Jeżeli właściwo terenowo urząd skarbowy dokonując prawidłowości realizacji przepisów art. 33 ust. 1-4a ustawy z dnia 27 sierpnia 1997 r. o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnianiu osób niepłenosprawnych (Dz. U. z 2011 r. Nr 127, poz. 721 ze zm.) uchyla się od wskazania naruszenia przepisów i poprzestaje jedynie na wskazaniu terminów dokonywanych wypłat wynagrodzenia na rzecz pracowników oraz dat przekazania środków na rachunek bankowy zakładowego funduszu rehabilitacji osób niepłenosprawnych, to jest to niewystarczające dla przyjęcia, że ujawniono przekroczenie terminu wskazanego w art. 33 ust. 3 pkt 3) tej ustawy.
Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący - Sędzia NSA Jerzy Płusa, Sędzia NSA Maciej Jaśniewicz (sprawozdawca), Sędzia WSA (del.) Marek Olejnik, Protokolant Dorota Rembiejewska, po rozpoznaniu w dniu 4 października 2016 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej Ministra Pracy i Polityki Społecznej (obecnie: Ministra Rodziny, Pracy i Polityki Społecznej) od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 20 maja 2014 r. sygn. akt III SA/Wa 3166/13 w sprawie ze skargi M. S.A. z siedzibą w I. na decyzję Ministra Pracy i Polityki Społecznej (obecnie: Ministra Rodziny, Pracy i Polityki Społecznej) z dnia 23 października 2013 r. nr [...] w przedmiocie określenia wysokości zobowiązania z tytułu wpłat na PFRON za wrzesień 2012 r. 1) oddala skargę kasacyjną, 2) zasądza od Ministra Rodziny, Pracy i Polityki Społecznej (dawniej: Ministra Pracy i Polityki Społecznej) na rzecz M. S.A. z siedzibą w I. kwotę 5400 (słownie: pięć tysięcy czterysta) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
1.1. Wyrokiem z dnia 20 maja 2014 r., sygn. akt III SA/Wa 3166/13, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w sprawie ze skargi M. S.A. z siedzibą w I. uchylił decyzję Ministra Pracy i Polityki Społecznej z 23 października 2013 r. w przedmiocie określenia wysokości zobowiązania z tytułu wpłat na PFRON za wrzesień 2012 r.
1.2. W uzasadnieniu Sąd I instancji stwierdził, że decyzją z 25 lipca 2013 r. Prezes Zarządu Państwowego Funduszu Rehabilitacji Osób Niepełnosprawnych określił Skarżącej wysokość zobowiązań w związku z nieterminowym przekazaniem środków zakładowego funduszu rehabilitacji osób niepełnosprawnych za wrzesień 2012 r. w kwocie 296.790,00 zł oraz w związku z niezgodnym z ustawą wykorzystaniem środków zakładowego funduszu rehabilitacji osób niepełnosprawnych za wrzesień 2012 r. w kwocie 153.647,00 zł. Od powyższego rozstrzygnięcia wywiedzione zostało odwołanie, w którym zarzucono naruszenie art. 120, art. 191, art. 210 § 4 i art. 70 § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2005 r., Nr 8, poz. 60 ze zm., zwana dalej "Ordynacja podatkowa") w związku z art. 49 ust. 1 ustawy z dnia 27 sierpnia 1997 r. o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnianiu osób niepełnosprawnych (Dz. U. z 2011 r. Nr 127, poz. 721 ze zm., dalej zwana: "ustawa o rehabilitacji"). Ponadto zarzucono naruszenie art. 33 ust. 3 pkt 3, ust. 4 oraz ust. 6 w związku z przepisami Ordynacji podatkowej. Zdaniem Skarżącej w sprawie m.in. błędnie określono dzień uzyskania środków pochodzących z zaliczek na podatek dochodowy od osób fizycznych. W ocenie Spółki organ nie uwzględnił terminu płatności zaliczek na podatek dochodowy zgodnie z przepisami u.p.d.o.f. oraz nie uwzględnił źródła pochodzenia środków, z których pochodzą zaliczki na podatek dochodowy.
1.3. Minister Pracy i Polityki Społecznej decyzją z dnia 23 października 2013 r. utrzymał w mocy decyzję organu I instancji. W uzasadnieniu wskazał, iż ustalenia dokonane przez Naczelnika P. Urzędu Skarbowego w B. nie stanowią podstawy wydania zaskarżonej decyzji. Protokół kontroli z 7 września 2012 r. i wszelkie zawarte w nim ustalenia stanowią jeden z dowodów w sprawie i nie zwalniają organu podatkowego od przeprowadzenia własnego postępowania i dokonania własnej, rzetelnej analizy zebranego w sprawie materiału dowodowego. Brak jasno wskazanych uchybień nie stanowi przeszkody do stwierdzenia nieprawidłowości obciążających pracodawcę, co w sposób ewidentny wynika z protokołu i zostało dokładnie w nim opisane. Minister stwierdził, iż organ I instancji przeprowadzając własne postępowanie i dokonując ustaleń m.in. w oparciu o informacje i ustalenia zawarte w protokole kontroli sporządzonym przez Urząd Skarbowy nie naruszył wskazanych w odwołaniu przepisów. Organ odwoławczy stwierdził brak podstaw do uznania wydatków zgodnie z zasadami jakimi należy kierować się w korzystaniu ze środków publicznych.
2.1. Skarżąca wniosła skargę na powyższą decyzję powtarzając zarzuty przedstawione w odwołaniu. Spółka kwestionując prawidłowość rozstrzygnięcia organu odwoławczego zarzuciła, sprzeczność ustaleń Ministra Pracy i Polityki Społecznej oraz Prezesa Zarządu PFRON zawartych w decyzjach z ustaleniami [...] Urzędu Skarbowego w B. oraz protokołu kontroli przeprowadzonej w zakresie prawidłowości gromadzenia i wydatkowania środków ZFRON oraz zbadania, czy środki na PFRON przekazywano w odpowiedniej wysokości za okres od 1 grudnia 2006 r. do 31 grudnia 2009 r.