Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Zbigniew Kmieciak (sprawozdawca), Sędziowie NSA Bogdan Lubiński, WSA del. Anna Sokołowska, Protokolant Janusz Bielski, po rozpoznaniu w dniu 23 marca 2012 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej R. L. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gdańsku z dnia 20 kwietnia 2010 r. sygn. akt I SA/Gd 88/10 w sprawie ze skargi R. L. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w G. z dnia 3 grudnia 2009 r. nr [...] w przedmiocie oprocentowania zwrotu opłaty skarbowej 1) uchyla zaskarżony wyrok w całości i przekazuje sprawę do ponownego rozpoznania Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Gdańsku, 2) zasądza od Dyrektora Izby Skarbowej w G. na rzecz R. L. kwotę 3.584 (trzy tysiące pięćset osiemdziesiąt cztery) złote tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
Wyrokiem z dnia 20 kwietnia 2011 r. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku, w sprawie o sygn. akt I SA/Gd 88/10, oddalił skargę R. L. - nazywanego dalej "Skarżącym", na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w G. z dnia 3 grudnia 2009 r. w przedmiocie ustalenia oprocentowania tytułu dokonania zwrotu opłaty skarbowej.
Z uzasadnienia zaskarżonego wyroku Sądu pierwszej instancji wynika, że decyzją z dnia 15 czerwca 2005 r. (uzupełnioną decyzją z dnia 20 kwietnia 2007 r.) Naczelnik Urzędu Skarbowego w K. orzekł o zwrocie Skarżącemu opłaty skarbowej, odmówił natomiast oprocentowania jej zwrotu. Dyrektor Izby Skarbowej w G. rozpoznawszy odwołanie Skarżącego postanowieniem z dnia 20 lipca 2007 r. utrzymał w mocy rozstrzygnięcie organu pierwszej instancji.
Skarżący odwołał się od powyższego postanowienia do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gdańsku, który wyrokiem z dnia 20 grudnia 2007 r., w sprawie o sygn. akt I SA/Gd 899/07 uchylił zaskarżoną decyzję w części odmawiającej oprocentowanie zwrotu opłaty skarbowej, a w pozostałym zakresie ją oddalił. Z tak sformułowanym rozstrzygnięciem nie zgodził się Dyrektor Izby Skarbowej i wniósł do Naczelnego Sądu Administracyjnego skargę kasacyjną. Wyrokiem z dnia 13 sierpnia 2009 r., w sprawie o sygn. akt II FSK 596/08 Naczelny Sąd Administracyjny oddalił skargę kasacyjną.
Dyrektor Izby Skarbowej w związku z powyższymi wyrokami, decyzją z dnia 3 grudnia 2009 r. uchylił decyzję Naczelnika Urzędu Skarbowego z dnia 20 kwietnia 2007 r. w części odmawiającej Skarżącemu oprocentowania zwrotu opłaty skarbowej i ustalił jego wysokość.
Skarżący zaskarżył powyższą decyzję w części nieuwzględniającej zwrotu kwoty 78.339,39 zł obliczonej na dzień wydania zaskarżonej decyzji, zarzucając jej naruszenie art. 76 § 1 i art. 78 § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2005 r. nr 8, poz. 60, z późn. zm.) w zw. z art. 55 § 2 Ordynacji podatkowej, poprzez nieuwzględnienie zasady proporcjonalnego zaliczenia zwracanych przez organ podatkowy kwot w przypadku, gdy kwoty te nie pokrywają w całości opłaty skarbowej oraz całości oprocentowania. Ponadto zarzucił naruszenie art. 200 § 1 Ordynacji podatkowej, poprzez nieudzielenie przez organ drugiej instancji siedmiodniowego terminu do wypowiedzenia się w sprawie zebranego materiału dowodowego. Poprzez naruszenie wspomnianego artykułu, Skarżący został pozbawiony możliwości zwrócenia uwagi na błędne naliczenie oprocentowania od zwracanej opłaty skarbowej.
Sąd pierwszej instancji uznał skargę za bezzasadną i ją oddalił. W uzasadnieniu swojego rozstrzygnięcia, wskazując na art. 153 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. nr 153, poz. 1270 z późn. zm.) - powoływanej dalej jako "p.p.s.a.", sąd uznał, że jest związany oceną prawną i wskazaniami, co do dalszego postępowania wyrażonymi w orzeczeniu Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 13 sierpnia 2009 r. i wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gdańsku z dnia 20 grudnia 2007 r. W ocenie sądu pierwszej instancji zaskarżona decyzja odpowiadała wytycznym wyrażonym wcześniej przez sądy i jako taka odpowiada prawu.