Zgodnie z art. 92 ust. 2 p.w., w przypadkach określonych ustawą dyrektor regionalnego zarządu gospodarki wodnej wydaje akty prawa miejscowego. Do zadań dyrektora regionalnego zarządu należy w szczególności: sporządzanie identyfikacji znaczących oddziaływań antropogenicznych i ocen ich wpływu na stan wód powierzchniowych i podziemnych, w regionie wodnym. Z przepisu tego wynika, że organ ten odpowiada za stan wód powierzchniowych i podziemnych.
Art. 54 ust. 1-3 przewiduje katalog potencjalnych (alternatywnych) zakazów i ograniczeń możliwych do wprowadzenia na terenie ochrony ujęcia wody podziemnej i powierzchniowej. Stanowią one zbiór możliwych do wprowadzenia zakazów i ograniczeń realizujących instrumentalny cel określony w art. 54 ust. 1 p.w. Regionalny dyrektor zarządu gospodarki wodnej, zależnie od przeprowadzonej oceny wpływu czynników zewnętrznych na stan wód powierzchniowych i podziemnych, wybiera te które zamierza wprowadzić w drodze aktu prawa miejscowego. Wykładnia art. 54 ust. 1-3 p.w. zakładająca, że zakazy i ograniczenia zawarte w ust. 2 i w ust. 3 art. 54 p.w. nie mogą być stosowane łącznie z tymi, które przewidział ustawodawca w art. 54 ust. 1 p.w. byłaby również sprzeczna celami ochrony wód powierzchniowych i podziemnych określonymi w art. 1 oraz 38 p.w., a także naruszałaby treść zasady określonej w art. 5 p.o.ś.
Skoro w niniejszej sprawie nie doszło do naruszenia art. 54 ust. 1, ust. 2 i ust. 3 pkt 1 p.w. w zw. z art. 58 ust. 1 p.w. nie zasługuje na uwzględnienie zarzut dotyczący naruszenia art. 8 ust. 1 i 2 oraz art. 178 ust. 1 i art. 184 Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej poprzez ich błędną wykładnię.
Mając to wszystko na względzie Naczelny Sąd Administracyjny, działając na podstawie 184 p.p.s.a., orzekł jak w sentencji.