Stosownie do wskazanej podstawy prawnej decyzją organ podatkowy odmawiał wszczęcia postępowania w sprawie stwierdzenia nieważności decyzji ostatecznej jeżeli żądanie zostało wniesione po upływie roku od jej doręczenia. Z akt sprawy wynika, że przedmiotowa decyzja ostateczna została doręczona w dniu 28 lutego 2001 r. zatem - jak stwierdzono w decyzji Ministra Finansów odmawiającej wszczęcia postępowania termin roczny do wniesienia żądania stwierdzenia jej nieważności upłynął 28 lutego 2002 r. Jest zatem oczywiste, że wniosek złożony w niniejszej sprawie w Ministerstwie Finansów w dniu 20 lutego 2006 r. wpłynął po upływie nieprzekraczalnego, rocznego terminu. Zatem zgodnie ze wskazanym przepisem art. 249 § 1 O.p. Minister zobowiązany był odmówić wszczęcia postępowania w sprawie stwierdzenia nieważności bez ustosunkowania się do uzasadnienia wniosku strony w tym przedmiocie.
O prawidłowości decyzji tego rodzaju przesądza wykładnia przepisu przejściowego - art. 24 § 1 ww. ustawy zmieniającej z dnia 12 września 2002 r. Ustawa ta weszła w życie 1 stycznia 2003 r. wprowadzając szereg zmian w przepisach Ordynacji podatkowej, między innymi odnośnie do terminu wniesienia żądania stwierdzenia nieważności decyzji ostatecznej (wprowadziła termin 5-letni).
Jednakże w myśl powoływanego art. 24 § 1 tej ustawy żądanie stwierdzenia nieważności decyzji, która stała się decyzją ostateczną przed dniem wejścia w życie tej ustawy (1 stycznia 2003 r.) podlegają rozpatrzeniu w trybie, na zasadach i w terminach określonych w Ordynacji w brzmieniu obowiązującym - przed dniem wejścia w życie ustawy nowelizującej. W zaskarżonym wyroku przyjęto, że przepis ten przesądza o tym, iż do postępowania w sprawie stwierdzenia nieważności decyzji, która stała się ostateczna przed 1 stycznia 2003 r. stosuje się przepisy Ordynacji podatkowej w brzmieniu obowiązującym przed wejściem w życie noweli z 12 września 2002 r. Skład orzekający w niniejszej sprawie pogląd ten w całej rozciągłości podziela. Znalazł on również aprobatę w dotychczasowym orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego (przykładowo można odwołać się do wyroków: z dnia 6 kwietnia 2007 r. sygn. akt II FSK 1480/06, Lex nr 340223; z dnia 24 marca 2006 r. sygn. akt II FSK 526/05, Lex nr 205711; z dnia 18 listopada 2009 r. sygn. akt II FSK 920/08, niepubl.).
Oznacza to, że stosownie do art. 248 § 1 O.p. postępowanie to mogło być wszczęte z urzędu lub na wniosek, a organem właściwym w sprawie stwierdzenia nieważności był organ wyższego stopnia (art. 248 § 1 O.p.). Uregulowany tymi przepisami tryb postępowania przesądza o tym, że wbrew stanowisku skarżącej, wyłożonemu w skardze kasacyjnej (inaczej niż we wniosku - skoro skierowała go do Ministra Finansów) organem właściwym w sprawie stwierdzenia nieważności był Minister Finansów, organ wyższego stopnia w stosunku do Izby Skarbowej, która wydała decyzję ostateczną (por. art. 13 § 2 O.p.).
Jak trafnie wywiedziono w zaskarżonym wyroku zmiany wprowadzone w zakresie właściwości organów podatkowych ustawą z dnia 27 czerwca 2003 r. o utworzeniu Wojewódzkich Kolegiów Skarbowych oraz o zmianie niektórych ustaw regulujących zadania i kompetencje organów oraz organizację jednostek organizacyjnych podległych ministrowi właściwemu do spraw finansów publicznych (Dz.U. Nr 137, poz. 1302) nie objęły spraw, w których decyzje ostateczne zostały wydane przed 1 stycznia 2003 r. w tym zakresie wyczerpujące postanowienie zawierała bowiem ustawa zmieniająca z 12 września 2002 r. a wskazana ustawa z 27 czerwca 2003 r. nie zmieniła uregulowań tej ustawy).