Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący - Sędzia NSA Edyta Anyżewska, Sędzia NSA Stefan Babiarz (sprawozdawca), Sędzia NSA Stanisław Bogucki, Protokolant Dorota Żmijewska, po rozpoznaniu w dniu 20 listopada 2009 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 19 marca 2008 r. sygn. akt III SA/Wa 2227/07 w sprawie ze skargi B. S. na decyzję Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej z dnia 22 października 2007 r. nr [...] w przedmiocie umorzenia postępowania w sprawie stwierdzenia nieważności decyzji wydanej w przedmiocie podatku dochodowego od osób fizycznych za 1996 r. oddala skargę kasacyjną.
Wyrokiem z dnia 19 marca 2008 r. sygn. akt III SA/Wa 2227/07 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie uchylił zaskarżoną decyzję oraz poprzedzającą ją decyzję Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej (GIKS) z dnia 13 lipca 2007 r., stwierdził, że nie mogą być one wykonane w całości oraz zasądził od GIKS na rzecz podatniczki kwotę 200 zł tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego. Przedmiotem rozpoznania Sądu była sprawa ze skargi B. S. na decyzję GIKS z dnia 22 października 2007 r. w przedmiocie umorzenia postępowania w sprawie stwierdzenia nieważności decyzji wydanej w przedmiocie podatku dochodowego od osób fizycznych za 1996 r.
Ze stanu sprawy przyjętego przez Sąd pierwszej instancji wynika, że zaskarżoną decyzją GIKS utrzymał w mocy własną decyzję z dnia 13 lipca 2007 r. umarzającą postępowanie w sprawie stwierdzenia nieważności decyzji Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w L. z dnia 16 października 2003 r. w przedmiocie określenia podatniczce podatku dochodowego od osób fizycznych za 1996 r. wraz z odsetkami od nieterminowo uiszczanych zaliczek na ten podatek. Decyzja Dyrektora UKS z dnia 16 października 2003 r. została zaskarżona przez stronę odwołaniem, po rozpoznaniu którego, Dyrektor Izby Skarbowej decyzją z dnia 17 lutego 2004 r., utrzymał ją w mocy. Na decyzję organu odwoławczego podatniczka wniosła skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Lublinie, a następnie, po jej oddaleniu, zaskarżyła wyrok tego Sądu do Naczelnego Sądu Administracyjnego. Wyrokiem z dnia 6 lipca 2006 r. sygn. akt II FSK 943/05 Naczelny Sąd Administracyjny oddalił skargę kasacyjną skarżącej.
Pismem z dnia 5 kwietnia 2007 r. skarżąca wniosła o stwierdzenie nieważności decyzji Dyrektora UKS z dnia 16 października 2003 r., powołując przesłanki wskazane w art. 247 § 1 pkt 3 i 4 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2005 r. Nr 8, poz. 60 ze zm.) - zwanej dalej ord. pod.
Rozpatrując powyższy wniosek GIKS uznał, że prowadzenie postępowania w tej sprawie jest bezprzedmiotowe z uwagi na to, iż skarżąca wniosła o stwierdzenie nieważności decyzji nieostatecznej. Wyjaśnił, że w związku z brzmieniem art. 247 § 1 ord. pod. oraz art. 26 ust. 3 i art. 31 ustawy z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej (Dz. U. z 2004 r. Nr 8, poz. 65 ze zm.) - zwanej dalej u.k.s., jest organem właściwym do stwierdzenia nieważności, ale tylko decyzji ostatecznej organu kontroli skarbowej, tj. decyzji, od której nie zostało skutecznie złożone odwołanie do organu drugiej instancji, jakim jest Dyrektor Izby Skarbowej. Z uwagi na to, że decyzja Dyrektora UKS z dnia 16 października 2003 r. nie była ostateczna organ umorzył postępowanie jako bezprzedmiotowe.
Rozpatrując ponownie na wniosek strony sprawę GIKS nie znalazł podstaw do uchylenia decyzji wydanej w pierwszej instancji.