Dnia 12 października 2012 roku Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący: sędzia NSA Małgorzata Dałkowska-Szary Sędziowie: sędzia NSA Andrzej Gliniecki sędzia del. NSA Janina Kosowska (spr.) Protokolant asystent sędziego Hubert Sęczkowski po rozpoznaniu w dniu 12 października 2012 r. na rozprawie w Izbie Ogólnoadministracyjnej skargi kasacyjnej Generalnego Dyrektora Ochrony Środowiska od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 3 lutego 2011 r. sygn. akt IV SA/Wa 2051/10 w sprawie ze skargi M. S.A. z siedzibą w W. na postanowienie Generalnego Dyrektora Ochrony Środowiska z dnia [...] września 2010 r. nr [...] w przedmiocie stwierdzenia nieważności postanowienia oddala skargę kasacyjną.
Wyrokiem z dnia 3 lutego 2011r., sygn. akt IV SA/Wa 2051/10, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie, po rozpoznaniu skargi M. S.A. z siedzibą w W. (dalej jako Spółka) na postanowienie Generalnego Dyrektora Ochrony Środowiska z dnia [...] września 2010r. w przedmiocie stwierdzenia nieważności postanowienia - uchylił zaskarżone postanowienie oraz poprzedzające je postanowienie tego organu z dnia [...] lipca 2010r. oraz stwierdził, że zaskarżone postanowienie nie podlega wykonaniu do czasu uprawomocnienia się wyroku.
Przedstawiając stan faktyczny rozpoznanej sprawy, Sąd I instancji wskazał, że zaskarżonym postanowieniem z dnia [...] września 2010r. Generalny Dyrektor Ochrony Środowiska utrzymał w mocy własne postanowienie z dnia [...] lipca 2010r., w którym stwierdzono nieważność postanowienia Regionalnego Dyrektora Ochrony Środowiska w W. z dnia [...] maja 2009r. w przedmiocie uzgodnienia na podstawie art. 53 ust. 4 pkt 8 w zw. z art. 64 ust. 1 ustawy z dnia 27 marca 2003r. o planowaniu i zagospodarowaniu przestrzennym, inwestycji polegającej na budowie budynku mieszkalnego wielorodzinnego z usługami, garażem podziemnym, infrastrukturą techniczną, drogami i elementami zagospodarowania terenu w rejonie ul. B. w W. W uzasadnieniu zaskarżonego postanowienia wskazano, iż postanowienie uzgadniające dotknięte jest wadą nieważności, jako wydane z rażącym naruszeniem prawa, za które uznano wydanie go bez uprzedniego przeprowadzenia prawidłowego postępowania wyjaśniającego. Dodano, że zadaniem organu było rozważenie, czy planowana w ramach projektu decyzji inwestycja nie będzie zagrażać rezerwatowi przyrody "J.". Wskazano, że organ nie dokonał takiej oceny, o czym świadczy brak w uzasadnieniu orzeczenia stwierdzeń, które wskazywałyby na jakąkolwiek analizę stanu faktycznego i prawnego sprawy. Podniesiono, że nie można zgodzić się ze stanem prawnym, gdy w obrocie funkcjonuje postanowienie uzgadniające projekt decyzji o warunkach zabudowy wydane bez ustalenia faktów koniecznych dla prawidłowego (zgodnego z prawem) wydania orzeczenia.
W skardze na powyższe postanowienie do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego Spółka zarzuciła organowi: bezpodstawne zastosowanie art. 156 § 1 pkt 2 k.p.a. przez przyjęcie, że doszło do rażącego naruszenia prawa pomimo braku uchybienia jakiemukolwiek przepisowi prawa materialnego; niezastosowanie art. 124 § 1 k.p.a. przez nie wskazanie, jaki przepis prawa został rzekomo naruszony; naruszenie art. 6, 7, 8 i 12 k.p.a.; błędne zastosowanie art. 54 ust. 4 pkt 8 ustawy o planowaniu i zagospodarowaniu przestrzennym przez przyjęcie, iż w przedmiotowej sprawie w ogóle istniał obowiązek uzgadniania, podczas gdy inwestycja była planowana w otulinie rezerwatu, która to nie należy do form ochrony przyrody w myśl art. 6 ust. 1 ustawy z dnia 16 kwietnia 2004 r. o ochronie przyrody; niezastosowanie art. 53 ust. 5c ustawy o planowaniu i zagospodarowaniu przestrzennym, przy którego uwzględnieniu eliminacja orzeczenia z obrotu nie będzie miała skutków procesowych.