Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Antoni Hanusz, Sędziowie NSA Jerzy Rypina, NSA del. Aleksandra Wrzesińska-Nowacka (sprawozdawca), Protokolant Barbara Mróz, po rozpoznaniu w dniu 27 stycznia 2009 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej A. spółki z o.o. z siedzibą w W. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 11 grudnia 2007 r. sygn. akt III SA/Wa 1414/07 w sprawie ze skargi A. spółki z o.o. z siedzibą w W. na decyzję Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej z dnia 28 maja 2007 r. nr [...] w przedmiocie określenia zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 1999 r. oraz wysokości odsetek za zwłokę od zaliczki na ten podatek 1) oddala skargę kasacyjną, 2) zasądza od A. spółki z o.o. z siedzibą w W. na rzecz Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej kwotę 3.600 (trzy tysiące sześćset) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
Wyrokiem z dnia 11 grudnia 2007 r. , sygn. akt III SA/Wa 1414/07 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie na podstawie art. 151 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. Nr 153,poz. 1270 ze zm., powoływanej dalej jako p.p.s.a.) oddalił skargę Spółki z ograniczoną odpowiedzialnością "A" z siedzibą na decyzję Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej z dnia 28 maja 2007 r. nr [...] w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych za rok 1999.
Z przedstawionego przez Sąd stanu sprawy wynika, że decyzją z dnia 28 maja 2007 r. Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej uchylił w całości własną decyzję z dnia 9 marca 2004 r. określającą Spółce zobowiązanie podatkowe w podatku dochodowym od osób prawnych za 1999 r. w kwocie 673.491 zł oraz wysokość odsetek za zwłokę od przyjętej w prawidłowej wysokości zaliczki na podatek dochodowy od osób prawnych za miesiąc styczeń 1999 r. w kwocie 66,30 zł i określił zobowiązanie w podatku dochodowym od osób prawnych za 1999 r. w wysokości 498.973 zł, a w pozostałym zakresie umorzył postępowanie.
Zmieniając pierwotnie wydane rozstrzygnięcie organ kontroli skarbowej uwzględnił częściowo argumenty podatniczki, zawarte we wniosku o ponowne rozpoznanie sprawy.
Mimo to wymieniona decyzja stała się przedmiotem skargi, jaką Spółka skierowała w dniu 24 września 2004 r. do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie, żądając jej uchylenia. Zaskarżonej decyzji zarzuciła naruszenie art. 121 § 1 oraz art. 122 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. Nr 137, poz. 926, ze zm., powoływanej dalej w skrócie o.p.). Spółka zakwestionowała m.in. ustalenia organu kontroli skarbowej i ich ocenę w zakresie wykluczonego przez organ z kosztów uzyskania przychodów odpisu amortyzacyjnego w wysokości 160.948,40 zł od "wartości firmy". Wskazała, że jest to następstwem błędnych ustaleń organu, który przyjął, że przedmiotem wniesionego przez stronę skarżącą aportu do "AC" sp. z o.o. było 111 sztuk środków trwałych, a nie przedsiębiorstwo w rozumieniu art. 551 K.c., które skarżąca Spółka nabyła, a następnie wniosła aportem do wskazanej wyżej Spółki. W ocenie podatniczki miała ona prawo do dokonywania odpisów amortyzacyjnych od "wartości firmy" rozumianej jako nadwyżka ceny zapłaconej za przedsiębiorstwo nad sumą wartości poszczególnych elementów majątkowych nabytego przedsiębiorstwa.
Spółka zarzuciła także, iż organ kontroli skarbowej dokonał błędnej oceny zaliczonych do kosztów uzyskania przychodów wydatków związanych z zabytkowym budynkiem w Łęgu w wysokości 212.615,58 zł. Organ stwierdził bowiem, że wykonane w przedmiotowym budynku prace stanowią ulepszenie, przebudowę, rozbudowę, rekonstrukcję, adaptację lub modernizację środka trwałego i powiększają wartość tego środka trwałego. Nie stanowią bezpośrednio kosztu uzyskania przychodu, natomiast po zakończeniu inwestycji mogą stanowić podstawę do naliczenia odpisów amortyzacyjnych. Zdaniem Spółki prace te stanowiły renowację budynku. Strona zarzuciła organowi kontroli, że oceniając charakter tych prac pominął jako źródło informacji lokalnego konserwatora zabytków.