Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący - Sędzia NSA Jerzy Płusa (sprawozdawca), Sędzia NSA Jacek Brolik, Sędzia NSA Małgorzata Wolf-Kalamala, Protokolant Justyna Bluszko-Biernacka, po rozpoznaniu w dniu 20 marca 2015 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej P. [...] sp. z o.o. z siedzibą w O. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Bydgoszczy z dnia 14 listopada 2012 r. sygn. akt I SA/Bd 862/12 w sprawie ze skargi P. [...] sp. z o.o. z siedzibą w O. na decyzję Samorządowego Kolegium Odwoławczego w Toruniu z dnia 23 lipca 2012 r. nr [...] w przedmiocie podatku od nieruchomości za 2009 r. 1) uchyla zaskarżony wyrok w całości i przekazuje sprawę do ponownego rozpoznania Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Bydgoszczy, 2) zasądza od Samorządowego Kolegium Odwoławczego w Toruniu na rzecz P. [...] sp. z o.o. z siedzibą w O. kwotę 7558 (słownie: siedem tysięcy pięćset pięćdziesiąt osiem) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
Zaskarżonym wyrokiem z dnia 14 listopada 2012 r. sygn. akt I SA/Bd Wojewódzki Sąd Administracyjny w Bydgoszczy oddalił skargę "P." sp. z o.o. (dalej jako "Spółka") na decyzję Samorządowego Kolegium Odwoławczego w Toruniu (dalej jako "SKO") z dnia 23 lipca 2012 r. w przedmiocie podatku od nieruchomości za 2009 r.
Przedstawiając w uzasadnieniu powyższego wyroku stan sprawy Sąd pierwszej instancji podał, że w dniu 17 lutego 2009 r. Spółka wskazując na uchwałę Nr XIV/83/07 Rady Gminy Łysomice z dnia 13 grudnia 2007 r. w sprawie udzielenia przez Gminę Łysomice zwolnień od podatku od nieruchomości, stanowiących regionalną pomoc inwestycyjną - powoływaną dalej jako "uchwała Nr XIV/83/07 z dnia 13 grudnia 2007 r.", wniosła o stwierdzenie nadpłaty w podatku od nieruchomości za 2009 r. W piśmie z dnia 27 marca 2009 r., uzupełniającym wniosek o stwierdzenie nadpłaty, Spółka podniosła, że uprawnienie do skorzystania z pomocy w postaci zwolnienia od podatku od nieruchomości wynika również z przepisów uchwały Nr XLVII/215/06 Rady Gminy Łysomice z dnia 8 września 2006 r. w sprawie udzielenia przez Gminę Łysomice pomocy regionalnej na wspieranie nowych inwestycji lub tworzenie nowych miejsc pracy związanych z nową inwestycją - powoływanej dalej jako "uchwała Nr XLVII/215/06 z dnia 8 września 2006 r."
Wójt Gminy Łysomice (dalej jako "Wójt") dwukrotnie wydawał decyzje odmawiające stwierdzenia nadpłaty, które na skutek zaskarżenia były uchylane przez SKO, a sprawa przekazywana do ponownego rozpoznania.
W toku ponownie prowadzonego postępowania Wójt decyzją z dnia 20 marca 2012 r. odmówił Spółce stwierdzenia nadpłaty w podatku od nieruchomości za 2009 r. i określił zobowiązanie podatkowe w tym podatku w kwocie 411 482 zł. Uzasadniając to rozstrzygnięcie Wójt wyjaśnił, że Spółka we wniosku o stwierdzenie nadpłaty w pierwszej kolejności powołała się na treść uchwały Nr XIV/83/07 z dnia 13 grudnia 2007 r. jednocześnie podnosząc, że warunkiem skorzystania ze zwolnienia w podatku od nieruchomości na jej podstawie było, m.in. dokonanie do dnia 31 grudnia 2008 r., przed rozpoczęciem realizacji inwestycji, zgłoszenia właściwemu organowi podatkowemu zamiaru korzystania ze zwolnienia (§ 1 ust. 2). Zamiar taki Spółka zgłosiła w dniu 20 grudnia 2006 r. oraz w dniu 18 grudnia 2008 r. (dublując wniosek pierwotny), w związku z tym Wójt podał, że rozpatrując wniosek o stwierdzenie nadpłaty wziął pod uwagę jedynie pierwotny wniosek Spółki.
Wójt wskazał dalej, że we wniosku "o przyznanie pomocy publicznej" Spółka podała, że rozpoczyna proces inwestycyjny "polegający na uruchomieniu zakładu produkcyjnego w Pomorskiej Specjalnej Strefie Ekonomicznej", który będzie obejmował budowę hali produkcyjno-magazynowej. Struktura wydatków inwestycyjnych obejmowała koszt nabycia gruntu, koszt budowy i prac montażowych oraz koszt nabycia i montażu maszyn produkcyjnych. Inwestycja miała być realizowana w dwóch etapach: I etap w latach 2006-2007 oraz drugi etap w latach 2008-2010. Spółka zobowiązała się również do utrzymania inwestycji w terminie 5 lat od dnia jej zakończenia oraz do utrzymania nowoutworzonych miejsc pracy przez co najmniej 5 lat od dnia ich utworzenia.