Zdaniem Skarżącej z uwagi na tożsame okoliczności doręczenia ww. decyzji i decyzji Inspektora Kontroli Skarbowej w B. z dnia 30 czerwca 1999 r., przez analogię należało przyjąć, że obie decyzje nie wywołują skutków prawnych. Podstawą do wydania decyzji o odpowiedzialności osoby trzeciej może być bowiem istnienie w obrocie prawnym decyzji określającej wysokość zobowiązania podatkowego podatnika. Z tych względów Skarżąca wniosła o stwierdzenie nieważności decyzji Izby Skarbowej w B. z dnia 21 lutego 2001 r. i poprzedzającej ją decyzji [...] Urzędu Skarbowego w B. z dnia 25 października 2000 r.
1.6. Minister Finansów decyzją z dnia 21 maja 2007 r., nr [...] odmówił wszczęcia postępowania w sprawie stwierdzenia nieważności decyzji ostatecznej Izby Skarbowej w B. z dnia 21 lutego 2001 r., powołując jako podstawy prawne rozstrzygnięcia art. 249 § 1 O.p. oraz art. 24 § 1 ustawy z dnia 12 września 2002 r. o zmianie ustawy - Ordynacja podatkowa oraz o zmianie niektórych innych ustaw (Dz.U. Nr 169, poz. 1387), dalej ustawa zmieniająca z 12 września 2002 r.
1.7.Od powyższej decyzji Ministra Finansów z dnia 21 maja 2007 r. pełnomocnik Skarżącej wniósł odwołanie, wnosząc o jej uchylenie i przekazanie sprawy do rozpoznania według właściwości Dyrektorowi Izby Skarbowej w B., jako organowi pierwszej instancji. Jednocześnie wniósł o załatwienie niniejszej sprawy po uprzednim rozpoznaniu przez Dyrektora Izby Skarbowej w B. wniosku o wznowienie postępowania zakończonego wydaniem decyzji Izby Skarbowej w B. z dnia 21 lutego 2001 r., a ponadto z ostrożności, na wypadek braku uchylenia ww. decyzji w trybie wznowienia postępowania i braku umorzenia postępowania zakończonego wydaniem tej decyzji przed rozstrzygnięciem niniejszej sprawy o stwierdzenie nieważności decyzji Izby Skarbowej w B. z dnia 21 lutego 2001 r.
Decyzji Ministra Finansów z dnia 21 maja 2007 r. pełnomocnik Skarżącej zarzucił:
1) niewłaściwe zastosowanie art. 24 § 1 ustawy zmieniającej z dnia 12 września 2002 r. w związku z art. 31 ust. 4 ustawy z dnia 27 czerwca 2003 r. o utworzeniu Wojewódzkich Kolegiów Skarbowych oraz o zmianie niektórych ustaw regulujących zadania i kompetencje organów oraz organizację jednostek organizacyjnych podległych ministrowi właściwemu do spraw finansów publicznych (Dz.U. Nr 137, poz. 1302) w związku z art. 248 § 2 pkt 2 O.p. (w brzmieniu ustalonym ustawą z dnia 27 czerwca 2003 r. o utworzeniu Wojewódzkich Kolegiów Skarbowych) oraz art. 170 O.p., poprzez zaniechanie przekazania wniosku według właściwości Dyrektorowi Izby Skarbowej w B. i wydanie decyzji w sprawie należącej do właściwości tego Dyrektora;
2) błędną wykładnię art. 24 § 1 ustawy zmieniającej z dnia 12 września 2002 r. poprzez przyjęcie, że użyte w tym przepisie wyrażenie: "Żądania (...) stwierdzenia nieważności decyzji, która stała się decyzją ostateczną przed dniem wejścia w życie niniejszej ustawy, podlegają rozpatrzeniu (...) w terminach określonych w przepisach..." wskazuje przepisy określające termin właściwy do wystąpienia z żądaniem stwierdzenia nieważności decyzji, a nie termin rozpoznania żądania, a zatem załatwienia sprawy wywołanej tym żądaniem;