Po rozpatrzeniu odwołania Skarżącej, decyzją z 6 listopada 2015 r. Dyrektor Izby Skarbowej w Warszawie utrzymał w mocy decyzję organu pierwszej instancji. Dyrektor Izby Skarbowej w Warszawie podkreśli, że zwolnienie przewidziane w art. 21 ust. 1 pkt 126 u.p.d.o.f. uzależnione było od spełnienia łącznie dwóch warunków:
- zameldowania w zbywanym budynku mieszkalnym na pobyt stały przez okres nie krótszy niż 12 miesięcy przed datą zbycia oraz
- złożenia oświadczenia o spełnieniu warunków do zwolnienia w terminie do 30 kwietnia następującego po roku, w którym dokonano odpłatnego zbycia nieruchomości (art. 21 ust. 21 u.p.d.o.f.).
Organ odwoławczy wskazał, że sam fakt zameldowania w zbywanym budynku mieszkalnym na pobyt stały przez ponad 12 miesięcy nie daje jeszcze podstaw do twierdzenia, że przychód uzyskany z odpłatnego zbycia podlega zwolnieniu na podstawie art. 21 ust. 1 pkt 126 u.p.d.o.f. Dopiero złożenie oświadczenia o spełnianiu warunków uprawniających do skorzystania z ulgi meldunkowej, daje prawo do zwolnienia z opodatkowania. Skarżąca w terminie złożenia zeznania podatkowego PIT-36 za 2009 r., tj. w terminie do 30 kwietnia 2010 r., nie złożyła oświadczenia o zameldowaniu w zbywanym budynku mieszkalnym na pobyt stały w okresie przekraczającym 12 miesięcy przed datą zbycia. Wyklucza to możliwość skorzystania ze zwolnienia, o którym mowa w ww. przepisie. Organ odwoławczy wyjaśnił także dlaczego nie dopatrzył się naruszenia w sprawie art. 121 O.p. Dyrektor Izby Skarbowej nie podzielił również zarzutu o wydaniu zaskarżonej decyzji, która w ocenie Skarżącej była decyzją konstytutywną, w warunkach przedawnienia.
W skardze na powyższą decyzję Skarżąca zarzuciła:
- naruszenie art. 69 §1 i §2 w zw. art. 208 §1 Ordynacji podatkowej, poprzez ich niezastosowanie w niniejszej sprawie, co spowodowało wydanie zaskarżonej decyzji z przekroczeniem 3-letniego terminu przedawnienia przewidzianego w tych przepisach, w sytuacji, gdy z uwagi na upływ czasu zasadnym było umorzenie przedmiotowego postępowania jako bezzasadnego;
w razie jednak nieuwzględnienia zarzutu przedawnienia zarzucono również:
- naruszenie art. 120, 121, 122, 181, 187, 191 i 199 Ordynacji podatkowej, poprzez ich niezastosowanie, wyrażające się brakiem wszechstronnego wyjaśnienia istotnych okoliczności sprawy, poprzez pominięcie faktu stawiennictwa Skarżącej przed organem na jego wezwanie w dniu 16 marca 2010 r. i złożonych wtedy oświadczeń dot. m.in. woli skorzystania z ulgi meldunkowej, pominięcie faktu złożenia przez podatnika w dniu 30 kwietnia 2010 r. deklaracji PIT-36 za 2009 r. w której wykazała podatek z odpłatnego zbycia nieruchomości w wysokości 24.510 zł, w wysokości ograniczonej do wartości zbytego gruntu, na którym posadowiony jest sprzedany budynek mieszkalny, co implicite świadczy o woli skorzystania z ulgi meldunkowej (w kontekście ówczesnej praktyki administracyjnej dot. zakresu ulgi meldunkowej jako nieobejmującej gruntu, na którym znajdował się lokal/budynek mieszkalny, która uległa zmianie w wyniku wydania uchwały Naczelnego Sądu Administracyjnego z 2 kwietnia 2012 r., sygn. II FPS 3/2011), oraz nieprzeprowadzenie dowodów w zakresie tych okoliczności,