Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Stanisław Gronowski Sędzia NSA Joanna Kabat-Rembelska Sędzia del. WSA Wojciech Kręcisz (spr.) Protokolant Dorota Gaj-Mizerska po rozpoznaniu w dniu 8 marca 2013 r. na rozprawie w Izbie Gospodarczej skargi kasacyjnej Ministra Spraw Zagranicznych od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w W. z dnia 1 września 2011 r. sygn. akt V SA/Wa 1826/10 w sprawie ze skargi E. Spółki z o.o. w S. na decyzję Ministra Spraw Zagranicznych z dnia 1 czerwca 2010 r. w przedmiocie rejestracji umów 1) uchyla zaskarżony wyrok i przekazuje sprawę do ponownego rozpoznania Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w W., 2) odstępuje w całości od zasądzenia zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego od E. Spółki z o.o. w S. na rzecz Ministra Spraw Zagranicznych.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w W. wyrokiem z dnia 1 września 2011 r., sygn. akt V SA/Wa 1826/11 po rozpoznaniu skargi E. Sp. z o.o. w S. na decyzję Ministra Spraw Zagranicznych z dnia [...] czerwca 2010 r. w przedmiocie odmowy rejestracji umów zawartych w ramach dofinansowania ze środków z budżetu Unii Europejskiej, uchylił zaskarżoną decyzję.
Sąd I instancji orzekał w następującym stanie sprawy.
Wnioskiem z dnia 22 września 2008 r. skarżąca - E. sp. z o.o. zwróciła się do Urzędu Komitetu Integracji Europejskiej o zarejestrowanie załączonych do wniosku umów z rolnikami (zawartych w latach 2005 - 2007) dotyczących wykonania przez tę spółkę dla rolników płyt gnojowych i zbiorników na gnojówkę. Wykonanie tych robót miało być finansowane z otrzymanych przez rolników środków pomocowych na dostosowanie gospodarstwa do wymogów Unii Europejskiej. Wniosek oparła na podstawie § 6 ust 1 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 27 kwietnia 2004 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 97 poz. 970 ze zm. - dalej: rozporządzenie wykonawcze VAT z 2004 r.). Podniosła, że umowy z rolnikami realizują cel wynikający z § 9 ust 1 rozporządzenia Rady Ministrów z dnia 18 stycznia 2005 r. w sprawie szczegółowych warunków i trybu udzielania pomocy finansowej na dostosowanie gospodarstw rolnych do standardów Unii Europejskiej objętej planem rozwoju obszarów wiejskich (Dz. U. z 2005 r. Nr 17 poz. 142 ze zm.).
Wskazała ponadto, że plan rozwoju obszarów wiejskich oparty jest na ustawie z dnia 28 listopada 2003 r. o wspieraniu rozwoju obszarów wiejskich ze środków pochodzących z Sekcji Gwarancji Europejskiego Funduszu Orientacji i Gwarancji Rolnej (Dz. U. z 2003 r. Nr 229, poz. 2273 ze zm.) i umowa na podstawie której opracowany został plan wspierania obszarów wiejskich zatwierdzony przez Komisję Europejską, została podpisana przez Rząd Rzeczpospolitej Polskiej i Unię Europejską, a tym samym środki jakie zostały przeznaczone na dofinansowanie budowy płyty i zbiorników pochodzą z państw obcych i są pomocą bezzwrotną.
Decyzją z dnia [...] marca 2009 r. Przewodniczący Komitetu Integracji Europejskiej, odmówił rejestracji przedstawionych przez spółkę umów. W uzasadnieniu decyzji wyjaśnił, że środki z EFOiGR z których finansowano przedmiotowe usługi nie mieszczą się w katalogu środków finansowych o jakich mowa w § 8 ust. 3 i 4 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 28 listopada 2008 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 212, poz. 1336 ze zm. - dalej: rozporządzenie wykonawcze VAT z 2008 r.). Organ podkreślił, że EFOiGR został powołany na mocy art. 159 Traktatu ustanawiającego Wspólnotę Europejską. Za pośrednictwem tego funduszu Wspólnota wspiera poszczególne Państwa członkowskie w ich działaniach prowadzących do wzmocnienia spójności gospodarczej i społecznej. Organ wskazał też, że rozporządzenie wykonawcze VAT z 2004 r. analogicznie do rozporządzenia wykonawczego VAT z 2008 r. nie przewiduje możliwości stosowania ułatwień podatkowych wobec funduszy europejskich, do których zalicza się EFOiGR. Organ powołał się też na Dyrektywę 2006/112/WE Rady z dnia 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej (Dz. U. L 347 z 11 grudnia 2006 r.), które podobnie jak wcześniej obowiązująca Szósta Dyrektywa Rady Wspólnot Europejskich z dnia 17 maja 1977 r. nie przewidują ulg w podatku VAT, o jakie zabiega Spółka i dyrektywa ta nie pozostawia państwom członkowskim możliwości odmiennej regulacji w tej kwestii.