Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodnicząca - Sędzia NSA Tomasz Kolanowski (sprawozdawca), Sędzia NSA Stanisław Bogucki, Sędzia WSA (del.) Marek Olejnik, Protokolant Agata Milewska, po rozpoznaniu w dniu 16 marca 2018 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej A. S.A. z siedzibą w K. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie z dnia 15 września 2015 r. sygn. akt I SA/Kr 1060/15 w sprawie ze skargi A. S.A. z siedzibą w K. na postanowienie Dyrektora Izby Skarbowej w K. z dnia 17 kwietnia 2015 r., nr (...) w przedmiocie odmowy wszczęcia postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych 1. oddala skargę kasacyjną, 2. zasądza od A. S.A. z siedzibą w K. na rzecz Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w K. kwotę 180 (słownie: sto osiemdziesiąt) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
Przedmiotem skargi kasacyjnej jest wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie z dnia 15 września 2015 r., sygn. akt I SA/Kr 1060/15, w którym oddalono skargę A. SA (dalej: skarżąca, spółka) na postanowienie Dyrektora Izby Skarbowej w K. z dnia 17 kwietnia 2015 r. o odmowie wszczęcia postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych.
W motywach orzeczenia sąd podał, że wnioskiem z 22 grudnia 2014 r. pełnomocnik skarżącej zwrócił się do Naczelnika Urzędu Skarbowego w K. o stwierdzenie nadpłaty podatku od czynności cywilnoprawnych w kwocie 427.000,00 zł, powstałej wskutek nienależnie zapłaconego podatku od umowy Spółki komandytowej zawartej 10 lutego 2009 r. Komandytariuszem Spółki została K. Spółka Akcyjna z siedzibą w K. używająca skrótów: A. SA i K. SA, natomiast komplementariuszem Spółki została A. Spółka Akcyjna z siedzibą w N. Od powyższej umowy notariusz będący płatnikiem pobrał tytułem podatku od czynności cywilnoprawnych na podstawie art. 6 ust. 1 pkt 8 lit. a oraz art. 7 ust. 1 pkt 9 ustawy z dnia 9 września 2000 r. o podatku od czynności cywilnoprawnych (Dz. U. 2010 r. Nr 101, poz. 649, ze zm.; dalej: u.p.c.c.) kwotę 429.945,00 zł (według stawki 0.5% od kwoty 85.988.990,00 zł).
Postanowieniem z dnia 27 stycznia 2015 r. Naczelnik Urzędu Skarbowego w K. odmówił wszczęcia postępowania dotyczącego stwierdzenia nadpłaty. Organ podatkowy wskazał, iż obowiązek podatkowy w podatku od czynności cywilnoprawnych z tytułu zawarcia umowy spółki komandytowej, zgodnie z art. 4 pkt 9 u.p.c.c. w brzmieniu obowiązującym w dniu zawarcia aktu notarialnego, ciążył na spółce komandytowej. W ocenie organu uiszczenie podatku od czynności cywilnoprawnych przez komandytariusza nie zmienia faktu, że podatnikiem podatku od czynności cywilnoprawnych z tytułu zawarcia umowy spółki osobowej jest spółka komandytowa.
Postanowieniem z dnia 17 kwietnia 2015 r. Dyrektor Izby Skarbowej w K., po rozpatrzeniu zażalenia skarżącej, utrzymał w mocy zaskarżone rozstrzygnięcie organu pierwszej instancji.
Organ odwoławczy podtrzymał stanowisko, iż podatnikiem podatku od czynności cywilnoprawnej zawartej w dniu 10 lutego 2009 r. w formie aktu notarialnego (zawarcie umowy spółki), od której stwierdzenia nadpłaty i zwrotu podatku domaga się odwołujący się, była A. Spółka Akcyjna i wspólnik Spółka komandytowa.
W skardze skierowanej do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie pełnomocnik spółki zarzucił organowi naruszenie art. 75 § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz. U z 2012 r. poz. 749, ze zm.; dalej: o.p.) w zw. z art. 4 pkt 9 u.p.c.c. poprzez uznanie, że spółka nie jest podmiotem uprawnionym do wniesienia wniosku o stwierdzenie nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych pobranego od Spółki z tytułu zawarcia umowy spółki komandytowej; art. 233 § 2 w zw. z art. 239 poprzez nieuchylenie postanowienia Naczelnika Urzędu Skarbowego w K., pomimo tego, że zostało ono wydane z naruszeniem art. 165a § 1 o.p.