla stwierdzenia, że zapis aktu prawa miejscowego został wydany z naruszeniem prawa.