Skargę kasacyjną złożyła Spółka. Wyrok zaskarżyła w całości. Wniosła o jego uchylenie i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania Sądowi I instancji lub uchylenie wyroku i uwzględnienie skargi oraz zasądzenie kosztów postępowania kasacyjnego według norm prawem przepisanych.
Spółka działając na podstawie art. 174 pkt 2 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j.: Dz. U. z 2012 r., poz. 270 ze zm.), dalej: p.p.s.a. zaskarżonemu wyrokowi zarzuciła naruszenie przepisów postępowania, które miało istotny wpływ na wynik sprawy:
1. art. 106 § 3 p.p.s.a. poprzez oddalenie wniosku dowodowego skarżącego dotyczącego dopuszczenia dowodu z dokumentów obejmujących wyniki kontroli przeprowadzonych w toku postępowania u pozostałych oferentów i uznanie iż ww. dokumenty nie były niezbędne do wyjaśnienia sprawy, w sytuacji gdy dopuszczenie ww. dowodu było niezbędne dla dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego sprawy, w szczególności do ustalenia iż organy NFZ nie zebrały w sposób wyczerpujący materiału dowodowego w sprawie i nie rozpatrzyły go wnikliwie, lecz wywiodły skutki prawne z okoliczności nieudowodnionych uznając, iż właściwym jest podział punktacji w kryterium jakość, w szczególności wyraziście w zakresie ilości wykonywanych badań, podczas gdy spełnienie lub nie warunku ilościowego skutkować winno przyznanie 5 pkt. lub brakiem ich w ogóle, czym doszło do naruszenia interesu prawnego skarżącego.
2. art. 145 § 1 pkt. 1 lit. c p.p.s.a. poprzez oddalenie skargi mimo naruszenia przez organy administracyjne art. 7 k.p.a, art. 77 § 1 k.p.a. oraz art. 80 k.p.a. w stopniu mogącym mieć istotny wpływ na wynik sprawy, tj. niedokonanie przez organy administracyjne pełnego rozważania całego zebranego w sprawie materiału dowodowego, tj. niedopuszczenie dowodów z:
a) dokumentów wyników kontroli przeprowadzonych w toku postępowania u pozostałych oferentów;
b) zeznań kontrolujących w jaki sposób dokonali oceny wykonania lub możliwości wykonywania badań w kryterium jakość (paragony, faktury VAT, wyniki zdjęciowe badań, wyniki badań, oświadczenia oferentów, wykonane umowy itp.) także pod kątem prawdziwości składanych oświadczeń woli i wiedzy przez pozostałych oferentów, podczas gdy informacje nieprawdziwe zawarte w innych ofertach winny skutkować ujawnieniem ich podczas kontroli i odrzuceniem wadliwych ofert, czego wynikiem jest przyjęcie za udowodnione, że ocena oferty złożonej przez Spółkę oraz ocena pozostałych ofert złożonych w postępowaniu konkursowym, zostały przeprowadzone w zgodzie z zasadami wynikającymi z zarządzenia nr 54/2011/DSOZ Prezesa NFZ, podczas gdy organy NFZ nie zebrały w sposób wyczerpujący materiału dowodowego w sprawie i nie rozpatrzyły go wnikliwie, lecz wywiodły skutki prawne z okoliczności nieudowodnionych uznając, iż właściwym jest podział punktacji w kryterium jakość, w szczególności wyraziście w zakresie ilości wykonywanych badań, podczas gdy spełnienie lub nie warunku ilościowego skutkować winno przyznanie 5 pkt. lub brakiem ich w ogóle.