Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Maciej Jaśniewicz, Sędzia NSA Antonii Hanusz, Sędzia del. WSA Bogusław Woźniak (sprawozdawca), Protokolant Anna Rembowska, po rozpoznaniu w dniu 18 listopada 2014 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej P. [...] S.A. z siedzibą w G. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 27 lipca 2012 r. sygn. akt III SA/Wa 1661/12 w sprawie ze skargi P. [...] S.A. z siedzibą w G. na decyzję Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej z dnia 15 marca 2011 r. nr [...] w przedmiocie stwierdzenia nieważności decyzji ostatecznej w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych za 2008 r. 1) uchyla zaskarżony wyrok w całości i przekazuje sprawę do ponownego rozpoznania Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Warszawie, 2) zasądza od Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej na rzecz P. [...] S.A. z siedzibą w G. kwotę 380 (słownie: trzysta osiemdziesiąt) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie wyrokiem z dnia 27 lipca 2012 r., sygn. akt III SA/Wa 1661/12, oddalił skargę P. S A z siedzibą w G. (Spółka) na decyzję Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej (GIKS) w przedmiocie stwierdzenia nieważności decyzji ostatecznej w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych za rok 2008.
Sąd I instancji przedstawił następujący stan sprawy.
Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w K. decyzją z 27 września 2010 r. określił Spółce zobowiązanie podatkowe w podatku dochodowym od osób prawnych za 2008 r. w wysokości 238 788,00 zł oraz odsetki od zaniżonych zaliczek w tym podatku w wysokości 17 134,00 zł. Decyzja ta stała się ostateczna.
Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej decyzją z 22 grudnia 2010 r. stwierdził nieważność decyzji ostatecznej Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w K.z dnia 27 września 2010 r. W uzasadnieniu wskazał, że decyzja Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w K. z dnia 27 września 2010 r. wydana została z rażącym naruszeniem art. 21 § 3 i art. 210 § 4 ustawy z 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2005 r. Nr 8, poz. 60, ze zm., dalej: "O.p.").
Spółka wniosła o ponowne rozpatrzenie sprawy, zarzucając decyzji Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej z 22 grudnia 2010 r. naruszenie art. 247 § 1 pkt 3 O.p. poprzez błędne zastosowanie.
Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej decyzją z 15 marca 2011 r. utrzymał w mocy swoją decyzję z 22 grudnia 2010 r. W uzasadnieniu wyjaśnił, że podstawą stwierdzenia nieważności decyzji może być rażące naruszenie każdego przepisu prawa, w tym również procesowego. Podkreślił, że rażące naruszenie przepisu art. 21 § 3 i art. 210 § 4 O.p. stanowi wystarczającą przesłankę do stwierdzenia nieważności ostatecznej decyzji podatkowej. Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej wskazał, że Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej na mocy decyzji z 27 września 2010 r. określił Spółce wysokość zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2008 r. w wysokości 238 788,00 zł. Jednakże z treści zaskarżonej decyzji oraz z akt sprawy jednoznacznie wynika, że określone tą decyzją zobowiązanie podatkowe równe jest wysokości zaniżenia tego zobowiązania, co oznacza, że stanowi różnicę pomiędzy prawidłową kwotą zobowiązania podatkowego ustaloną przez organ kontroli skarbowej (4 209 289,00 zł), a kwotą zobowiązania podatkowego wykazanego przez Spółkę w zeznaniu podatkowym CIT-8 (3 970 501.00 zł). Zauważył, że zobowiązanie w podatku dochodowym od osób prawnych powstaje z mocy prawa, tzn. z dniem zaistnienia zdarzenia, z którym ustawa podatkowa wiąże powstanie takiego zobowiązania - stosownie do art. 21 § 1 pkt 1 O.p. Podkreślił, że wśród przepisów Ordynacji podatkowej brak jest normy prawnej upoważniającej organ podatkowy lub organ kontroli skarbowej do wydania decyzji określającej zobowiązanie podatkowe, powstające z mocy prawa, w wysokości stanowiącej różnicę pomiędzy prawidłową kwotą zobowiązania podatkowego ustaloną przez organ, a kwotą zobowiązania podatkowego zadeklarowaną przez podatnika w deklaracji podatkowej. Ponadto, jego zdaniem, decyzja Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w sposób rażący naruszała art. 210 § 4 O.p., gdyż w uzasadnieniu decyzji organ wskazał fakty i przepisy prawa przemawiające za tym, że zobowiązanie podatkowe Spółki za 2008 r. jest wyższe od zobowiązania wskazanego w rozstrzygnięciu decyzji.