Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący: Sędzia NSA Krystyna Nowak, Sędziowie NSA: Edyta Anyżewska (sprawozdawca), Jan Rudowski, Protokolant Paweł Koluch, po rozpoznaniu w dniu 16 stycznia 2008r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej A. B.- B. i G. B. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gorzowie Wlk. z dnia 23 maja 2006 r. sygn. akt I SA/Go 1879/05 w sprawie ze skargi A. B.- B. i G. B. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w Z. z dnia 2 czerwca 2005 r. nr [...] w przedmiocie nadpłaty w podatku dochodowym od osób fizycznych za 2001 r. oddala skargę kasacyjną.
Wyrokiem z dnia 23 maja 2006 r. sygn. akt I SA/Go 1879/05 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gorzowie Wlkp. oddalił skargę A. B.-B. i G. B. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w Z. z dnia 2 czerwca 2005 r. nr [...] w przedmiocie określenia nadpłaty w podatku dochodowym - od osób fizycznych za 2001 r.
A. B.-B. i G. B. prowadzący Firmę Produkcyjną "B." z siedzibą w Z. wnioskiem z dnia 9 września 2004 r. wystąpili do Urzędu Skarbowego w Z. o zwrot nadpłaty w podatku dochodowym od osób fizycznych za rok 2001 r. Do wniosku dołączyli korektę zeznania PIT-36 za ten rok, w którym wykazali nadpłatę w wysokości 107.757,50 zł. Podstawą złożenia wniosku było orzeczenie Trybunału Konstytucyjnego z dnia 25 czerwca 2002 r. sygn. akt 45/01, w którym Trybunał orzekł, że art. 2 pkt 2 w zw. z art. 4 ustawy z dnia 20 listopada 1999 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz. U. Nr 95, poz. 1101) w zakresie, w jakim pozbawia przedsiębiorców prowadzących zakłady pracy chronionej przed upływem trzyletniego okresu przewidzianego w art. 30 ust. 1 zdanie drugie ustawy z dnia 27 sierpnia 1997 r. o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnianiu osób niepełnosprawnych, w brzmieniu obowiązującym w dniu 30 listopada 1999 r. (Dz. U. Nr 123, poz. 776 i Nr 160, poz. 1082, z 1998 r. Nr 99, poz. 628, Nr 106, poz. 668, Nr 137, poz. 887, Nr 156, poz. 1019 i Nr 162, poz. 1118 i 1126 oraz z 1999 r. Nr 49, poz. 486 i Nr 90, poz. 1001), uprawnień określonych w art. 31 ust. 1 pkt 1 w zw. z ust. 2 tegoż artykułu powołanej wyżej ustawy z dnia 27 sierpnia 1997 r. o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnianiu osób niepełnosprawnych, w brzmieniu obowiązującym w dniu 30 listopada 1999 r., jest niezgodny z zasadą ochrony praw nabytych i zasadą ochrony interesów w toku, wyrażonymi w art. 2 Konstytucji, w zakresie, w jakim nie przewiduje regulacji przejściowych niezbędnych dla zapewnienia ochrony interesów prowadzących zakłady pracy chronionej, którzy - w zaufaniu do dotychczasowych przepisów - rozpoczęli realizację długookresowych przedsięwzięć na rzecz osób niepełnosprawnych, zatrudnionych w ich zakładach.
W złożonym wniosku podatnicy wskazali, że od dnia 8 listopada 1999 r. ich firma, decyzją Pełnomocnika do Spraw Osób Niepełnosprawnych otrzymała na okres trzech lat, tj. do 7 listopada 2002 r. status zakładu pracy chronionej. Dowodzili, że w związku z decyzją przyznającą ich zakładowi status zakładu pracy chronionej - w stosunku do nich należy stosować przepisy przejściowe, pozwalające wyliczyć kwotę zwrotu podatku dochodowego od osób fizycznych z tytułu zatrudnienia osób niepełnosprawnych, według zasad obowiązujących w 1999 r. Uzasadniali, że zadeklarowany i wpłacony na podstawie niekonstytucyjnego przepisu podatek za 2001 r. w kwocie 107,757,50 zł, wraz z odsetkami, liczonymi od dnia zapłaty zaliczek został zapłacony nienależnie i na podstawie art. 74 § 1 ustawy - Ordynacja podatkowa stanowi nadpłatę.