Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący - Sędzia NSA Beata Cieloch, Sędzia NSA Krzysztof Winiarski, Sędzia WSA del. Krzysztof Przasnyski (sprawozdawca), Protokolant Paulina Gromulska, po rozpoznaniu w dniu 5 lutego 2020 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej A. sp. z o.o. z siedzibą w M. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Bydgoszczy z dnia 8 listopada 2017 r., sygn. akt I SA/Bd 856/17 w sprawie ze skargi A. sp. z o.o. z siedzibą w M. na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Bydgoszczy z dnia 25 lipca 2017 r., nr [...] w przedmiocie nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych. 1. oddala skargę kasacyjną, 2. zasądza od A. sp. z o.o. z siedzibą w M. na rzecz Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Bydgoszczy kwotę 11250 (jedenaście tysięcy dwieście pięćdziesiąt) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
Zaskarżonym wyrokiem z dnia 8 listopada 2017 r. sygn. akt I SA/Bd 856/17 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Bydgoszczy oddalił skargę A. sp. z o.o. z siedzibą w M. na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Bydgoszczy z dnia 25 lipca 2017 r. w przedmiocie nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych.
Ze stanu sprawy przyjętego przez Sąd I instancji wynika, że w dniu 10 stycznia 2017r. spółka złożyła wniosek o zwrot podatku od czynności cywilnoprawnych, uiszczonego z tytułu umowy sprzedaży użytkowania wieczystego gruntu Skarbu Państwa położonego w [...] oraz prawa własności posadowionego na tym gruncie budynku wchodzącego w skład zorganizowanej części przedsiębiorstwa w kwocie 2.400.000 zł.
W uzasadnieniu, powołując się na treść art. 31 ust. 1 pkt 1 lit. b ustawy z dnia 27 sierpnia 1997r. o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnianiu osób niepełnosprawnych (Dz. U. z 2016r. poz. 2046 ze zm.), dalej: "ustawa o rehabilitacji", stwierdziła, że nie zachodzą przesłanki do pobrania przez notariusza z tytułu umowy z dnia 30 grudnia 2016r. podatku od czynności cywilnoprawnych według stawki 2%, gdyż posiada status zakładu pracy chronionej w rozumieniu art. 28 ustawy o rehabilitacji.
Decyzją z dnia 28 kwietnia 2017r. Naczelnik Urzędu Skarbowego w M. odmówił stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych, bowiem spółka nie wykazała, aby dokonana przez nią czynność pozostawała w bezpośrednim związku z prowadzeniem zakładu pracy chronionej.
W wyniku rozpatrzenia odwołania, decyzją z dnia 25 lipca 2017r. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Bydgoszczy utrzymał w mocy decyzję organu I instancji.
W skardze do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Bydgoszczy spółka wniosła o uchylenie decyzji organów obu instancji, zarzucając rażące naruszenie art. 28, art. 30 i art. 31 ust. 1 ustawy o rehabilitacji, poprzez błędną wykładnię i niewłaściwe zastosowanie; art. 83 Konstytucji RP; art. 120, art. 121 i art. 191 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2017r., poz. 201 ze zm., dalej: "O.p."), poprzez działanie bez podstawy prawnej, a także poprzez błędnie ustalony stan faktyczny oraz błędną ocenę zebranych dowodów, co narusza zasadę praworządności oraz budowania zaufania obywateli do organów administracji i ich rozstrzygnięć.
Oddalając skargę Sąd I instancji wskazał, że spór w sprawie sprowadza się do rozstrzygnięcia, czy organ podatkowy zasadnie odmówił stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych w powyższej kwocie. W ocenie strony, spełnia przesłanki do otrzymania zwrotu podatku, ponieważ posiada status zakładu pracy chronionej oraz dokonana przez nią czynność pozostaje w bezpośrednim związku z prowadzeniem zakładu. Natomiast organ, nie negując faktu posiadana przez spółkę statusu zakładu pracy chronionej, uznał, że nabycie prawa użytkowania wieczystego gruntu oraz własności posadowionego na tym gruncie budynku nie pozostawało w bezpośrednim związku z prowadzeniem zakładu.