Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący - Sędzia NSA Bogusław Dauter (sprawozdawca), Sędzia NSA Beata Cieloch, Sędzia WSA (del.) Nadzieja Karczmarczyk- Gawęcka, Protokolant Anna Rembowska, po rozpoznaniu w dniu 28 kwietnia 2016 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej C. sp. z o.o. z siedzibą w W. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 27 maja 2013 r. sygn. akt III SA/Wa 3443/12 w sprawie ze skargi C. sp. z o.o. z siedzibą w W. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie z dnia 26 września 2012 r. nr [...] w przedmiocie określenia wysokości zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2006 r. 1) oddala skargę kasacyjną, 2) zasądza od C. sp. z o.o. z siedzibą w W. na rzecz Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie kwotę 3600 (słownie: trzy tysiące sześćset) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
1. Wyrokiem z 27 maja 2013 r. III SA/Wa 3443/12, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie, oddalił skargę C. sp. z o. o. z siedzibą w W. (dalej "spółka" lub "skarżąca") na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie z 26 września 2012 r. nr [...] w przedmiocie określenia wysokości zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2006 r.
2. W uzasadnieniu rozstrzygnięcia Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie przedstawił następujący stan faktyczny.
Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w W. w dniu 7 maja 2010 r. wszczął wobec spółki postępowanie kontrolne w zakresie rzetelności deklarowanych podstaw opodatkowania oraz prawidłowości obliczania i wpłacania podatku dochodowego od osób prawnych za 2006 r.
Decyzją z 6 grudnia 2011 r. organ ten określił spółce wysokość zobowiązania w podatku dochodowym od osób prawnych za okres 1 stycznia 2006 r. do 31 grudnia 2006 r. w kwocie 10 061 470,00 zł. W uzasadnieniu powyższej decyzji Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej stwierdził, że prawo użytkowania wieczystego gruntu położonego w W. przy ul. [...] wraz z posadowionymi na nim nieruchomościami budynkowymi aktem notarialnym rep. [...] z 29 grudnia 2006 r. zostało sprzedane przez spółkę P. B. i J. L.. za kwotę 6 900 000,00 zł, którzy następnie odsprzedali przedmiotową nieruchomość B.[...] sp. z o.o., co wynika z aktu notarialnego rep. [...] z 4 lipca 2007 r., za kwotę 100 000 000,00 zł. Celem ustalenia rzeczywistej wartości rynkowej wymienionej nieruchomości oraz zweryfikowania operatu szacunkowego z dnia 26 kwietnia 2006 r. sporządzonego na zlecenie spółki przez rzeczoznawcę - M. W., organ na podstawie art. 14 ust. 3 ustawy z dnia 15.02.1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz. U. z 2000r. Nr 54 poz. 654 ze zm. - zwanej dalej "u.p.d.o.p.") oraz art. 197 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz.U. z 2012 poz. 749 - zwanej dalej "o.p."), powołał biegłego rzeczoznawcę W. S., która 29 lipca 2011 r. sporządziła operat szacunkowy określający wartość rynkową prawa użytkowania wieczystego nieruchomości gruntowej, stanowiącej zabudowaną działkę ewidencyjną o nr [...] z obrębu [...] położoną w W., [...] przy ul. [...], wg stanu na dzień 29 grudnia 2006 r. (KW Nr [...]). Biegła określiła wartość przedmiotowego prawa oraz nieruchomości budynkowych na kwotę 54 942 000,00 zł., który to dokument został przekazany spółce w dniu 30 sierpnia 2011 r.
W oparciu o powyższe ustalenia, organ pierwszej instancji na podstawie zgromadzonego materiału dowodowego określił wartość sprzedanej nieruchomości z uwzględnieniem opinii biegłej na podstawie art. 14 ust. 3 w związku z art. 12 ust. 5a u.p.d.o.p.
Decyzją z 26 września 2012 r. Dyrektor Izby Skarbowej w W. uchylił w całości decyzję Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w W. i określił zobowiązanie podatkowe w podatku dochodowym od osób prawnych za 2006 r. w wysokości 8.626,416 zł. Powodem uchylenia w całości decyzji organu pierwszej instancji była okoliczność skorzystania przez spółkę na podstawie art. 7 ust. 5 omawianej ustawy z prawa odliczenia od dochodu za 2006 r. strat z lat ubiegłych, co spowodowało obniżenie zobowiązania podatkowego spółki za 2006 r. do kwoty 8.626,416 zł.