Przystępując do merytorycznej kontroli zaskarżonej uchwały, Sąd przytoczył treść art. 28 ustawy z dnia 27 marca 2003 r. o planowaniu i zagospodarowaniu przestrzennym (Dz. U. nr 80, poz. 717 ze zm.), zgodnie z którym podstawę do stwierdzenia nieważności uchwały rady gminy w całości lub w części stanowi naruszenie zasad sporządzania planu miejscowego, istotne naruszenie trybu jego sporządzania, a także naruszenie właściwości organów w tym zakresie. Sąd wskazał, iż w doktrynie przyjmuje się, że zasady sporządzania planu miejscowego, o których mowa w art. 28 ust. 1 ustawy o planowaniu i zagospodarowaniu przestrzennym to wartości i merytoryczne wymogi kształtowania polityki przestrzennej przez uprawnione organy dotyczące m.in. zawartych w akcie planistycznym ustaleń. W przypadku naruszenia zasad sporządzania planu ustawodawca nie wymaga, aby przedmiotowe naruszenie miało charakter istotny, co oznacza, że każde naruszenie zasad sporządzania planu miejscowego skutkować będzie stwierdzeniem nieważności uchwały rady gminy w całości lub w części (Ustawa o planowaniu i zagospodarowaniu przestrzennym. Komentarz, red. Z. Niewiadomski, Warszawa 2004, s. 253-254).
W ocenie Sądu I instancji zaskarżony plan miejscowy został uchwalony z naruszeniem zasad jego sporządzania, ponieważ w § 92 zaskarżonej uchwały ustalono stawkę opłaty planistycznej w wysokości 0%. Stawka ta dotyczy wszystkich terenów objętych ustaleniami planu, za wyjątkiem terenów MN1, MN2, MN3, MN5, MN6, MN7, MN7/L, MN8, MN9, MU1, MU2, MU3, MU4, U/P1, U/P2, U/P3, U/P4, U1, U2, U3, US1, US3, US4, US5, US6, UT3, UT4, UT5, dla których stawkę zróżnicowano ze względu na formę zbycia nieruchomości, tj. dla zbycia w formie sprzedaży określono stawkę w wysokości 20%, dla pozostałych form zbycia - stawkę w wysokości 0%.
Sąd wskazał, iż z treści art. 15 ust. 2 pkt 12 ustawy o planowaniu i zagospodarowaniu przestrzennym wynika wprost, iż miejscowy plan zagospodarowania przestrzennego powinien określać stawki procentowe, na podstawie których ustala się opłatę, o której mowa w art. 36 ust. 4 ustawy. Z powyższego sformułowania można wyprowadzić wniosek o obowiązku określenia stawek procentowych w taki sposób, który pozwoliłby na ustalenie opłaty, a to wyklucza określenie zerowej stawki procentowej. Sąd stwierdził, że w komentarzu do ustawy o planowaniu i zagospodarowaniu przestrzennym pod redakcją Zygmunta Niewiadomskiego zaprezentowane zostało stanowisko, iż nadal zachowuje aktualność pogląd, wyrażony pod rządami poprzednio obowiązującej ustawy o zagospodarowaniu przestrzennym z 1994 r., że obowiązek zapłaty jednorazowej opłaty pobranej w razie zbycia nieruchomości, której wartość wzrosła w związku z uchwaleniem nowego lub zmienionego planu, wyłącza możliwość ustalenia w miejscowym planie zagospodarowania przestrzennego zerowej stawki procentowej służącej naliczaniu opłaty (str. 285 komentarza). Prezentując powyższe stanowisko, autorzy komentarza powołali się na wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 6 września 2002 r., sygn. II SA/Wr 1193/02. Zdaniem Sądu I instancji, argumentację zawartą w uzasadnieniu powyższego wyroku, wyrażoną na tle przepisów ustawy o zagospodarowaniu przestrzennym z 1994 r., w pełni można przenieść na grunt ustawy o planowaniu i zagospodarowaniu przestrzennym z 2003 r., albowiem obie ustawy w tożsamy sposób regulują instytucję opłaty planistycznej. Określenie stawki procentowej opłaty planistycznej w wysokości 0% czyniłoby bezprzedmiotowym zapis ustawy mówiący o obowiązku decyzyjnego ustalenia tej opłaty w razie powstania sytuacji opisanej w art. 36 ust. 4 ustawy o planowaniu i zagospodarowaniu przestrzennym i oznaczałoby niedopuszczalne odgórne "zwolnienie" pewnej grupy właścicieli lub użytkowników wieczystych nieruchomości z ustawowego obowiązku uiszczenia renty planistycznej w razie zaistnienia przesłanek ustawowych (wyrok WSA w Białymstoku z dnia 30 marca 2006 r., II SA/Bk 100/06, LEX nr 194598). Sąd wskazał, że również w najnowszym orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego podkreśla się niedopuszczalność określenia stawki procentowej opłaty planistycznej w wysokości 0% (wyrok NSA z dnia 25 maja 2009 r., II OSK 1778/08, wyrok NSA z dnia 24 października 2006 r., II OSK 1247/05, Lex nr 289297).