Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący - Sędzia NSA Anna Dumas (sprawozdawca), Sędzia NSA Tomasz Zborzyński, Sędzia WSA (del.) Maja Chodacka, Protokolant Agata Milewska, po rozpoznaniu w dniu 28 listopada 2017 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej A. sp. z o.o. sp. k. z siedzibą w R. (dawniej: A. sp. z o.o. S.K.A. z siedzibą w R.) od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 28 maja 2015 r. sygn. akt III SA/Wa 3302/14 w sprawie ze skargi A. sp. z o.o. sp. k. z siedzibą w R. (dawniej: A. sp. z o.o. S.K.A. z siedzibą w R.) na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie z dnia 19 sierpnia 2014 r., nr [...] w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych 1. oddala skargę kasacyjną, 2. zasądza od A. sp. z o.o. sp. k. z siedzibą w R. (dawniej: A. sp. z o.o. S.K.A. z siedzibą w R.) na rzecz Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Warszawie kwotę 2.700 (słownie: dwa tysiące siedemset) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
Wyrokiem z dnia 28 maja 2015 r., sygn. akt III SA/Wa 3302/14, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie oddalił skargę A. sp. z o.o. sp.k. z siedzibą w R. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie z dnia 19 sierpnia 2014 r. w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych.
Z uzasadnienia wyroku Sądu pierwszej instancji wynika, że wnioskiem z dnia 6 lutego 2014 r., uzupełnionym pismem z dnia 4 marca 2014 r., spółka wystąpiła do Naczelnika Urzędu Skarbowego w P. o stwierdzenie nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych w kwocie 57.315 zł, pobranym w 2013 r. nienależnie przez notariusza od umowy z dnia 12 grudnia 2013 r. dotyczącej sprzedaży prawa użytkowania wieczystego zabudowanej nieruchomości gruntowej stanowiącej działkę gruntu położonej w W. wraz z prawem własności posadowionych w granicach tej działki, stanowiących odrębny przedmiot własności budynków, budowli i urządzeń. Z załączonego do wniosku aktu notarialnego wynika, iż cenę przedmiotu umowy sprzedaży strony ustaliły na łączną kwotę 10.718.377,21 zł, na którą składa się: kwota 9.250.000 zł - cena sprzedaży netto, kwota 1.468.377,21 zł - kwota należnego podatku od towarów i usług obliczona z zastosowaniem stawki 23%.
Kwota podatku od towarów i usług została wyliczona od części ceny sprzedaży wynoszącej 6.384.248,73 zł netto, obejmującej prawa własności budynku nr ew. [...], budynku nr ew. [...], budynku nr ew. [...] oraz budowli i urządzeń wraz z prawem wieczystego użytkowania działki gruntu nr [...] w części związanej z tymi budynkami i urządzeniami. Od powyższej części ceny sprzedaży notariusz nie pobrał podatku od czynności cywilnoprawnych stosując zwolnienie, o którym mowa w art. 2 pkt 4 lit. a) ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych (tekst jednolity Dz. U. z 2010 r. Nr 101, poz. 649 ze zm.) - dalej "u.p.c.c.". Od pozostałej części ceny sprzedaży wynoszącej 2.865.751,27 zł netto, dotyczącej prawa własności budynku o nr ew. [...] wraz z prawem użytkowania wieczystego działki gruntu nr [...] w części związanej z tym budynkiem, notariusz pobrał podatek od czynności cywilnoprawnych w łącznej kwocie 57.315 zł, w związku z tym, iż ta część ceny sprzedaży była zwolniona od podatku od towarów i usług na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 10a ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług - dalej "ustawa o VAT" i § 13 ust. 1 pkt 11 Rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 22 grudnia 2010 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług - dalej "Rozporządzenie z dnia 22 grudnia 2010 r.".