Postępowanie o wznowienie postępowania jest dwuetapowe. Pierwszy etap sprowadza się do badania, czy zachodzą warunki formalne do wznowienia postępowania.
Przesłanka wznowienia postępowania określona w art. 240 par. 1 pkt 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./ sprowadza się do istnienia dowodów, które okazały się fałszywe, a które były podstawą rozstrzygnięcia. Fałsz ten może dotyczyć formy dokumentu jak i jego treści.
Zasadą jest ze względu na treść art. 240 par. 2 Ordynacji podatkowej, że fałszywość dowodu powinna być uprzednio stwierdzona orzeczeniem sądu lub innego organu, chyba że sfałszowanie dowodu jest oczywiste, a wznowienie postępowania jest niezbędne w celu ochrony interesu publicznego. Przy braku orzeczenia właściwego organu o sfałszowaniu dowodu istotne jest więc ustalenie i wykazanie, że zachodzą łącznie dwie wymienione wyżej przesłanki. O oczywistości można mówić, gdy na pierwszy rzut oka można stwierdzić, że dany dokument jest fałszywy. Oczywistość dotyczy więc przede wszystkim cech zewnętrznych fałszu. Przesłanka interesu publicznego musi natomiast być wynikiem oceny.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu na rozprawie w Wydziale II Izby Finansowej skargi kasacyjnej Edwarda K. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 11 stycznia 2005 r., III SA/Wa 693/04 w sprawie ze skargi Edwarda K. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w W. z dnia 23 marca 2004 r., (...) w przedmiocie odmowy uchylenia, po wznowieniu postępowania, decyzji w sprawie opłaty skarbowej - oddala skargę kasacyjną.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie wyrokiem z 11 stycznia 2005 r. oddalił skargę Edwarda K. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w W. z 23 marca 2004 r. utrzymującą w mocy decyzję tegoż organu z dnia 13 lutego 2004 r., odmawiającą uchylenia po wznowieniu postępowania decyzji ostatecznej dotyczącej zaległości w opłacie skarbowej.
W uzasadnieniu Sąd ten wskazał, że Urząd Skarbowy W.-B. decyzją z 29 listopada 2001 r. (...) określił Edwardowi K. zaległość podatkową z tytułu opłaty skarbowej w wysokości 7.485 zł wraz z odsetkami w kwocie 11.394,70 zł, stwierdzając, iż aktem notarialnym z 3 kwietnia 1998 r. Rep. (...), pomiędzy Januszem K. a Edwardem K. zawarta została umowa sprzedaży 1/2 udziałów w nieruchomości w I. Wartość transakcji strony określiły na kwotę 6.000 zł. Z kolei w toku postępowania podatkowego prowadzonego z udziałem stron, Urząd Skarbowy ustalił, na podstawie opinii biegłego rzeczoznawcy, iż wartość rynkowa przedmiotowego udziału w nieruchomości na dzień 30 kwietnia 1998 r. wynosiła 156.200 zł. Na tej podstawie organ I instancji określił podatnikowi zaległość z tytułu opłaty skarbowej oraz odsetki od tej zaległości.
W związku z odwołaniem od tej Izba Skarbowa w W. decyzją z 11 marca 2002 r. (...) utrzymała w mocy zaskarżoną decyzję wskazując, iż zarzuty zawarte w odwołaniu nie zasługiwały na uwzględnienie.
Na decyzję Izby Skarbowej, Edward K. wniósł skargę do Naczelnego Sądu Administracyjnego, który wyrokiem z dnia 2 lipca 2003 r. III SA 994/02 skargę tę oddalił.
20 października 2002 r. Edward K. złożył wniosek o wznowienie postępowania zakończonego decyzją ostateczną izby Skarbowej z dnia 11 marca 2002 r. z uwagi na fakt, że wartość nieruchomości została, zdaniem wnioskodawcy, określona na podstawie fałszywego operatu szacunkowego i w związku z tym zaistniała przesłanka z art. 240 par. 1 pkt 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./.
Decyzją z 30 grudnia 2002 r. (...) Izba Skarbowa w W. odmówiła uchylenia własnej ostatecznej decyzji z dnia 11 marca 2002 r. z uwagi na brak przesłanek z art. 240 Ordynacji podatkowej uzasadniających wznowienie postępowania podatkowego.
12 stycznia 2004 r. Edward K. złożył kolejny wniosek o wznowienie postępowania na podstawie art. 240 par. 1 pkt 1 i pkt 5 oraz par. 2 Ordynacji podatkowej. Wnioskodawca przedłożył opinię Komisji Arbitrażowej Polskiej Federacji Stowarzyszeń Rzeczoznawców Majątkowych z 20 grudnia 2003 r., która zdaniem podatnika uzasadniała żądanie wznowienia postępowania w sprawie.
Decyzją z 13 lutego 2004 r. (...) Dyrektor Izby Skarbowej w W. odmówił uchylenia decyzji ostatecznej (...) z 11 marca 2002 r. nie znajdując podstaw do uwzględnienia żądania strony. W uzasadnieniu decyzji wskazano na treść przepisu art. 240 par. 1 Ordynacja podatkowa, stwierdzając, że wymienione w tym przepisie przesłanki uzasadniające wznowienie postępowania nie wystąpiły - w tym również powołana przez podatnika - przyczyna wznowienia określona wart. 240 par. 1 pkt 5 tej ustawy.W odwołaniu od powyższej decyzji strona zarzuciła. że zaskarżona decyzja została wydana z rażącym naruszeniem przepisu art. 157 ustawy z dnia 21 sierpnia 1997 r. o gospodarce nieruchomościami /Dz.U. 2000 nr 46 poz. 543/. Ponadto, ponownie, odwołujący podważał wiarygodność operatu szacunkowego na podstawie, którego ustalono wartość rynkową przedmiotowej nieruchomości oraz dowodził, że dostarczona opinia Komisji Arbitrażowej jest nową okolicznością uzasadniającą wznowienie postępowania.