Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący: Sędzia NSA Małgorzata Wolf-Kalamala, Sędziowie: NSA Bogdan Lubiński, del. WSA Anna Sokołowska (sprawozdawca), Protokolant Szymon Mackiewicz, po rozpoznaniu w dniu 10 lipca 2012 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej L. K.-J. (uczestnika postępowania) od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Poznaniu z dnia 20 października 2010 r. sygn. akt III SA/Po 68/10 w sprawie ze skargi Prokuratora Rejonowego w Ostrowie Wielkopolskim na decyzję Samorządowego Kolegium Odwoławczego w K. z dnia 23 listopada 2009 r. nr [...] w przedmiocie nadpłaty z tytułu opłaty skarbowej oddala skargę kasacyjną.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu wyrokiem z dnia 20 października 2010 r., sygn. akt III SA/Po 68/10 uchylił zaskarżoną przez Prokuratora Rejonowego w O. decyzję Samorządowego Kolegium Odwoławczego w K. z dnia 23 listopada 2009 r. nr (...) w przedmiocie stwierdzenia nadpłaty z tytułu opłaty skarbowej.
Z przyjętego przez Sąd I instancji stanu faktycznego sprawy wynika, że decyzją z dnia 2 listopada 2009 r. nr (...) Prezydent Miasta O. odmówił L. K., prowadzącej działalność gospodarczą pod nazwą L. L. K., stwierdzenia nadpłaty z tytułu opłaty skarbowej w wysokości 19.360 zł, uiszczonej za wydanie zaświadczeń VAT - 25.
W uzasadnieniu wskazano m.in., że zdaniem organu opłata skarbowa za wydanie zaświadczenia VAT-25, potwierdzającego brak obowiązku uiszczenia podatku od towarów i usług od pojazdów sprowadzanych z państw członkowskich Unii Europejskiej, nie została objęta zakresem art. 90 TWE, na który to przepis powoływał się podatnik. Nie stanowi ona bowiem obciążenia podatkowego w rozumieniu art. 90 TWE, a jest jedynie opłatą za dokonanie konkretnej czynności administracyjnej. Opłata skarbowa za wydanie zaświadczenia VAT-25 stanowi ekwiwalent za faktycznie świadczoną przez administrację usługę, leży w interesie importera, gdyż umożliwia mu rejestrację pojazdu oraz odpowiada faktycznie poniesionym kosztom związanym z załatwieniem sprawy i wydaniem zaświadczenia. Wydanie tego zaświadczenia wymaga uiszczenia opłaty skarbowej zgodnie z pkt 11 części II załącznika do ustawy z dnia 16 listopada 2006 r. o opłacie skarbowej (Dz. U. z 2006 r. Nr 225, poz. 1635 ze zm.), a przed jej wejściem w życie obowiązek ten wynikał z pkt 10a części III ustawy z dnia 9 września 2000 r. o opłacie skarbowej
(Dz. U. Nr 86, poz. 960 ze zm.). Opłaty skarbowe zostały zatem uiszczone przez podatnika w sposób prawidłowy skoro czynność, od której wykonania uiszczono opłatę skarbową została dokonana. W związku z powyższym w spawie nie doszło do powstania nadpłaty, uregulowanej w art. 72 § 1 ust. 1 Ordynacji podatkowej.
Samorządowe Kolegium Odwoławcze w K., po rozpoznaniu odwołania, decyzją z dnia 23 listopada 2009 r., nr (...) uchyliło zaskarżoną decyzję w całości i stwierdziło nadpłatę z tytułu opłaty skarbowej w wysokości 19.360 zł wraz z oprocentowaniem od dnia 16 września 2009 r. do dnia zapłaty.
Uzasadniając decyzję organ odwoławczy wskazał m. in., że przepis art. 105 ust. 1 pkt 2 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535 ze zm.) w związku z załącznikiem do ustawy z dnia 9 grudnia 2000 r. o opłacie skarbowej, część III ust. 10 a ( po zmianie ustawy jest to część II poz. 11 załącznika ), narusza przepis art. 90 ust. 1 Traktatu ustanawiającego Wspólnotę Europejską, mówiący o zakazie dyskryminacji jakichkolwiek towarów w obrębie Wspólnoty Europejskiej. W ocenie organu pomiędzy przepisami krajowymi i prawem wspólnotowym zachodzi sprzeczność, która winna być zgodnie z zasadą pierwszeństwa i bezpośredniego stosowania, rozstrzygnięta poprzez zastosowanie prawa wspólnotowego. Zdaniem Kolegium powyższe oznacza, że organ podatkowy dokonując poboru opłaty skarbowej, winien był uwzględnić z urzędu treść art. 90 TWE, czego w niniejszej sprawie nie uczynił. Ostatecznie organ odwoławczy stwierdził, iż zaskarżona decyzja została wydana z naruszeniem prawa materialnego, poprzez niezastosowanie przepisu art. 90 ust. 1 TWE. Organ odwoławczy nie podzielił stanowiska organu I instancji, iż opłata skarbowa od zaświadczenia VAT-25 jest w zasadzie ekwiwalentem za wydanie tego zaświadczenia i uznał, że jest ona całkowicie nieuzasadniona, a ponadto narusza zakaz dyskryminacji, ponieważ na pojazdy nabyte w kraju nie ma konieczności wydawania takiego zaświadczenia.