Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący - Sędzia NSA Jerzy Rypina, Sędzia NSA Jolanta Sokołowska, Sędzia NSA Anna Maria Świderska (sprawozdawca), Protokolant Bernadetta Pręgowska, po rozpoznaniu w dniu 24 sierpnia 2017 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej G. sp. z o.o. z siedzibą w K. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie z dnia 28 stycznia 2015 r. sygn. akt I SA/Kr 1284/14 w sprawie ze skargi G. sp. z o.o. z siedzibą w K. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w Krakowie z dnia 12 czerwca 2014 r. nr [...] w przedmiocie odmowy stwierdzenia nieważności decyzji 1) oddala skargę kasacyjną, 2) zasądza od G. sp. z o.o. z siedzibą w K. na rzecz Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Krakowie kwotę 240 (słownie: dwieście czterdzieści) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
Wyrokiem z 28 stycznia 2015 roku w sprawie sygn. akt l SA/Kr 1284/14 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie oddalił skargę G. Sp. z o.o. w K. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w Krakowie z 12 czerwca 2014 roku w przedmiocie odmowy stwierdzenia nieważności decyzji.
Powyższy wyrok zapadł w następującym stanie faktycznym ustalonym w toku postępowania podatkowego i przyjętym przez sąd l instancji.
Decyzją z dnia 9 marca 2011 r. Dyrektor Izby Skarbowej w Krakowie utrzymał w mocy decyzję Naczelnika M. Urzędu Skarbowego w K. z dnia 8 grudnia 2010 r., którą określono G. Sp. z o.o. w K. wysokość zobowiązania podatkowego w podatku od czynności cywilnoprawnych w kwocie 608 197,50 zł. Przesłanką wydania decyzji była zmiana umowy spółki w związku z podwyższeniem jej kapitału zakładowego uchwałą Nadzwyczajnego Zgromadzenia Wspólników Spółki z dnia 31 grudnia 2004 r. nr [...]. Decyzja wymiarowa stała się prawomocna. Do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie zaskarżona została decyzja w przedmiocie odmowy stwierdzenia i zwrotu nadpłaty. Sąd ten wyrokiem z dnia 8 listopada 2011 r., l SA/Kr 803/11 skargę oddalił z uwagi na niewyeliminowanie z obrotu decyzji wymiarowej.
W dniu 20 stycznia 2012 r. Spółka zwróciła się do Dyrektora Izby Skarbowej w Krakowie o stwierdzenie nieważności ww. decyzji z dnia 9 marca 2011 r. wskazując, jako podstawę art. 247 § 1 pkt 3 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (tekst jedn. Dz. U z 2012 r, poz. 749 ze zm.). Zdaniem Spółki, z uwagi na termin przedawnienia zobowiązania podatkowego w podatku od czynności cywilnoprawnych, który upłynął w dniu 31 grudnia 2010 r. organ odwoławczy obowiązany był uchylić decyzję organu l instancji i umorzyć postępowanie jako bezprzedmiotowe w oparciu o art. 208 § 1 Ordynacji podatkowej. Tym samym organ dopuścił się rażącego naruszenia prawa.
Po kilkukrotnym rozpoznaniu sprawy, decyzją z 17 czerwca 2013 r. Dyrektor Izby Skarbowej w Krakowie odmówił stwierdzenia nieważności decyzji z dnia 9 marca 2011 r. W uzasadnieniu wskazał, że decyzja wymiarowa organu l instancji z dnia 8 grudnia 2010 r. została wydana przed upływem terminu przedawnienia (31 grudnia 2010 r.), a decyzja organu II instancji z dnia 9 marca 2011 r., po terminie przedawnienia, przy czym ponieważ Spółka wpłaciła sporny podatek przed terminem przedawnienia, to organ II instancji przyjął, że nie był ograniczony terminem z art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej.
Rozpoznając sprawę w II instancji zaskarżoną decyzją z 12 czerwca 2014 roku Dyrektor Izby Skarbowej utrzymał w mocy swoje wcześniejsze rozstrzygnięcie.
W skardze wniesionej do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie, na decyzję organu odwoławczego Spółka domagała się uchylenia tej decyzji zarzucając jej naruszenie art. 247 §1 pkt 3 w zw. z art. 21 § 3 Ordynacji podatkowej oraz art. 6 ust. 9 pkt 4 w zw. z art. 8 pkt 5 ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych. W uzasadnieniu skargi powtórzona została dotychczasowa argumentacja.