I. Przepisy art. 75 § 2 pkt 2 lit. b/ i c/ ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2005 r. Nr 8, poz. 60 ze zm.) uzależniają prawo do wystąpienia przez płatnika z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty od wpłaty przez niego podatku w wysokości większej od należnej, jednakże nie uzależniają tego prawa od tego, aby po stronie płatnika doszło do uszczuplenia majątku z powodu wpłaty podatku w kwocie wyższej od należnej. W tym uregulowaniu zawarte jest prawo płatnika do złożenia wniosku o stwierdzenia nadpłaty nawet wówczas, gdy pobrał on podatek od płatnika w wysokości wyższej od należnej, a więc gdy doszło do uszczerbku majątkowego po stronie samego podatnika.
II. Jeśli z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty wystąpi podatnik lub płatnik, to organ podatkowy jest zobowiązany, stosownie do art. 165 § 3a O.p. zawiadomić o wszczęciu postępowania na wniosek jednej ze stron wszystkie pozostałe podmioty będące stroną w sprawie. W postępowaniu takim organ podatkowy jest zobowiązany ustalić z czyją nadpłatą w konkretnym przypadku ma do czynienia (podatnika czy płatnika), ponieważ w razie nadpłaty podatnika na jego rzecz powinna być wydana decyzja stwierdzająca nadpłatę, podobnie w razie nadpłaty płatnika na rzecz płatnika powinna być wydana decyzja stwierdzająca nadpłatę.
Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący: Sędzia NSA Jerzy Płusa, Sędziowie: NSA Stanisław Bogucki (sprawozdawca), WSA del. Alina Rzepecka, Protokolant Szymon Mackiewicz, po rozpoznaniu w dniu 2 października 2012 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej I. W. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Szczecinie z dnia 9 listopada 2010 r. sygn. akt I SA/Sz 764/10 w sprawie ze skargi I. W. na postanowienie Dyrektora Izby Skarbowej w S. z dnia 30 lipca 2010 r. nr [...] w przedmiocie nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych 1) oddala skargę kasacyjną, 2) zasądza od I. W. na rzecz Dyrektora Izby Skarbowej w S. kwotę 240 (dwieście czterdzieści) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
1. Wyrokiem z dnia 9 listopada 2010 r., I SA/Sz 764/10, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Szczecinie oddalił skargę I. W. (dalej: "płatnik" albo "skarżąca") na postanowienie Dyrektora Izby Skarbowej w S. (dalej jako: "Dyrektor IS") z dnia 30 lipca 2010 r., nr [...], w przedmiocie odmowy wszczęcia postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych. Jako podstawę prawną powołano art. 151 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. Nr 153, poz. 1270 ze zm.; dalej w skrócie: p.p.s.a.). Wyrok jest dostępny na stronie internetowej http://orzeczenia.nsa.gov.pl/.
2. Przebieg postępowania przed organami podatkowymi (przedstawiony przez WSA w Szczecinie):
2.1. Przedstawiając w uzasadnieniu wyroku przebieg postępowania WSA w Szczecinie podał, że aktem notarialnym z dnia 31 sierpnia 2007 r., Rep. [...], przed notariuszem I. W. Nadzwyczajne Zgromadzenie Wspólników K. spółka z o.o. z siedzibą w S., podjęło uchwalę o podwyższeniu kapitału zakładowego spółki o kwotę 115.200.000 zł (tj. z kwoty 50.000 zł do kwoty 115.250.000 zł), poprzez utworzenie 230.400 nowych, równych i niepodzielnych udziałów o wartości nominalnej 500 zł każdy, które zostały objęte przez dotychczasowego wspólnika C. spółkę z o.o. z siedzibą w S. i pokryte w całości wkładem niepieniężnym (aportem) w postaci jednego z dwóch prowadzonych przez wspólnika przedsiębiorstw. W związku z tym podjęto uchwałę o zmianie umowy spółki. Wobec zmiany umowy spółki w związku z podwyższeniem kapitału zakładowego, na podstawie art. 6 ust. 1 pkt 8 lit. a/ w zw. z art. 1 ust. 1 pkt 1 lit. k/ ustawy z dnia 9 września 2000 r. o podatku od czynności cywilnoprawnych (Dz. U. z 2010 r., Nr 101, poz. 649 ze zm.) notariusz obliczył, pobrał i odprowadził na rachunek właściwego organu podatkowego podatek od czynności cywilnoprawnych w kwocie 575.918 zł (w wysokości 0,5% podstawy opodatkowania). Podwyższenie kapitału zakładowego do kwoty 115.250.000 zł zostało zarejestrowane w KRS.
2.2. Pismem z dnia 9 grudnia 2009 r. I. W., jako płatnik od ww. czynności prawnej, złożyła wniosek o stwierdzenie nadpłaty podatku od czynności cywilnoprawnych na podstawie art. 75 § 2 pkt 2 lit. b/ w zw. z art. 72 § 1 pkt 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2005 r. Nr 8, poz. 60 ze zm. - zwanej dalej: o.p.), pobranego przez płatnika (wnioskodawcę) od ww. zmiany umowy spółki. Jednocześnie płatnik złożył korektę deklaracji PCC-2. W uzasadnieniu wniosku wskazano, że wpłata podatku w wysokości 575.918 zł nastąpiła niezasadnie, bowiem - w ocenie płatnika - polskie przepisy w zakresie podatku od czynności cywilnoprawnych w dacie zawierania przedmiotowej czynności były niezgodne z prawem wspólnotowym, w szczególności z Dyrektywą Rady z dnia 17 lipca 1969 r., nr 69/335/EW, dotyczącą podatków pośrednich od gromadzenia kapitału - zatem zmianę umowy spółki należało ocenić w kontekście przepisów wspólnotowych. Ocenę tę poparto przytoczeniem fragmentów wyroków sądów administracyjnych i ETS.