5. Wskutek wniesionego zażalenia Dyrektor Izby Skarbowej w S postanowieniem z dnia 19 września 2012 r. utrzymał w mocy zaskarżone postanowienie organu pierwszej instancji. Przytaczając motywy swojego rozstrzygnięcia organ wyższego stopnia wskazał, że w niniejszej sprawie zastosowanie znajduje przepis art. 165a § 1 O.p. Następnie analizując przesłanki regulacji prawnej zawartej w powołanym przepisie organ odwoławczy uznał, że pismo z dnia 1 lipca 2012 r. wniosła Skarżąca jako strona, zatem pierwsza z wymienionych w tym przepisie przesłanek nie stanowiła i nie mogła stanowić podstawy do odmowy wszczęcia postępowania. Jednakże w przekonaniu organu odwoławczego zaistniała druga z przesłanek zawartych w powołanym przepisie, skutkująca brakiem możliwości wszczęcia postępowania, albowiem postępowanie podatkowe w sprawie zwrotu (wypłaty) odsetek ustawowych na podstawie art. 359 k.c. nie mogło być wszczęte z uwagi na niestosowanie przepisów Kodeksu cywilnego w tym zakresie w postępowaniu podatkowym. Organy podatkowe działają bowiem w oparciu o przepisy prawa podatkowego, a postępowanie podatkowe prowadzą zgodnie z procedurami i zasadami wynikającymi z Ordynacji podatkowej. Organ odwoławczy zauważył też, że zawarte w rozdziale 9, działu III Ordynacji podatkowej przepisy regulujące instytucję nadpłaty i jej ewentualnego oprocentowania oraz przepisy ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych nie zawierają w swej treści odesłania do przepisów Kodeksu cywilnego w kwestii odsetek ustawowych. Powyższe stanowi w ocenie organu odwoławczego przyczynę, dla której postępowanie w sprawie wynikłej z przedmiotowego wniosku Skarżącej nie mogło być wszczęte.
6. W skardze na powyższe postanowienie organu odwoławczego Skarżąca zarzuciła naruszenie art. 120-122, art. 210 § 4 i art. 256 O.p. oraz art. 2, art. 64 ust. 2 i 3 w związku z art. 84, art. 92 ust. 1 i art. 217 Konstytucji RP, wnosząc o uchylenie zaskarżonego postanowienia organu odwoławczego oraz poprzedzającego go postanowienia organu pierwszej instancji. W uzasadnieniu skargi Skarżąca podkreśliła, że zgodnie z poglądami wyrażonymi w doktrynie i w dotychczasowym orzecznictwie sądowym, w przypadku zaistnienia nowych okoliczności faktycznych po wydaniu decyzji (a taką nową okolicznością jest zdaniem Skarżącej uchwała NSA z dnia 2 kwietnia 2012 r., sygn. akt II FPS 3/11) powstaje nowa sprawa administracyjna, w której powinno być wszczęte nowe postępowanie i powinna być wydana nowa decyzja. Zdaniem Skarżącej, za takim rozwiązaniem przemawia nie tylko interes publiczny, ale również ważny interes podatnika, tzn. zaufanie do demokratycznego państwa prawa. Skarżąca podniosła też, że skoro NSA w powyższej uchwale uzasadnił, iż zgodnie z zasadą obowiązującą w prawie cywilnym, nie można rozdzielić gruntu(i/od) budynku, to również odsetki od nienależnie pobranego przez organ podatkowy podatku dochodowego należy rozpatrywać w kategoriach prawa cywilnego.
7. W odpowiedzi na skargę Dyrektor Izby Skarbowej w S wniósł o jej oddalenie.